尽管在辩论主义的基础上，只要成立自认就可排除法官对事实的调查，在审判上也不允许法官作出与自认事实相反的事实认定;然而由于客观案件的复杂性、多样性。以及自认作为一种证明方式的特殊性，在一些特殊的情况下，出于对诉讼政策的考虑、价值冲突的协调或者基于发现客观真实、实现正义的司法功能等目的，往往在立法上或学理上对自认的效力作必要的限制或者对自认规则设置一些例外情形。一般认为，在下列情形下所作出的自认不产生效力。
(一)对法院依职权调查事项所作的自认
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条规定:“人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集”。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第十五条对上述人民法院应当调查收集的证据规定为下列情形:“1)涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实;2)涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等与实体争议无关的程序事项。”对这些事实，法院应依职权予以调查，当事人虽未主张，法院也应予以斟酌。例如，对于诉讼成立要件事项，法院本应依职权调查，当事人如果对之作出与真实不同的主张或自认，法院并不受其约束。但是，哪些事项属于法院依职权调查的事项，哪些证据应由法院依职权进行调查，各国的立法规定差异较大。
(二)人事诉讼中所作的自认
所谓人事诉讼，通常是指诉讼活动的开展直接涉及到对人身权利的确认的诉讼。人身权是自然人与生俱来的、固有的民事权利，属于自然人的专属权利，不具有直接财产利益的属性，不能够用金钱来加以估算与衡量，主要体现的是身份关系中的精神权益与价值理念。由于人事诉讼直接涉及到人的这种基本权利，因此，有必要启动一种社会公共权益保障机制来加以维护，排除当事人的自认行为。具体而言，人事诉讼案件排除当事人自认是基于以下理由:1)身份关系案件，不但涉及到当事人双方的私人利益，更涉及多数关系人的利益，甚至影响社会秩序和国家的利益;2)对身份关系案件必须采取绝对的客观真实主义;3)身份上的行为，不同于财产上的行为，必须尊重当事人本人的意思，纵使其不属于完全行为能力人，也应当让其实施诉讼行为[11].当前，国外的立法一般都规定诉讼当事人在人事诉讼中不能就人身权利事项作出自认或即使作出自认也不对法院产生拘束力。例如，《日本人事诉讼程序法》第10条第2款规定:“关于审判上自认的法律规定，不适用于婚姻案件。”但是，我国现行民事诉讼法未将婚姻案件、亲子案件等涉及身份关系的诉讼从一般的民事诉讼中划分出来。值得庆幸的是我国的立法机关已经注意到这类诉讼的特殊性，并在《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第八条中明确规定，涉及身份关系的案件不适用自认规则。
(三)对法律上免证事项所作的自认
对于一些凭一般生活经验就可以判断真伪的显著事实、可以用推论而得知的事实或已经被证明的事实各国通常将之列为免证事项。例如，我国《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第九条规定:“下列事实，当事人无需举证证明:1)众所周知的事实;2)自然规律及定理;3)根据法律规定或己知事实和日常生活经验法则，能推定出的另一事实;4)已为人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实;5)已为仲裁机构的生效裁决所确认的事实;6)已为有效公证文书所证明的事实。”这些免证事项有一个共同的特征就是不需经当事人证明，法院就可以将之作为定案的依据。如果允许当事人对于上述免证事项进行自认并对法院产生拘束力，那么可能会给审判带来混乱，损害法律的公正，削弱判决的公信力。例如，当事人双方如作出与人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实不一致的一致陈述，就会使法院陷入尊重当事人程序处分权与维护法院先前判决效力的困境;如果诉讼当事人对明显违反众所周知的事实作出自认，法院将其作为裁判的事实基础，这就必然损害裁判的权威性，丧失裁判的普遍信用。
(四)法院调解、和解中的自认
法院调解，亦称诉讼调解，是指当事人在人民法院审判人员的主持下，采取平等协商的办法，解决民事权益争议的诉讼活动和结案方式。它是人民法院诉讼行为和当事人诉讼行为的结合，同时也是当事人行使诉讼权利的一种重要形式。当事人和解，是指当事人在诉讼过程中，通过自愿协商，达成协议，解决纠纷，结束诉讼的行为。不管是法院的调解还是当事人之间的和解，都是当事人双方为了平息争端而通过互相让步达成的。这种让步，不能以自认看待，因为当事人的目的是为了平息诉讼，达成协议，而不是为了说明事实。
(五)非本诉中的自认
在学理上，学者常将自认分为本诉中的自认与非本诉中的自认，本诉中的自认是指在本诉调查和辩论中所作的自认。当事人曾在其他案件中所作出的自认相对本诉而言为非本诉中的自认。对于非本诉中的自认，我国台湾地区判例认为:当事人之一造在别一诉讼事件之陈述，纵使与他造主张之事实相符，亦仅可为法院依自由心证认定事实之资料，究未可与民事诉讼法第二百七十条所称之自认同视[12].目前，我国立法对这一问题未作明确规定，但从最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第75条第4款规定可知，“已为人民法院发生效力的裁判所确定的事实”，系无需当事人举证的事实。由于“人民法院已发生效力的裁判所确定的事实”包括当事人所自认的事实，因此，我国的立法间接地赋予了非本诉中的自认具有与本诉中的自认同等的效力。我们以为这种做法是值得进一步研究的。
(六)损害国家、集体或者第三人的合法利益的虚伪自认
所谓虚伪自认是指当事人违背真实陈述义务而对案件事实作出的非真实的自认。真实陈述义务在大陆法系国家的诉讼法中是一项法定义务。例如，德国《民事诉讼法》第138条规定，当事人应就事实状况为完全而真实的陈述。台湾地区《民事诉讼法》第195条第1款规定，当事人就其提出之事实，应为真实而完全之陈述。由于真实的陈述义务是一项法定义务而非道义上的义务，是对于法院在公法上的义务，而非对于对方当事人的义务，因此，当事人违反此项公法上的真实的陈述义务所作出的虚伪自认，应解为不生诉讼法上自认的效力[13].
对于民事诉讼中当事人所为的虚伪自认，我们以为不应一概否定其效力而应该分情况作出不同的处理。如果诉讼当事人双方恶意串通，由一方当事人故意对对方当事人作出虚假不利陈述，而损害国家、集体或者第三人的合法利益所构成的虚伪自认就不应产生自认的效力，因为这种虚伪自认损害了法的公正价值。如果对方当事人因认识错误而对事实作错误陈述，自认人明知错误且不利于己而故意作虚假自认，这种虚假自认应生效力。因依诚实信用原则，当事人有真实诉讼义务，明知事实不真实而自认，即是对该义务的违反，法律让自认人承担这种不利后果，一方面是对这种恶意行为的禁止与惩罚，另一方面，是法律“尊重”其自由选择的体现，更是诉讼效率的必然要求。因为此时可视作自认人出于某种考虑，对自己私权的处分。在这种情况下，法院在适用法律时必须容忍当事人自认事实的非真实性，以其自认事实为基础来进行判决，即使依法官的自由心证得出该事实可能非真实时，只要不存在损害国家、集体或者第三人的合法权益的情形，法院就不应否定该虚伪自认的效力，否则即违反辩论主义的精神。
(七)英美法系国家的某些情形
在英美法系国家，在下列情形下作出的自认不产生自认的效力[14]:1)出于错误。当事人在诉讼过程中进行陈述时，可能由于一时的疏忽大意，没有听清楚对方的言词，出语太快，以致于前后矛盾、发生错误等情况时有发生。对当事人是否由于疏忽发生错误，美国判例认为应由判定事实的陪审员决定。除因疏忽发生错误外，有时由于表达方法导致发生错误，如外国人对于语文意义的误解，或由于观察不够细致而引发的错误，如快速车祸中受伤的现场情形观察等均易出现错误。2)言词不确定或估计数目。当事人以“记不太清楚”“可能”“大致”等不确定的言词陈述，在美国判例中，不得作为自认。3)意见。当事人以意见方式承认，其表示的意见，即为法律的论断，(例如承认有过失或有责任)，是否作为一种自认，在美国案例中有的认为是合格的自认，也有判例认为不得以意见作为自认。通常观点认为应当对全部陈述进行考虑，除非有具体事实主张，不得以单纯的意见作为自认。4)缺乏辩驳或更正的自由。当事人陈述时必须能够自由地辩驳，或自由地更正其陈述，如果欠缺这种自由条件，不得直接以其不利于己的陈述作为诉讼上的自认。
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