视频|教你如何看懂差异基因分析结果

小贴士

自上周课程GCBI学院将回归数据分析结果解读之路，差异基因列表，聚类图，火山图，拿到结果最先看到就是这个了吧，可是你真的了解怎么来挑差异基因？聚类图，火山图又怎么看？发文章想把想要的基因名字整齐的排在聚类图旁边，怎么做？听听顾大师跟你说说“差异基因那点事儿”。

本次课程主要分为两个部分，差异结果解读和聚类分析解读。

使用差异筛选分析最重要的目的就是：找到特异性表达基因。差异筛选使用到的方法有：倍数法、T检验、F检验、SAM等，用于筛选差异的参数有P值、Q值、Fold-Change值。

接下来顾老师以肝癌联盟中的一个方案“ALF与正常样本的比较-2倍结果”为例对两分组、多分组以及如何设置参数进行详细介绍。

大家需要注意的是：

两分组：显著性，差异倍数大，同时考虑样本的信号值，避免验证时的假阳性；

多分组：显著性，同时考虑样本的信号值，避免验证时的假阳性。

聚类分析，基于研究对象属性的相似性对研究对象进行分组，使组内样本相似，组间样本有差异。

1.将研究对象定为样本，则衡量样本相似性的属性即是基因，基于基因表达的相似性可以将mRNA表达相似的样本聚为一类；

2.将研究对象定为基因，则衡量基因相似性的属性既是样本，基于基因在样本空间中表达的相似性可以将基因进行聚类。

常见差异结果图以火山图、聚类图为主，其中常用聚类软件有，R、GSEA、Cluster。输入“076”可以查看如何使用GSEA做出富集分析图，输入“090”查看生信工具讲解视频。

另外，顾大师最后还有关于Cluster的工具介绍，想要了解的小伙伴快去看视频吧！