蚊子的祖先目前还没有一个统一的说法，主流观点大致分为两种，一是蚊子起源于侏罗纪时代，这种蚊子的祖先比现代蚊子要大上3倍，就像是蜻蜓一样的大小，二则是认为蚊子的祖先可能诞生于二叠纪末期，主要由飞行节肢动物进化而来，演化出刺状口器。
按照第一种说法，当时蚊子的祖先的体型非常惊人，因为侏罗纪时期的动物几乎都是特大模式，而蚊子祖先就已经足足长成了蜻蜓的大小，几乎是现代蚊子的3倍大，虽然蚊子和苍蝇都是双翅目昆虫的一种，但苍蝇的祖先却和现代苍蝇是大同小异的，进化的过程并不突出，体型也不像它那么大。
而按照第二种说法来看，寒武纪时期生物大爆发式的增长，使得大量的多足纲、有爪动物、肢口纲、双翅目以及甲壳纲等都迅速的繁殖，而蚊子可能就是由少量的飞行节肢动物演化而来，并且出现了最为特化的进化，比如它长出了非常细长的吸管式口器，虽然开始的蚊子并不是吸血的，直到哺乳类的出现，蚊子才开始变得嗜血，不过只有雌蚊子才会咬人。
第二种蚊子祖先的说法其实靠谱很多，因为从琥珀化石中可以判断最早的双翅目就是诞生于2.5亿年前的二叠纪晚期，而这时刚好是三叶虫物种演化的末尾，按照从低等到高的生物演化规律来看，蚊子的祖先很可能就是最原始的双翅目动物，毕竟蚊子也是双翅目下的长角亚目，正好是最早期的一个分支。不过蚊子究竟是从哪一个物种进化而来，目前还没有确切的说法。
不过不管怎么说蚊子的历史依然悠久，在中生代的白垩纪时期不仅出现了恐龙，各种昆虫也出现了爆发式增长，而蚊子也诞生了，在德国发现的爪蚊化石和中国辽宁发现的蠓蚊化石都说明了这一点，当时蚊子也传播疾病，而且尤其喜欢恐龙蛋，最终导致恐龙大面积染病死亡，数量也逐渐下降。
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