Convert mapped reads from SAM to BAM, sort, and in...

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　　SAM是一个文本文件，因此对于读取reads的比对信息很慢。SAMtools可以将.sam文件转换为.bam文件（其是SAM文件采用GZIP算法压缩的二进制文件），因此加载和读取都很快。转换SAM文件为BAM文件之后，需要进行排序（sorted），以便当程序想查找在某个位点的reads时，不必搜索整个BAM文件。

先看看samtools帮助手册：

http://www.htslib.org/doc/samtools.html

(1).sam转为.bam：

samtools view -b -S -o samtools_bowtie/SRR030257.bam samtools_bowtie/SRR030257.sam

-b 指定输出BAM format

-S 指定输入为SAM文件，如果@SQ  headers缺剩， 要写-t

-o 指定输出文件

(2).排序和建立索引：

samtools sort samtools_bowtie/SRR030257.bam -o samtools_bowtie/SRR030257_sorted.bamsamtools index samtools_bowtie/SRR030257_sorted.bam

注意事项：

(1).bam文件为二进制文件，不能使用head 或者less 或者tail等查看，会出现乱码。使用samtools view查看，例如：

samtools view SRR030257_sorted.bam|head

(2).IGV可查看.bam文件，但是由.sam文件转为.bam文件后，必须接着对其进行排序和建立索引，处理之后的.bam才可用IGV查看，否则会报错！

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