现在要怎么用Gene-E这个神器来挖数据？

那天突然想要挖一下数据，打开挖芯片的神器，也就是以前讲的“不要钱的Oncomine”之后。

突然发觉，卧槽，不能用了，软件无法打开了。

于是登上网站看一下，发觉Gene-E确实已经下架了，他们让大家换一个替代的网页，叫墨菲斯。

那于是我打开了墨菲斯，看了一下，呃，界面确实不太一样了。在里面居然添加了CCLE大量细胞系的甲基化还有CNS的数据，明显是和二代测序接轨了。（我想用用看，但没打开，我放弃了）

接着，我用了一些之前用在Gene-E上的芯片数据，在墨菲斯上试一下，这里有GEO上的数据和ArrayExpress上的芯片数据。这个之前都讲过怎么下载了哈，我真的懒得翻之前的贴了。

导入ArrayExpress的芯片数据，很顺畅，秒开。因为是tsv格式的，也就是写字板格式的表格。

但是当我按照原来的方法，上传GEO的DataSets数据（.gz压缩格式）的时候，却被拒绝了。

然后我打开压缩包，上传里面的Excel格式数据，也无法识别。打开Excel后发觉里面还有大量的注释行。大概是因为这个，无法识别吧。

于是我删掉了注释行，再导入，还是不行。转换成Txt格式文件导入，也还是不行。

快绝望的时候，我把删除注释行的Excel表格中的数据部分，全部复制，然后新建了一个Txt文件，把数据都bia进去，保存了一下。

然后发现这个文件比直接从Excel另存为的txt文件，小了一半。

再把这个倒入进墨菲斯，突然，就显示可以用了。

但这个墨菲斯要怎么用呢？首先，我们要对所有的样本进行一下注释，选择样本列，点击右键，选这个“注释”选项。

然后会弹出一个窗口，上面会有注释的标题，和注释的类别，那我填的就是“类型”和“肿瘤”，或者“类型”和“正常”，于是就会多出这样的类型行：

接着要分析了，选择这个扳手的按钮，然后和Gene-E一样，点Marker Selection：

选择的依据有好多种，可以用T-Test，信噪比等等，我们选最常用的就是信噪比SNR，接着点击类型，这样就是比较“正常”和“肿瘤”的差异基因了。

拉到底下，选100个基因，点击OK形成热图。

然后就出来了，和原来的Gene-E一毛一样有没有？

墨菲斯还有一个功能就是作图，做点箱状图，我们随便选一行的基因。

然后点击上面的Chart，作图按钮。

输入行和列比较类型，就可以显示这个基因的箱状图了，鼠标移上去的话，就直接能显示图上的数据，当然还能截图功能。

当然不光是箱状图，还能做一些别的，只有吧那个下拉菜单拉下去看看就好了。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：其实这个墨菲斯的用法和Gene-E差不多，唯一的区别就是用的数据格式，需要是纯表格的数据，GEO的数据里还有很多冗余的注释，要把这个去掉，复制到Txt或者Tsv里才能上传。（要知道怎么样下载GEO的数据，就点这里）  （要知道怎么从ArrayExpress上下载数据，就点这里）这样的话就稍微有点麻烦，不过如果这点你都嫌麻烦的话，那就只能花钱让人家来帮你挖数据了。我听说过有实验室花了三、五十万买了几个数据挖掘出来的基因的。所以，有时候挖挖数据，还是能有点意义的，起码能省钱。好了，今天就先策到这里吧。要知道这是啥网址，就还是回复“不要钱的Ｏｎｃｏｍｉｎｅ”吧，记得手动输入哈，复制粘贴是没用的。