适用于《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号印发，以下简称57号公告）的总分公司，属于汇总纳税企业，应当适用「统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库」的企业所得税征收管理本法。
上述管理办法既适用于年度汇算清缴，也适用于季度（月）预缴，为了便于大家理解，今天以一个完整的案例，先探讨下总公司和分公司在预缴阶段如何计算和申报企业所得税。
案例背景
甲公司为商业零售企业，注册地在北京，总部为管理机构，没有经营业务，下属两个分公司分别位于上海市和天津市，均符合57号关于就地分摊缴纳企业所得税的条件，总分公司所得税按照季度实际利润额预缴，适用所得税率为25%。
总公司要做的事儿
第一步：甲公司应将上海分公司和天津分公司的收入成本汇总计算，填报在甲公司《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类，2015年版)》（以下简称《预缴申报表主表》）相应栏次。
假定，2017年第一季度，上海分公司实际利润额为300万元（收入1000万元，成本600万元，费用100万元），天津分公司实际利润额150万元（500万元，成本300万元，费用50万元），甲公司总部发生费用50万元，甲公司本季度《预缴申报表主表》如下：
从上表可以看出，甲公司尽管是空壳，没有取得收入，但是其机构所在地北京也分得了50%的应纳税额。
这一步操作的目标是，将企业汇总的应纳税额在总公司和两个分公司之间平分，可以将其称为一次分配。
甲公司分得的50万元税额，25万元入北京库，25万元入中央库，这是财政分配的问题，企业无需关注太多。
两个分公司一共分得的50万元，将由甲公司在上海分公司和天津分公司之间再做一次分配，也就是第二次分配。
分公司之间分配的比例，就要考虑两个分公司的贡献了。
第二步：根据57号文的规定，分公司的分摊比例要按照上年度各分公司的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
假定，2016年度两个分公司营业收入占比为60%：40%（上海：北京），职工薪酬和资产总额占比均为50%：50%，则上海分公司2017年分摊比例为：0.6×0.35+0.5×0.35+0.5×0.30=0.535，天津分公司2017年分摊比例为：0.4×0.35+0.5×0.35+0.5×0.30=0.465。
注意：上述分摊比例自2017年汇算清缴起，应保留小数点后10位。
上海分公司分配所得税额为：0.535×50=26.75万元
天津分公司分配所得税额为：0.465×50=23.25万元
甲公司填报预缴申报表附件3《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表(2015年版)》（以下简称《分配表》）如下：
第三步：甲公司在预缴申报时，除需要报送《预缴申报表主表》和《分配表》外，还要报送：甲公司本季度财务报表（佐证实际利润额）和两个分公司2016年度的财务报表（佐证分摊比例）。
第四步：甲公司预缴申报后，要取得加盖主管税务机关受理专用章的《分配表》，将复印件分别交由上海和天津分公司。
这一步至关重要，如果没有，总分公司都有风险。
分公司要做的事儿
第一步：分公司根据甲公司分配的所得税额，填报《预缴申报表主表》，向各自主管税务机关做预缴申报，注意：分公司只需要填写第30行、第32行、第33行三行。
第二步：分公司将取得的加盖甲公司主管税务机关受理专用章的《分配表》复印件，随同分公司的《预缴申报表主表》向主管税务机关报送。
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