“学科强则学校兴”是南方医科大学始终坚持的办学理念。校长郑木明教授富有创新性和系统性地提出“多科性医科大学”发展理念和思路，组织实施了“学科群建设”工程，形成了“以医为主，理工医结合、医经管法交叉、中西医互补，多学科协调发展，建设多科性医科大学”的办学模式，探索了一条顺应医学教育改革发展趋势、适应广东高等教育发展需求的独特的多学科发展道路，该模式2009年获得国家优秀教学成果二等奖。
南方医科大学拥有17个学院，择优设置47个本科专业（含方向），涵盖医学、理学、工学、教育学、法学、管理学、经济学7大学科门类，建立健全了应用型人才培养的学科专业体系。有博士后科研流动站7个，博士学位授权一级学科8个，博士学位授权二级学科67个，硕士学位授权二级学科90个和硕士专业学位授权学科5个。博士学位授权一级学科数在全国医学门类博士学位授权单位排名并列第三，博士学位授权二级学科数在全国医学门类博士学位授权单位排名并列第六，硕士学位授权学科涵盖6个学科门类。拥有国家重点学科3个，国家重点培育学科2个，国家中医药管理局重点学科3个；3个特色重点学科和2个省级重点学科建设项目获得中央财政立项资助；5个学科群项目获得广东省“211工程”三期建设近亿元资助；属于中央财政支持地方高校建设项目8个，资助额度3050万元，居全国地方高校前茅。
南方医科大学是华南唯一拥有西医药学院和中医药学院的高校，中医药学院和中西医结合医院“院院合一”发展模式是全军唯一一个中医系经过35年建设发展的必然结果和辉煌成就。1986年成立的生物医学工程系，开辟理工医结合发展新路径，创新性地建成特色鲜明、实力雄厚的理工医结合学科群，该学科又好又快迈入全国先进行列，其影响之大和连续多年100%毕业生就业率使之成为学校招生的又一个热门专业。2004年以来，学校利用医学与相关学科的优质资源，展开卫生经济、卫生法学等交叉学科建设，积极发展和大力建设近医学类学科专业。中国科学评价研究中心发表的《中国研究生教育评价报告》将南方医科大学学科建设综合排名评定为全国高校第78位、独立医科院校第2位，医学门类第9名。
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