科研小白专属作图神器，不会 R 语言也能做出高大上科研图

每当看见别人文章中高端大气上档次的 PPI 图、热图、富集图、韦恩图、和弦图、火山图和主成分分析图，作为不会 R 语言的科研小白，你是否也和我一样对这种提升文章质量的 Figure 望洋兴叹！

没事儿，今天笔者就给大家送个福利，不用 R 语言同样能做出这么好看的图。

今天分享的这个作图神器是 NetworkAnalyst，一个相当好用的可视化作图软件，废话少说，直接上网址 https://www.networkanalyst.ca/（复制链接到浏览器打开），讲述作图方法。

该网站是持续更新的，最近一次更新时间是 2019 年 5 月 4 日。进入网站首页，可以看到有几种不同的上传数据类型，处理的方法大致相同，今天笔者以 Gene List Input 这个入口给大家讲解。

点击 Gene List Input，进入数据上传页面，这个入口，我们可以上传自己的数据。

这里我以网站的范例给大家讲解，点击 Try Example，可以看到提供了 6 个范例数据，我们选择 gene list 1，这个数据库是内毒素耐受的人源蛋白库。点击 OK，在数据输入栏中可以看到范例的数据了。

点击 Upload 上传数据，待网页刷新后，选择右下角的 Proceed 继续，可以看到在新的页面中将出出现多种不同的作图方式。

1. List Enrichment Network

选择 List Enrichment Network，进入作图可视化页面后，在中间部分会出现该数据集的富集图，这个图的颜色、布局之类可以进行调整；在页面的左边是该数据集的具体信息，包括蛋白数目和各蛋白名称；在页面右边是该数集集涉及到的主要信号通路。

2. List Heatmap View

选择 List Heatmap View，进入作图可视化页面后，可以看到该数集根据蛋白的表达量制作的热图分析，在页面的上方可以对热图的颜色，边界进行修饰，还可以将该热图保存为不同的格式，直接用于文章中。

3. Generic PPI

选择 Generic PPI，随后可以看到让选择不同的蛋白互作数据库，这里选择默认的 IMEx 数据库，随后点击 OK。在出现的页面中有 Networks 集，可以下载 SIF 格式的相互作用集。

点击右下角的 Proceed，继续 PPI 构建，可以看到非常绚丽的 PPI 网路图。

由于上述数集都是单一的，因此不能做 Venn Diagram 和 Chord Diagram，为此，我们重新进入数据上传页面，在范例的数据中选择 Multiple Lists，随后依次点击 OK-Upload-Proceed，进入作图方式选择页面。

4. Venn Diagram

选择 Venn Diagram，进入作图可视化页面后，可以看到这三个数据集的韦恩图。

5. Chord Diagram

选择 Chord Diagram，进入作图可视化页面后，可以看到这三个数据集的和弦图。

除此之外，该网站还能在线做火山图和主成分分析图，回到网站首页，选择 Gene expression table 进入数据上传页面，我们以范例数据 Estrogen 为例，随后依次点击 submit-Proceed。

进入新页面后，点击 Proceed，进入数据标准化处理页面，随后依次选择 submit-proceed。

进入表达分析页面后，继续依次选择 submit-proceed（重复 2 次），进入作图类型页面。

6. Volcanno Plot

选择 Volcanno Plot，进入可视化页面可以看到别具一格的火山图。

7. PCA 3D

选择 PCA 3D，进入可视化页面后，可以获得以下主成分分析的 3D 图。

怎么样，同为科研小白的同行们，这个作图可视化网站是不是很好用，快来试试吧，让你离高分文章更近一步。