针对生信文章最重要的两个数据库之一的TCGA，生信人在数月前发布了生信人一号（TCGA小工具，自动下载处理生成标准化数据），这几个月，几个小工具同步推进，非常顺利。在小白们利用一号工具获得了标准化数据后，接下来，就是要对下载后的数据进行进一步的处理了，一般他们都是矩阵格式（行为样本列为基因表达或反之），相关的处理很多，响应得到各种的图可以放在文章里。
我们今天首先发布生信人二号：热图绘制工具
目前，涉及芯片、高通量的文章里如果不放上一张热图，应该是很说不过去的事儿。（如果你还不知道热图是啥，点这里）它不仅在计算表达量聚类的时候用得到，在评估测序数据质量的时候同样用得到，哪怕你在分析股票之间的关系的时候，也会用的热图。
好久以前热图需要用R语言来做，目前网上也有很多类似的制作热图的工具，包括我们之前有提到过的。但是，目前还没有发现一款绿色的，免安装的，完全免费的热图绘制工具，于是乎，生信人的小伙伴就 ji ji ge 开发了一款图形化的热图绘制神器。
江湖规矩
先放下载链接，再放教程。http://gap.shengxin.ren/tool/3/，或点击阅读原文直通
一本正经的教程讲解
1、首次登陆时，会提示注册邮箱，之后会生成一个文件，如下，以后可以将此文件复制到各个小程序的根目录下，就无需再注册啦！（生信人团队将开发各种小工具并将其集成化，最终目的就是做到生信运用的0编程！）
2、双击运行主程序“HeatmapCluster.exe”，打开界面如下：
3、点击右侧“选择矩阵文件”（这里的矩阵文件为表达矩阵，对于行和列，无特殊要求，怎么开心怎么来）。这里，我们举例说明，矩阵文件如下所示（列名为sample，200例，行名为gene，11个）：
是的，你没看错，你完全可以从生信人一号工具里的下载到的数据导到这个工具里，一键生成文章可用的热图。
4、瞬间生成Heatmap如下（具体运行时间根据您的电脑配置）：
5、上面这个图很难看，并且很多参数需要调整，因此更改参数的选项如下：
6、更改颜色，点击这三个颜色框，可以随意选择颜色，这里举例说明选择蓝-白-红，三种颜色。
7、是否进行cluster？则选择“RowCluster”或者“ColCluster”。
8、是否进行Z-score？则选择按照Row还是Col进行Z变换，例子中，我们按照Row进行Z变换。
9、是否显示Row名字或者Col名字？则选择Show按钮。
10、选择聚类的方式？有“欧氏距离”和“皮尔森相关系数”两个选项。
11、调整完参数后，生成如下：
12、点击右侧保存相关按钮，建议保存为PDF格式，“绘图”按钮其实就是“刷新”功能啦！
13、最终保存的图像为下图（蓝-白-红）：
【来自生信人的忠实粉丝分享_杭州薛之谦】
生信人团队组建于2014年，由老祝，鑫仔，helen等组建，他们都来自同一个学校：哈尔滨医科大学，更来自同一个寝室，他们是国内最早一批专攻生物信息学专业的学生，他们希望能最大限度降低生信学习门槛，开发一系列零编程的可视化软件，助力医学科研。
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