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[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure

先来假设一个问题,想分析一套芯片或测试的表达矩阵数据,然后不会R语言?那我们该怎么做?下面 step by step ,首先来到网页版神器的界面:

首页咱们就不看了,网页总的来讲非常干净,能做的分析大家可以看下,其实就是一整套的分析流程,一般的公司顺便做的那种流程基本就是这样了,不,远没有这么丰富。 这里有一个比较重要的一点就是,准备好自己的数据格式,跟网页要求的一样。

给大家留个链接:https://idepsite.wordpress.com/data-format/ 工具的作者准备好的,自己导入的数据格式要准备下哈。

数据预处理

看看这个图不就是用 R语言分析预处理的过程嘛,注意哦这些高清图片是可供下载的! 充分满足大家的需求:

等等,还有惊喜:

查看自己感兴趣的基因表达, 高颜值图片可下载

高颜值可交互式调节的聚类热图免费送

 还有惊喜:

样本相关性矩阵:

K-means聚类

可以放到Paper里的PCA分析

差异基因分析

高颜值火山图免费领,这样的图白介素同学自己用 R做都不一定有它好看,once again,可下载高质量矢量图!

上调和下调基因的GO或者KEGG等等其它所有的类似 ,上面其实已经有了,这次来一个完整的图。

然后下面还可以展示通路上的基因的热图:

还有一个聚类的功能:

WGCNA数据挖掘,说到这个白介素同学表示后悔了,昨天也提供一个在线的完成 WGCNA的网页神器(网页版超好用神器03,外科医生也能用3分钟分析RNA-seq了!WGCNA也能顺手做),好这里大概就是第二个了。

这个神器确实不是一般的毒!

模块基因的富集分析

再来一个爆炸福利,分析代码免费送

最后再提一下,这个工具还衔接起了ARCHS4 整合公共RNA-seq数据库,方便大家使用。

白介素同学迄今见过的最好用的数据挖掘工具了,非常适合生物医学背景的研究人员(请得起专业生信工程师的当我没说)。 once again, 白介素同学墙裂推荐!

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