对疾病产生的原因和应对方法，自然疗法与对抗疗法有各自的理念。世界各地的自然疗法也各有侧重。基于辩证法、系统论、整体论的理念，采用适合研究开放的巨复杂系统问题的、多因素模糊权重综合逻辑推理、大胆猜想假设，反复实践验证、不断深化认识，与时俱进的实验科学方法，是各种自然疗法的共同特点。
葛森疗法认为，产生疾病的根本原因主要有两个，一个是营养不良，一个是中毒。
对现代人来说，营养不良主要不是蛋白质、脂肪、淀粉摄入量不足，而是这些宏量营养素过量，植物生化物质、矿物质和纤维素等微量营养素摄入不足。
中毒的主要原因是各种物理辐射，农药、杀虫剂、除草剂、消毒剂、生化药物、食品添加剂、工业和日用化学品残留，烹饪、消化动物性食物过程中产生的氧化三甲胺、硫化氢等致癌化学物质，缺乏纤维素导致肠道菌群恶化产生的毒素等。应对的方法是采用天然、新鲜、无污染、无添加油盐糖，仅用醋和大蒜调味的完整的植物性饮食。葛森疗法对污染物限制很严格，甚至对含微量氯或氟的自来水都严格限制。
葛森为治疗自己的偏头疼，从只吃苹果开始，发现只吃苹果不会触发偏头疼，然后逐个添加食物品种，发现吃了添加盐的食物后两小时偏头疼就会发作。他用这种逐个添加、反复尝试的方法发明了自己的偏头疼饮食疗法。以后发现这种疗法对各种结核病、糖尿病、癌症都有很好的效果。葛森从这些现象中悟出，健康的人对某些微量有害物质可以正常代谢，不至于造成大的危害，但有些人代谢功能差，无法及时清除这些有害物质。疾病可能是这些有害物质抑制了身体的自愈功能，如果避免身体受到进一步侵害，帮助身体排出体内残存的毒素，就可能恢复身体的自愈功能，各种慢性疾病也就不治自愈了。
埃塞斯廷、奥尼什、普利特金、韦勒姆等医生在临床中发现，如果不良饮食习惯不改变，仅用化学药物和外科手术并不能挽救严重心脏病患者的生命。约翰·麦克杜格尔年轻时曾得过中风，看到以素食为主的菲律宾裔人几乎没有心脑血管疾病。他们在临床中尝试采用低脂完整的植物性饮食，取得的惊人的效果，原来预期活不到一个月的患者有些多活了几十年。柯林·坎贝尔用完整的植物性饮食中多种营养素协同作用的理论解释了其背后的科学机理。
中医对人类健康做出了重大贡献，黄帝内经从整体论理念出发，对人与自然、外部环境的关系，人体内部各系统、组织之间的相互关系，经络、上下内外平衡、寒热、虚实等对立统一关系有辩证的理解，猜想产生疾病的主要原因可能是外邪侵入，应对不当，外邪由表及里深入脏腑，身体排毒渠道不畅所致。应对的主要方法是避免外邪侵入，用砭、针、灸、药等方法协助身体打开排邪通道。
不健康饮食、情志不畅、久坐不动等不良生活习惯，都可能导致动脉粥样硬化、脂肪淤积、毛细血管幽灵般消失，血液、经络、组织液系统堵滞，循环不畅。身体各系统、组织、器官的细胞得不到足够的营养和氧气，废料不能及时排出，细胞生存的微环境恶化，细胞和器官的功能就会降低甚至丧失，各种疾病也就自然产生和发展了。在这种情况下，用砭、针、灸、药等方法协助身体打通排毒通道，可能收到立竿见影的效果。
闫崇文总结自己50多年治疗急重危症的经验，发现张仲景治疗感冒的经方也能有效地治疗癌症。他从中悟出，可能是这些治表经方打开了身体的排毒通道，寒毒、病毒排出体外了，这些疾病自然也就彻底治愈了。
陈玉琴年轻时得了胃癌，医生建议手术。她看到母亲和姐姐胃癌手术后不久相继去世，决心自己学中医救自己。她从看黄帝内经开始，用早睡觉、敲胆经增加气血，按压膻中穴疏通经络等方法，不仅治好了自己的胃癌和很多人的疾病，还启发吴清忠用系统论、控制论等现代科学理论解释中医的科学原理，发明快速疏通经络的仪器气数仪，在治疗疼痛方面效果很好，在身体自愈心脏瓣膜时可以大大缩短所需的深度睡眠时间，效率更高，对中医理论表述科学化、治疗手段现代化做出了巨大贡献。
陈玉琴当年经济窘迫，用不起中药，也不敢在心脏附近扎针，怕危及生命，在摸索中发明了简便、有效的指压法，治好了自己的胃癌。指压的作用类似于砭、针、灸，都是通过物理刺激疏通经络。吴清忠解释说，骨骼旁边的穴位在刺激下会分泌出铁、钙等多种金属元素，使结缔组织产生类似光纤的信息传递作用。
李宁先是化学家和计算机专家，他认为煎熬中药的原理就是高温浸取。他采用保温杯泡中药的方法，浸取时间长，气味不跑，效果比煎药更好，也更简便。我仿照李宁先的方法，直接买粉剂中药在保温杯中用开水泡，感觉效果和口感都很好。经方中大多有甘草、大枣、山楂、陈皮，喝中药象喝茶一样，几乎没有苦味，还略带甜味。有朋友喜欢问每种药物剂量是多少，我觉得很难精确量化。多泡几遍和少泡几遍，每次喝多少，可能对药物吸收的剂量影响更大。吃药好比吃饭，只要大方向是正确的，没有必要细究是那一口饭起的作用，感觉越来越舒服就好。
用膏药排毒也是一种效果堪比砭、针、灸的神奇疗法。吴清忠说，台湾宜兰一家药厂根据元代经方生产的乌龙膏，贴在患处可以拔出体内尿酸结晶和癌毒，比身体提高能量自愈时反复充水、充血、自然排毒效率更高、效果更好。前几年我曾看到一个报道，介绍合肥包河医院的一位民间医，用膏药贴在背上拔出很多患者胸腹部的癌毒，其中有政府机关的处长。北京的张明用中药让患者吐出或拉出体内的癌瘤，他的博客上有他诊所的照片，柜子上有一排排装着患者排出的癌瘤标本的瓶子。
徐克成发现吸氢有助于癌症患者恢复，在广州等地设体验馆，众多体验者受益匪浅。我有个亲戚去年初发现小肝癌，微创手术后坚持化疗，今年4月发现腹腔转移，手术后继续化疗，造血功能和消化功能受到重创。2个月后血红蛋白降到正常值的一半以下，血小板降到正常值的20%以下，发生肠梗阻，一周不能进食。侥幸从重症急救室出来后停止化疗，我建议她尝试吸氢，她感觉睡眠明显改善，4个月后竟然能坐火车去外地访友。当然她的恢复不仅是吸氢这一个因素的结果，可能是多因素共同作用的结果，主要靠她自身的生命力、气血能量和自愈力。
去年7月体检时，我发现左胸有多处结节，最大的有9毫米，属于高危。我想即使手术去掉最大的，众多小结节如果继续生长还是解决不了问题，只有改变结节产生和发展的根源，才能彻底解决问题。我按陈玉琴和吴清忠讲的的方法，坚持每晚8点就睡觉，常敲胆经提高气血能量，注意保温避免身体为保温而无谓地耗能，让身体有足够的能量启动修复。辅之以适当运动，吃些附子、干姜类温热中药。按压膻中穴，促进组织液流动。在身体开始修复胸部出现痛点时按压痛点，协助身体自愈，直至痛点消失，短的一天，长的要一周左右。每天吸氢一、两个小时，做八段锦、健身十二式，走1万步左右。去年10月复查时结节已经消失。今年春节前我发现右边乳头下有个包块，医院超声波检查直径有18毫米，5月复查有22毫米。我象去年治疗结节一样采取类似的措施，8月CT检查发现包块已经没有了。有朋友问我用了什么方法。我说，我也不知道是那种方法起的作用，也许是其中多种方法共同起作用的结果。
不仅伟大的革命家是深谙辩证法的大师，著名的科学家和医学大师，往往也是深谙辩证法的大师，如钱学森、柯林·坎贝尔、俞梦孙、汤钊猷、徐克成等，他们都有很深厚的哲学造诣，晚年对用哲学思维解决开放的巨复杂系统问题充满激情。
大多数西医和中医师缺乏哲学素养，难以摆脱单因素精确细分法思维的束缚。误以为只有严格遵循形式逻辑非此即彼的理论才是科学的人，以为仅用基于单因素精确求解的对抗疗法，就可以解决生命和健康这些开放的巨复杂系统问题，无法理解坎贝尔整体论营养学和各种自然疗法的科学理念。这也是现在慢性病治疗效果不好，甚至越治越多，而效果极好的自然疗法却难以普及推广的重要原因之一。
现代科技飞速发展，特别是电子信息技术的发展，为医学提供了功能更强大、精确，创伤和副作用更小的灭菌、生化检测、影像检查、微创和机器人手术、溶栓和手术除栓、肿瘤冷热消融等方法。中医应该向西医学习，广泛采用现代科技手段，更好地发挥中医等自然疗法的强大威力，为人民的保健事业服务。
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