研究miRNA的老师们都清楚miRNA靶基因预测的重要性，之前的文章《研究miRNA，这些数据库你必须得知道！| 常用数据库汇总》给各位老师介绍了一些常用的miRNA研究数据库，今天就为大家挑选几个常用的数据库介绍一下其使用方法。 植物miRNA靶基因的预测 psRNATarget 网址：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ 该网址有三种模式可以选择：载入miRNA的信息预测其靶基因；载入一个基因预测miRNA；同时载入miRNA和基因预测结合情况。
这些数据库一般是通过预测miRNA种子区与mRNA的结合情况来预测靶基因。种子区（seedregion）指的是miRNA上进化最为保守的片段，从第2个到第8个核苷酸，通常与mRNA 3’-UTR上的靶位点完全互补。每个数据库都有自己独特的一套规则，但主要遵循以下几个基本原则：miRNA与其靶位点的互补性；miRNA 靶位点在不同物种之间的保守性；miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；miRNA 靶位点处不应有复杂的二级结构等。当然，具体允许有多少个错配，哪里有错配，这就因数据库而异了。当然，这种预测也并不是完全正确的，因为动物miRNA:mRNA双链往往含有错配、缺口或凸出，因此，预测并不一定是准确的。不过，对于分值最高的匹配，后续实验的成功率还是挺高的。以下便是人们常用的miRNA靶点预测工具及其使用方法。
我们将拟南芥的miRNA: ath-miR156a-5p Fasta格式序列输入，cDNA选择拟南芥最新数据库，点击Upload&Submit：
结果就是酱紫的：
动物靶基因预测
动物靶基因预测数据库比较多，我们只挑选几个最常用的介绍一下。
TargetScan
网址：http://www.targetscan.org/vert_71/
TargetScan（targetscan.org）由麻省理工学院的Benjamin Lewis等人在2003年开发，它通过搜索与每个miRNA的种子区匹配的保守位点而预测miRNA的靶基因。作为一个选项，非保守位点也可预测。与其他的目标预测工具不同，TargetScan提供每个miRNA预测靶点的准确排名。这些排名是基于进化上保守的靶定概率（PCT得分）或抑制的预测效果（背景+得分）。TargetScan目前包括TargetScanHuman、TargetScanMouse、TargetScanFish、TargetScanFly和TargetScanWorm，分别围绕人、小鼠、斑马鱼、果蝇和线虫的基因提供预测。目前最新的版本是TargetScan 7.1。
如预测人的hsa-miR-21靶基因首先会弹出这个选项，这是因为miR-21和miR-590种子序列相同导致的，我们选择第一个broadly conserved一栏的miRNA：
结果如下图：
如果我们想看一下hsa-miR-21-5p与预测的靶基因ZNF367的结合情况，就点击Sites in UTR，结果如下：
在该页面我们不仅可以看到预测的hsa-miR-21-5p与ZNF367的结合位点情况，还可以看到另外有哪些miRNA靶向该基因。
8mer、7mer等的定义
miRBase
很多老师只把miRBase当做是miRNA序列查询的工具，其实miRBase还有很多其他功能。靶基因预测的数据库有很多，可能你只知道其中一两个或者知道很多但是不会用，这个都不要紧，你只需要会用miRBase就可以了！不信？那科研小助手让你“眼见为实”！
首先打开miRBase是酱紫滴：
在右侧的Search by miRNA name or kyword一栏输入has-miR-21，结果如下：
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