当内环境发生紊乱时，肠道内潜在的有害菌可以产生毒素，破坏肠粘膜，从而导致感染和免疫功能紊乱，如手术、外伤、感染、肿瘤、放化疗的因素，可以影响肠道菌群，特别是危重症的患者。
长期大量使用广谱抗生素的患者，由于菌群失调，也会出现消化不良，甚至是腹泻等症状，所以补充外源性的有益菌，能够有效地改善肠道的症状。
我们国内常用的益生菌的药物有食母生，含乳酸菌的发酵产物，比如说乳酸菌素片、酪酸梭菌，地衣芽孢杆菌、青春型双歧杆菌，比如说丽珠肠乐，以及枯草杆菌、肠球菌联合制剂。
代表药物有妈咪爱、肠双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等等。
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