沙漠，不适合人类生存，尤其是数万尽失粮秣，仓皇逃命的人。顺理成章的，林丹汗所剩的部众开始“杀人易食”，凄惨之状，无以复加。一些部众忍受不了这样的苦楚，纷纷东归投奔后金，1633年4月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。6月，巴达西寨桑等5个头目, 率千余户投降。图谋恢复是以后的事情，现在必须解决吃饭问题。自己没有，就只能去抢。
1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是连续在3、4、5月出兵，闰八月甚至和洪承畴交手。这没有什么政治意图，目的只有一个：粮食。这时的林丹汗，几乎又回到了刚刚继位时“穷饿之虏”的起点上，人生的循环，就是如此残酷。跌落到命运的谷底，或者彻底沉沦，或者再继续拼搏下去。林丹汗选择了后者，他不甘心就这样宣布自己的失败。
1634年，经过多方联络，统治西藏的藏巴汗、游牧青海的绰克图台吉以及控制康区的白利土司与林丹汗结成了“反黄教联盟”。既然黄教的活佛和僧侣们已经视我为敌人，那就决裂的彻底一些吧。黄教不是庇佑后金吗？那我就反黄教。联盟成立之后，获得了物资补充的林丹汗，向青海转移，那里，可以建立根据地，东山再起。命运出现了转机，但这转机却更像是一次无情的嘲弄——1634年夏秋，林丹汗因天花病死于甘肃大草滩。
他只有43岁，如果不是突如其来的瘟疫，他应该还有很多时间。他失去了重振旗鼓的可能，但也避免了亲眼看到自己灭亡的可能，如果当他面临崇祯皇帝所面临的最后选择时，他会如何去做？历史没有答案了。林丹汗的死，使蒙古的抗金阵营失去了最后一面旗帜，林丹汗身边最忠心的部众也开始星散，成群结队的人降于后金，仅是年十一月，便有五千户二万余人。那尊被林丹汗视为护法神像的嘛哈噶喇金佛也被人送到后金，在皇太极看来，它的载归，昭示着蒙古国运的终结。
林丹汗的儿子额哲与母亲苏泰带着最后数千部众困守在大漠，父亲、丈夫不在了，他们不知道自己该怎么办。漠北喀尔喀车臣汗遣使额哲，希望他移帐漠北：“我等与尔汗原系同宗，满洲岂尔等之主耶？即宜来归，勿再迟延”。汗廷末路，有人便想做曹操了。留下来必然被后金消灭，而北上就会成为傀儡，额哲母子权衡犹豫，彷徨无计。
而皇太极却不会给他们权衡的时间，1635年2月，后金以多尔衮、岳托、萨哈璘、豪格为统兵元帅，率精骑一万远征林丹汗余部。4月28日，后金军趁着大雾包围了汗廷，派出苏泰之弟南楚劝降。额哲母子见大势已去，“遂归降后金”。那块世代相传的传国玉玺，终于落到了皇太极手中。
429年的蒙古帝国，至此终结。作为亡国之君的林丹汗，也“享受”到了应有的耻辱，自己的八个妻子，全部被皇太极及其兄弟、臣子瓜分。1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚盛京沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达彻辰汗”的尊号。同年，皇太极即皇帝位，改国号为“清”，改元崇德。林丹汗败死，“建虏无复西顾忧，而东谋朝鲜矣”。而随着朝鲜王国的归附，在东亚清朝最后的要消灭的对手，就剩下大明王朝了。
清朝的皇帝们对于投降者，倒是从来不吝啬怀柔之赏，额哲投降后被封为亲王，“位冠四十九旗贝勒之上”，但是，其他首领是识时务的“俊杰”，自己是亡国之裔，被敌国册封得如何显赫，都难以排解委屈和抑郁。 1661年，额哲死，其弟阿布奈袭亲王爵位。阿布奈对于清朝甚为轻视，长达八年“不一朝请”，对于清朝公主为自己所生的儿子也不亲自抚养，连皇帝赏赐礼物时，都“不亲身一问”。这种无视皇权的行为，终于让康熙皇帝不能容忍，1669年将他拘押于盛京沈阳。同年9月，阿布奈长子布尔尼袭位，年方十六岁，比其父更轻视清朝皇帝，认为自己“即大元之后也，虽附于大国，由有帝号”。但他虽然年轻，却很有头脑，表面上对于对于清帝十分恭顺，避免重蹈父亲覆辙。
1673年12月，“三藩之乱”爆发，一时间海内喧腾，天下大乱。一直在暗中训练兵马的布尔尼与其弟罗布藏等原察哈尔贵族看到有机可趁，于1675年起兵反清。三藩在南，察哈尔在北，一个旗号“反清复明”，一个号召“光复大元”，康熙皇帝的郁闷可想而知。三藩还远，而察哈尔与帝国心脏北京近在咫尺，必须尽快解决。康熙迅速以信君王鄂扎为抚远大将军，大学士图海为副将军率军镇压。
这时清朝精锐都南下平叛，京中空虚。图海等挑选八旗家奴之中的勇健者数万人组成军队，为了让乌合之众成为虎狼之师，鄂扎率军每到一处便纵兵抢掠，以激励士气。到达察哈尔境内后，更说“察哈尔旧国，数百年之基业，珠宝不可胜计，如能得之，可富贵终身”。清军人人踊跃，于4月20日在达禄与察哈尔军交战。
布尔尼原以为自己高举大旗，蒙古各部都会望风而来，岂料各部归顺清朝40余年，早已经“亲如一家”，无人前来响应。孤立之下，率所部3000人与清军交战，寡不敌众而败，布尔尼兄弟逃走，不久便被追及杀死。康熙皇帝平定布尔尼之后，将拘押在盛京的阿布奈绞杀，察哈尔汗室所有男性成员都被处死。林丹汗的子孙，便在这场不成功的造反当中，被绝灭。
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