学者认为，渤泥位于文莱河口，并且是文莱苏丹国的前身。在文莱统治者开始接受伊斯兰教之后，成立了文莱苏丹国。在第五任苏丹博尔基亚于1473年至1524年间的统治下，文莱苏丹国的领海延伸到沙巴、北方的苏禄群岛和马尼拉，以及南方的砂拉越一直到婆罗洲岛南端的马辰。在1658年，文莱苏丹将婆罗洲北部和东部的一部分割让给苏禄苏丹，以答谢协助弭平文莱苏丹国的一场内战。在1749年，婆罗洲苏丹国将菲律宾巴拉望省南部割让给西班牙。
1761年，英国东印度公司官员亚历山大·达尔林普尔与苏禄苏丹缔结协议，允许他在峇兰巴雁岛设立贸易站，但由于该项计划在1805年11月遭到失败，使得岛屿和站点均被英国所舍弃。
沙巴（红色部分）
1846年，文莱苏丹将位于北婆西海岸的纳闽岛（Labuan）割让给英国，而后者于1848年成为英属皇家殖民地。几经转移，北婆罗洲的所有权最后流落到阿尔弗雷德·登特手中，并由他在1881年成立了英属北婆罗洲临时协会有限公司（BritishNorth Borneo Provisional Association Limited）。
1882年，英属北婆罗洲特许公司成立，以古达为特许公司初始之总部，后于1883年将总部迁往山打根。
1885年，英国、西班牙和德国签订了马德里议定书，承认西班牙在苏禄群岛的主权，以交换西班牙放弃对北婆罗洲的主张。
1888年，北婆罗洲成为英国的保护领。
1963年8月31日，北婆罗洲被英国予以自治地位，同时改名为“沙巴”（SABAH），但并未从法律上获得正式独立，其国防、外交、财政、内政等事务仍由英国政府所掌管。
第二次世界大战期间，日军于1942年1月1日登陆纳闽，并继续入侵北婆罗洲的其他地区。1942年到1945年，日本军队占领马来亚、北婆罗洲和砂拉越，连同这座岛屿的大部分地区。
1945年9月10日日本投降后，北婆罗洲由英国军政府所管理，1946年成为英国海外领地。北婆罗洲的首都由山打根迁至亚庇。英国继续统治北婆罗洲直到1963年8月31日，北婆罗洲摆脱英国统治独立。
1963年9月16日，北婆罗洲在此后称为沙巴，与马来亚、砂拉越和新加坡，共同组成独立的马来西亚。
曾入侵马来西亚东部声索沙巴主权、自封为菲律宾苏禄苏丹的依斯迈基兰二世已在去年去世。生前苏禄苏丹留下遗命，要其继承人和追随者继续夺回沙巴主权。
2013年2月，依斯迈基兰的哥哥、苏禄前苏丹扎马鲁基兰（JamalulKiram）派遣约150名“苏禄军”分批潜入沙巴拿笃发动武装袭击，以夺回沙巴主权。马来西亚保安部队在经过两星期谈判不果后，和苏禄军激烈交火并歼灭73人，逮捕逾百名苏禄军。马方则有10名军警在事件中殉职。依斯迈基兰的儿子阿米尔巴哈也因此被马国警方逮捕，在沙巴首府亚庇被控。
同年10月，75岁的扎马鲁基兰在马尼拉病逝，他在临终前留下遗命要家人不要放弃“为菲律宾人民收复沙巴”；依斯迈基兰较后继承其位出任苏禄苏丹。
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