金门登陆战的第二夜即10月25日晚至26日天亮前，是决定金门战斗命运的关键一夜。国民党军第十九军军长刘云瀚后来在《追述金门之战》一文中也认为：“到了十月二十五日入夜以后，成为最危险的一夜。因为我军经过了整天激战，所有的控制部队都投入了战场，除伤亡相当大外，且多感疲劳，……甚至胜负之数还未易言。幸好由于匪军没有船只，无法继续渡海来援，所以我们能够平安度过这最危险的一夜。”
当时，在国民党军伤亡惨重、极度疲劳，又已无后备兵力的情况下，解放军如能将第二梯队的4个团运送到金门登陆，完全可以迅速扭转战局，转败为胜。可惜的是，这时解放军第二十八军指挥下的第二梯队虽然眼看着金门岛上的战友苦战，自己在海边摩拳擦掌，却因无船而一筹莫展。兵团指挥所虽然下令从厦门调集船只，却因国民党的海空军在白天不断地巡逻轰炸，天黑后才调来6艘小汽轮。
按照计算，这些汽轮如满载一次可运过去一个团兵力，汽船系机器动力，速度快，夜里可往返两次，当夜回来后再装载一个团，有两个团上金门岛增援，情况肯定会大不一样，然而调船的过程却很不顺利。据当事者回忆：
这批商船上的人员，觉悟低，怕打仗，我们押船的人一不懂机器，二不懂航线，因此不是“机器坏了”就是“开错”了航线，都在半路抛了锚。结果，至半夜才只有一艘小汽轮和几条木船调到澳头、大嶝岛一带，只够装载4个连的部队。
面对这种情景，第二十八军副军长肖锋征求军指挥所内同志的意见说：“究竟是增援还是不增援为好？”有的人说：“我们已经犯了罪，不能再添油式地增援！敌人兵力那么多，增援一两个营能解决什么问题！”有的人提出：“有船不如开过去接回一些人，挽救多少算多少。”肖锋一面要待命的部队准备，一面又请示兵团。
兵团领导这时认为还有挽回局面的一线希望，决定还是派兵增援。于是第二十八军前指派出第二四六团团长孙玉秀率该团的两个连及第八十七师第二五九团的两个连增援金门。孙玉秀是第二十八军的英雄团长，已内定担任第八十二师副师长，这次被派遣渡海担负了指挥全部登岛部队的任务。
登船前，孙玉秀已抱定牺牲决心，托人转告父母，自己死后要妻子改嫁。第二梯队的4个建制连也是由各单位抽调最好的班排组成，人员大都是被专门选择的战斗骨干，主要是老解放区出身的老战士。他们虽然都明白此去凶多吉少，然而仍以“壮士一去不复返”的精神斗志高昂地出发。上船前，他们都把背包留下，尽量多带手榴弹，人人做好了拼死准备。
当夜向金门航渡已非常危险，国民党军最害怕解放军渡海增援，因而派飞机不断在海空上巡逻，投掷照明弹。国民党海军第二舰的旗舰“太平”号率两艘炮艇也于当夜往返巡行于古宁头以北的海面上，拦截大陆来的船只，并不断向大陆和古宁头方向炮击。解放军第二批渡海的4个连不顾危险毅然起渡，并利用夜幕掩护，躲过了国民党海空军的搜寻。孙玉秀所率的两个连乘坐的小轮船在接近岸边时被炮火击中，但是人员基本平安登陆。第八十七师派出的两个连乘坐木船航渡时因风浪太大，仅有4个排上岸。
解放军第二四六团的两个连于26日3时在湖尾乡一带登陆，上岸后即歼灭国民党军一个营，随后又向双乳山一带推进，并积极同第一梯队部队联络。解放军第八十七师的第二五九团派出的4个排也于26日3时在古宁头登陆。这时突破口已被国民党军封锁，这4个排只占几个碉堡，随后依托这几个碉堡顽强抗击，打退了国民党军一次次攻击，坚持到26日夜间因弹尽援绝而最后失利。
在这个夜晚，金门岛上的解放军第一梯队不顾经过一个整天苦战的疲劳，利用夜间敌军的坦克、空军不能发挥威力的有利条件，又展开了反击，并以一小部袭击金门县城，主力在岛西北夺取了国民党军的部分阵地，至天亮前又推进到林厝、埔头一线。在大陆一侧的第二十八军指挥所内，报话机的扬声器里还可听到岛上部队的冲锋号声，指挥员和报务人员当场感到又激动又鼓舞。
凌晨时分，第一梯队的部队看到后续部队登陆支援，第二四四团团长邢永生、第二五一团团长刘天祥和第二五三团团长徐博都向军前指报告，说部队受到很大鼓舞，拥护孙玉秀同志统一指挥岛上部队。但是登陆的第二批部队因兵力太少，打开的突破口天亮后又遭国民党军封锁，第二四六团的两个连在团长孙玉秀率领下突出包围，冲到古宁头与坚守该地的部队会合。
10月26日天亮后，岛上的情况又急剧恶化。前一夜，解放军上岛增援部队极少，岛上第一梯队的反击因兵力和弹药的不足，进展也不大。天亮后，经过休整的国民党军又集中主力，在海空军和坦克掩护下向古宁头、林厝、埔头一线猛烈反扑。据解放军第二十八军前指于当天上午接到的报告，第二五一团和第二五三团现存不过数百人。至12时，林厝失守，岛上的解放军部队大都退守古宁头。26日白天，解放军在林厝、古宁头的苦战基本上是顽强的村落据守战。当地的房舍为防台风，多用石块垒成，比较坚固，因此解放军将据守的房舍作为一个个碉堡，实现巷战，使国民党军在逐屋争夺中连连受阻。在埔头、林厝东南的高地上，解放军又占据了国民党青年军在第一天战斗中丢弃的许多永久性工事，使其变为坚固阵地。台湾国民党方面后来撰写的战史也承认，在当天上下午的战斗中，国民党军几乎每攻占一处阵地和一处房屋，都要付出很大伤亡。
26日上午，国民党军第十二兵团司令胡琏赶到金门，和汤恩伯、根本博一起到前线督战。由于其步兵对古宁头久攻不克，他们就要求台湾加派飞机，对村中建筑猛烈轰炸，再用坦克炮和火箭筒抵近逐个射击。然而即使如此，激战至天黑，经3个师的反复冲击，只有几百名解放军据守的这个小村落仍没有攻下来。当时任国民党军青年军团长的雷开煊在后来为台湾军方所撰写的战史《金门古宁头战役讲稿》中，也承认他们在金门、古宁头战斗中十分艰苦。对方的“优点”是：不仅“冒险犯难，行动迅速”，“攻击作业力强”，而且“干部控制力强，因此战斗意志在其控制之下甚为顽强，只要在其干部控制之下，可顽抗到最后”。
金门岛上解放军部队的英勇精神，正是中国共产党在军队中长期培养的革命英雄作风的体现，这种精神也是国民党军队历来无法企及的。在金门战斗中，国民党军只是凭着绝对优势的兵力和火力，才能在这种特殊的战场上勉强打赢一场小仗。
26日午后，第二十八军副军长肖锋和政治部主任李曼村联名以十分悲痛的心情致电岛上的各团领导并转全体指挥员、战斗员和船工，电文高度赞扬了登陆部队敬爱的同志们的英勇善战和流血牺牲，写下了极壮烈的史篇，同时检讨了领导上错判了敌情。电文最后号召，为保存最后一分力量，希望前线各级指战员机动灵活，从岛上各个角落，利用敌人或群众的竹木筏及船只，成批或单个越海撤回大陆归建。我们在沿海各地将派出船只、兵力、火器接应和抢救你们。
当天下午3时许，金门岛上解放军最后一个电台即第二五三团的报话机从古宁头报告：“敌三面进攻，情况十分危急。”扬声器里夹杂着枪炮声，突然一声猛烈爆炸，报话机随即停止了工作。
在第二十八军的电台报务日记上，就此标上了15：20与二五三团中断联络。金门登陆部队的报告再也听不到，只能从海边听到对面的枪炮声仍长久不息。26日下午，国民党军占领了金门岛西北的大部分海岸线，激战至当天晚间，据守古宁头的解放军部队经两昼夜的苦战，已经难以支持。指战员登陆时随身携带的弹药早已耗尽，从战场中敌军尸体上搜集的弹药也基本打光。而且部队登陆时带的干粮已吃完，多数人已是在忍饥苦战。据后来的归俘人员报告，入夜后，孙玉秀和第一梯队各团领导邢永生、刘天祥、田志春、徐博、陈立华等在古宁头附近的一个山沟里会合，举行了临时作战会议，经研究认为我军登陆的十个营已伤亡近5000人，已没有完整的连和营，大家一致同意分成几股打游击，同敌人周旋到底。同时要求利用一切工具渡海，回一个算一个。
26日傍晚，刚奉第十兵团领导之命去金门统一指挥尚存部队的第八十五师师长朱云谦仍等在海边，准备率第二五三团剩下的一个连渡海。可是因无船只，一直无法前往，随后兵团指示朱云谦不要再去金门。此时厦门方向开来一艘汽艇，因第八十五师领导得到消息说古宁头还有团政委陈立华等人坚守，要第二十九军第二五九团派出一个排乘汽艇至古宁头侦察联络，并接运陈立华等人回来。
汽艇刚刚开出，就遭国民党军舰的射击，然而仍冒着炮火行驶。后半夜船只抵达古宁头以北滩头时，发现海滩上有很多人，听到马达声就涉水过来，原来都是自己部队的伤员。汽艇因装载伤员过多，以致搁浅，加之机器又发生故障，结果未能开回，天亮后被国民党军所俘。
26日午夜，金门岛上的解放军组织人员趁夜向北突围。突围后到海边后，寻船没有找到，于是又向东南突围进入山区。但是，还有个别人员留在古宁头村内，仍进行抵抗。在古宁头以北的海边岩壁下，还隐蔽着许多解放军伤员，其中有武器的少数人也在继续坚持战斗。金门岛西北方向在27日上午仍是枪炮声不绝。后来知道解放军剩下的少数人还坚守在古宁头以北的少数地堡之中，并有部分人员在古宁头据屋抵抗，国民党军只得逐屋搜索攻击，才结束了战斗。随后，国民党军又向古宁头附近的北山海边发起攻击，国民党海军的军舰也绕到古宁头北面的海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击。在海陆夹攻下，在海边的一些有武器的解放军伤员战斗到最后牺牲，而大部分伤员被俘。至27日上午10时，金门战斗基本结束。
金门战斗结束后，留在岛上的一些解放军人员还坚持斗争。由古宁头突围的解放军转移到东南山区，准备打游击，可是岛上地区狭小，在几万国民党军的搜索下难于回旋和隐蔽。据后来得到的消息，10月27日下午，第二四六团团长孙玉秀所率的几十人在双乳山附近又被国民党军发现。这些同志继续转移，28日又在沙头附近被包围。这时孙玉秀已负伤，因决心不当俘虏而在担架上开枪自杀牺牲。据后来得到的消息，其他几名团主要领导的结局大致是这样的：
第二四四团团长邢永生在战斗中已负重伤，被其他同志用担架抬到东山沟时被国民党军发现包围被俘。随后他被送往台湾，被其团内的原国民党军俘虏兵指认出来。邢永生拒绝国民党方面的劝降，随即被抬出俘虏营遭秘密处决。
第二五一团团长刘天祥在战斗中被机枪打成重伤，被俘虏后送往台湾。此后国民党方面对他百般劝诱，并用担架把他抬到广播电台让其念反共宣传稿。刘天祥面对逼迫以死抗争，拒不念稿也不吃饭，绝食牺牲。
第二五一团政委田志春率五十多人打游击，后因弹尽粮绝被俘。随后他被送到台湾内湖集中营，仍组织难友进行狱中斗争。结果他被国民党特务视为“最顽固”的分子，不久被带走秘密处决。
第二五三团政委陈立华在打游击时中弹倒地，当时被其他同志认为已牺牲，国民党方面长期也未宣布其下落，后来有人称他改名换姓隐蔽在国民党军队中，直至80年代才被查出并遭处决。
该团团长徐博的事迹最感人，后来台湾方面出版的战史中称，徐博隐蔽在山洞中近三个月，靠夜间出来到农田里挖番薯过活。后经国民党军反复搜山被俘，此时已“长发长须，形同野人”，国民党军经审问后称，他“妄想等他的军队登陆，期作内应”u，并对此感到惊讶。徐博随后被送往台湾内湖集中营，仍坚贞不屈，不到一个月就被带走。据说依照当时国民党特务在台湾执行处决的惯例，被装入麻袋秘密扔入海中。他的斗争事迹和近似“白毛女”式的生活，在人民解放军的历史上是少见的。
金门战斗从其规模上看，只是一次小仗，但是对于一直取得辉煌胜利的人民解放军来说，堪称是解放战争期间的一次重大损失。
人民解放军共损失两批登岛部队3个团另4个连，总计9086人（其中军人8736人，船工民夫350人）。在海岛作战的特殊条件下，因无船则不能撤退，所以遭受到覆没性的损失。据事后了解，登陆部队中约有半数被俘，其余半数牺牲。被俘人员中大多数是无力抵抗的伤员，向敌投降就俘的少数人几乎都是在福州、平潭刚刚被俘虏补充入解放军的原国民党兵。登陆部队的团营干部中，多数人战斗到最后牺牲，少数人被俘也是因负伤或绝粮无弹，没有一个人投降。这些，都表现了登陆部队的高度顽强精神。
国民党军在惨败之际能取得一次小胜，自然大肆吹嘘，以刺激濒临崩溃的人心士气。在大陆上，国民党军同共产党军和日军作战时，对其战果历来是以几倍或几十倍来夸大宣传。尤其是军队下级向上级吹嘘，军方头目又加倍向宣传机构吹嘘, 宣传机构又加倍宣传，吹牛的平方变为吹牛的立方、吹牛的四次方，结果把当年国民党报纸上公布的消灭共产党军队的数字加起来，已经超过了解放区人口总数，这在当时已成为国内外新闻界的笑柄，也成为国民党的宣传在广大人民中威信扫地，几乎无人相信的重要原因。相比之下，台湾国民党当局对金门战斗战果的吹嘘倒算是相形见绌。
翻一下国民党官方对金门战斗战果的报道，可谓说法一时一样，而且自相矛盾。金门战斗结束后，台湾的国民党官方喉舌《中央日报》声称消灭了对方“五个团”，“共一万四千人”，甚至胡吹什么“俘匪军中，有匪军长、师长等重要军官多名”v；不久以后，台湾的官方宣传中的战果又变成了消灭对方“八个团”或“七个团”，而人数又从“一万三千”到“二万人”，说法各异。直至1980年底台湾出版的国民党装甲兵的战史中还吹嘘说“匪特遣指挥官肖锋下落不明，谅必于25日上午被我战车击毙海中”w。相对而言，倒是在金门指挥过作战的胡琏、高魁元在数字问题上稍客观一点，说金门战斗只消灭对方“一万余人”或“万余精锐之众”，并说对方登陆部队中根本没有师以上干部。在金门战斗时曾任团长的雷开煊在其为台湾军方撰写的战史中也还是如实地说对方登陆部队只有3个团，“无高级人员作统一指挥，其先头三个突击团，系由两个军三个师中抽出精锐组成”。
国民党军在金门战斗中也付出了重大伤亡，战后很长时间台湾国民党方面都未公布己方的死伤数字，只是在许多回忆和报道中承认战斗中伤亡很大。据战后人民解放军得到的消息，国民党军伤亡共计9000余人。事过20多年后，当时的国民党军第十九军军长刘云瀚曾撰文称战斗中“我军负伤官兵一千九百零八人，阵亡官兵一千二百七十九人”z。这一数字显然与一般军事常识不符。有战场知识的人或熟悉战史的人都知道，交战双方在使用步兵武器进行陆战的情况下，除了战场被对方完全控制，己方伤员无法救治或带伤死战的特例外，战斗中死与伤的比例应该是1∶3.5至1∶4。当时国民党军完全控制了金门战场，其伤员都及时得到救治，因此如果其官兵真是阵亡1279人的话，负伤至少应在4000人以上，总的伤亡数也应有五六千人。
人民解放军在金门战斗中损失的绝对数字并不很大，但是投入作战的3个团近9000人竟成建制地覆没，这种损失在人民解放军战史上还是极其罕见的。过去战史上几次重大的损失如长征中的湘江之战、红军西路军的失败及皖南事变，尽管损失的总数字不小，还都不至于全部覆没。因为在大陆上战斗不利时，人民解放军历来是“打得赢就打，打不赢就走”，一般都能成功地摆脱敌人。可是在海岛作战的条件下，由于没有海空军支援，一旦打不赢，要走也很难走得成，失利极容易导致全部覆没。在这个意义上，金门失利对人民解放军领导机关敲了一记警钟，使人们对岛屿作战的特殊性加以认真的思考和研究。
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