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「肿瘤突变负荷」这么火,每个肿瘤科医生都应该知道 | 深度解读 TMB

免疫检查点抑制剂(ICI)的疗效预测依旧缺乏确定的生物标志物。和 PD-L1 及微卫星不稳定(MSI)不同,肿瘤突变负荷(TMB)的获批引起了较多争议。

中国《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识》已于近期发表,我们也来梳理一下这个免疫指标。

什么是 TMB?

TMB 是指特定基因组区域内体细胞非同义突变的个数,通常用每兆碱基多少个突变表示(mut/Mb),在早期研究中也直接以突变数量表示。TMB 可以间接反映肿瘤产生新抗原的能力和程度,预测多种肿瘤的免疫治疗疗效。

目前免疫治疗最为确定的 3 个标志物——TMB,MSI 和 PD-L1 表达常有不同:
  • 同时具备 3 个标志物的患者比例仅为 0.6%。
  • MSI-H 和 TMB-H 似乎具有一定的相关性,83% 的 MSI-H 患者同时为 TMB-H,而只有 16% 的 TMB-H 是 MSI-H。
  • TMB 和 PD-L1 则相互独立,同时 TMB-H 和 PD-L1 阳性者对 ICI 反应最佳。

TMB 的临床证据

2014 年首次在黑色素瘤中发现了 TMB 和抗 CTLA-4 抗体的疗效具有相关性。

2015 年,回顾接受帕博利珠单抗治疗的非小细胞肺癌(NSCLC)患者数据,发现具有更高 TMB 的患者具有持续临床获益和无进展生存期(PFS)改善。

之后,几项大型的随机对照Ⅲ期研究也陆续证实了 TMB 的疗效预测作用:
  • CheckMate 026 研究发现 TMB-H(≥ 243 突变)的患者中,纳武利尤单抗对比化疗具有 PFS(9.7 月 vs 5.8 月)和客观反应率(ORR)的改善(46.8% vs 28.3%)。
  • CheckMate 227 研究发现对于 TMB ≥ 10 mut/Mb 的患者,双免疫对比化疗具有 PFS 的显著延长(7.2 月 vs 5.5 月)。

基于以上结果,2018 年,NCCN 指南(2019.v1)首次将 TMB 列入 NSCLC 患者的免疫治疗疗效预测标志物。

2017 年《新英格兰医学杂志》上一项荟萃分析发现在 27 种肿瘤中,TMB 和 ORR 具有显著相关性。在 KEYNOTE-158 研究中,包括肛管癌、胆管癌等 10 种肿瘤中发现,TMB-H(≥ 10 mut/Mb)的患者使用帕博利珠单抗比 TMB<10 mut/Mb 的患者具有更高的 ORR(29% vs 6%)。

KEYNOTE-158 研究结果使得 FDA 在 2020 年 6 月批准了帕博利珠单抗单药用于标准治疗后进展的晚期 TMB-H(≥ 10 mut/Mb)患者,FoundationOne CDx 为同时获批的伴随诊断,这标志着 TMB 正式成为继 MSI-H/错配修复缺陷(dMMR)后的第二个「泛癌种」免疫相关生物标志物。

然而 TMB 并未受到一致认可。CheckMate 227 研究更新总生存(OS)数据,发现 TMB 无法预测 OS 获益。KEYNOTE-021/189/407 研究发现 TMB 和帕博利珠单抗+化疗的疗效不相关。

就连获批的关键研究——KEYNOTE-158 中,TMB-H 和非 TMB-H 的患者的 PFS 和 OS 也没有显著差异。因此,TMB 的作用依旧难辨

血液 TMB(bTMB)

POPLAR 和 OAK 研究的回顾性分析第一次发现了 bTMB 和组织 TMB(tTMB)的一致性,超过 1000 例接受阿替利珠单抗治疗的患者中,bTMB ≥ 16 mut/Mb 的患者具有更长的 PFS,且 bTMB 与 tTMB 具有相关性。

一项基于 bTMB 的前瞻性 B-F1RST 研究显示,接受阿替利珠单抗治疗的 NSCLC 患者中 bTMB ≥ 16 mut/Mb 可预测 ORR 和 PFS 获益。

然而 bTMB 也同样存在矛盾结果。度伐利尤单抗+tremelimumab 双免疫治疗中,NEPTUNE 研究发现 bTMB-H(≥ 20 mut/Mb)和临床获益无关,而 MYSTIC 研究中 bTMB ≥ 20 mut/Mb 的患者则具有更长的 OS 和 PFS。

TMB 的影响因素

TMB 可被很多因素影响,包括不同瘤种,内在遗传/分子因素,肿瘤微环境改变,外界致癌原,不同检测方法和不同界值都可能造成 TMB 缺乏异质性,而使之不能作为准确的反应预测因子(图 1)。

TMB 在不同瘤种,生物特征和患者特征都有不同。最高见于皮肤鳞癌,黑色素瘤,NSCLC,最低见于乳头状甲状腺癌;吸烟患者 TMB 常较高;不同种族和性别中 TMB 也不同。

MMR 通路基因突变、DNA 复制通路缺陷如 POLE/POLD 突变,以及 TP53,APOBEC,LRP1B,NF1,BRCA2 等基因突变和高 TMB 相关,而 EGFR,STK11,JAK1/2 和 B2M 等基因突变可能和更低的 TMB 相关。TMB 和拷贝数变异(CNV)也具有一定的相关性。

TMB 检测的影响因素(图源:参考文献 6)

TMB 的检测

TMB 的检测受样本质量、检测方法和分析方法等多种因素影响,临床应用前应充分了解 TMB 检测的条件。

样本:肿瘤纯度要求 ≥ 20%,需要有正常对照为检测提供胚系变异信息。

方法:全外显子测序(WES)是 TMB 检测的「金标准」。但是 WES 价格昂贵,检测时间长,需要新鲜标本,因而应用受限。靶向测序 panel 已经成为 WES 的有效替代,为准确性考虑,其覆盖范围应 ≥ 1.0 Mb,测序深度 ≥ 500×。

分析:TMB 的中位值和分布范围在不同癌种中有所不同,因此,在各个癌种中分别确定界值十分重要。应使用相同的筛选策略,选择排序在 20% 以上的病例定义为 TMB-H,而前瞻性的临床疗效才是确定 TMB 界值的最佳标准。不同靶向测序 panel 的 TMB 不能通用。


小结
  • 对于无标准治疗的晚期肿瘤患者,TMB-H 提供了免疫治疗获益的可能。

  • 某些情况下 TMB 可预测 ICI 治疗反应,但结论并不一致,特别是 TMB 预测长期结局以及免疫联合治疗的疗效时应慎重。

  • bTMB 和 tTMB 具有一致性,但临床应用还缺乏强证据。

  • 使用 TMB 时,应结合瘤种、人口特征、基因特征和检测方法综合解读。联合使用 PD-L1 和 TMB 等多种生物标志物可能是筛选免疫获益人群的更好方法。


策划:GoEun
投稿及合作:yinqihang@dxy.cn
参考文献
1 肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020 年版). 中国癌症防治杂志. 2020, 12(5): 485-94.
2 Yarchoan M et al. Tumor Mutational Burden and Response Rate to PD-1 Inhibition. N Engl J Med. 2017 Dec 21;377(25):2500-2501.
3 Marabelle A et al. Association of tumour mutational burden with outcomes in patients with advanced solid tumours treated with pembrolizumab: prospective biomarker analysis of the multicohort, open-label, phase 2 KEYNOTE-158 study. Lancet Oncol. 2020 Oct;21(10):1353-1365.
4 NCCN guideline: NSCLC (2019.v1)
5 Li R et al. Choosing tumor mutational burden wisely for immunotherapy: A hard road to explore. Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2020 Dec;1874(2):188420.
6 Zhang Y et al. The emerging development of tumor mutational burden in patients with NSCLC. Future Oncol. 2020 Mar;16(9):469-481.
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