打开APP
userphoto
未登录

开通VIP,畅享免费电子书等14项超值服

开通VIP
GEOquery包的getGEO函数总是无法下载肿么办
options(stringsAsFactors = F)
# 注意查看下载文件的大小,检查数据 
f='GSE76275_eSet.Rdata'

library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置,一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
  gset <>'GSE76275', destdir='.',
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 getGPL = F)       ## 平台文件
  save(gset,file=f)   ## 保存到本地
}
load('GSE76275_eSet.Rdata')  ## 载入数据

但总是有部分大陆的朋友使用起来很困难,错误如下:

通常只有的网络错误,都很诡异,毕竟长城在这里。

解决方式也简单,加上代码: options( 'download.file.method.GEOquery' = 'libcurl' ) 即可!

再次运行后如下:

修改后就没有问题啦,下载进度条很喜人:

但是,这个时候会引入另外一个问题,如下:

新的问题需要新的解决方案,我们下回再讲。

      ■


生信基础知识大全系列:生信基础知识100讲   

史上最强的生信自学环境准备课来啦!! 7次改版,11节课程,14K的讲稿,30个夜晚打磨,100页PPT的课程。   

如果需要组装自己的服务器;代办生物信息学服务器

如果需要帮忙下载海外数据(GEO/TCGA/GTEx等等),点我?

如果需要线下辅导及培训,看招学徒 

如果需要个人电脑:个人计算机推荐

如果需要置办生物信息学书籍,看:生信人必备书单

如果需要实习岗位:实习职位发布

如果需要售后:点我

如果需要入门资料大全:点我

本站仅提供存储服务,所有内容均由用户发布,如发现有害或侵权内容,请点击举报
打开APP,阅读全文并永久保存 查看更多类似文章
猜你喜欢
类似文章
【热】打开小程序,算一算2024你的财运
windows电脑使用Rstudio有多少错误呢
下载所有芯片探针序列并且写成fasta文件
数据挖掘专题 | GEO数据下载
GEOquery如何读取本地表达矩阵压缩包
用GEOquery从GEO数据库下载数据
QT Ui文件介绍
更多类似文章 >>
生活服务
热点新闻
分享 收藏 导长图 关注 下载文章
绑定账号成功
后续可登录账号畅享VIP特权!
如果VIP功能使用有故障,
可点击这里联系客服!

联系客服