为充实长江下游的军事力量，拱卫首都 建康和抑制上游桓氏势力东山再起，抵御 前秦南下等， 谢安打算成立新军。孝武帝太元二年（377）十月，朝廷任命 谢安侄子 谢玄为南兖州刺史，负责筹组新军。 谢玄随即把 南兖州的军事治理机关从京口（今 江苏 镇江市）移到 广陵（今江苏 扬州市）， 南徐、南兖两州侨户纷纷应征入伍。当时 彭城（今 江苏 徐州市）刘牢之等数人以骁勇应选， 谢玄任命刘牢之为参军，率领精锐作为前锋。因为晋朝百姓称京口为 北京，所以当时人称这支军队为“北府兵”。太元四年（379）五月，前 秦兵俱难、 彭超部进攻 淮南，并包围三阿。北府兵援救三阿，一战告捷，迫使前 秦兵向北退逃。太元八年（383）淝水之战，北府兵更是表现神勇，成为击败 前秦的中坚力量。北府兵的军事实力使它成为各政治集团争夺的对象，北府将领也成为左右东晋政局的重要力量。
太元二年(377)，朝廷因 前秦强大，诏求文武良将镇御北方。其时 谢安当国，以兄子 谢玄应举。朝廷拜玄 建武将军、兖州刺史﹑领 广陵相，监 江北诸军事，镇广陵。徐(治京口)、兖(治 广陵)二州本是北来侨民的集中地。“人多劲悍”﹐富于战斗经验，桓温曾说：“京口酒可饮，箕可用，兵可使。” 谢玄召募劲勇，徐﹑兖人民纷纷应募入伍， 彭城 刘牢之﹑ 东海 何谦﹑琅琊诸葛侃﹑ 乐安 高衡﹑ 东平 刘轨﹑ 西河田洛﹑ 晋陵 孙无终等皆以骁勇应选。谢玄以 刘牢之为参军，常领精锐为前锋，战无不捷，威震敌胆。太元四年，谢玄率兵在盱眙(今江苏盱眙东北)﹑淮阴(今属江苏)和君川(盱眙北)等地击败前秦军的进攻，进号冠军将军，加领徐州刺史 ，镇京口。东晋称京口为“北府”，所以称这支军队为北府兵。
王夫之关于北府兵建立的论述：“ 谢安任桓冲于荆、江，而别使谢玄监 江北军事，晋于是而有北府之兵，以重相权，以图中原，一举而两得矣”。桓和谢是东晋四大门阀之二，所以两者既有争权夺利的冲突，也有维护士族阶层权益的本能。从东晋政府整体的利益出发， 谢安很好地处理了中央与地方 藩镇的关系，平衡了谢桓两大家族的力量。
东晋所辖境土主要为荆、扬二州。 荆州位居上游，地广兵强，是防止北方南下的重要据点，设有强有力的都督府，“资实兵甲，居朝廷之半'。 扬州为京畿之所在，乃立国根本。三吴及 浙东是谷帛的重要基地。但是“建邺拥天子以为尊而力弱，荆襄挟重兵以为强而权轻”（读通鉴论），这种“枝强干弱”的局面，就成为荆扬之争的根源。
继督荆州的 桓冲把扬州的军权让给 谢安，双方互相协作，出现了“君臣和睦，上下同心”的局面。面对咄咄逼人的北方， 谢安深知原来的世兵制军队腐败不堪，根本对付不了 前秦的军队，于是选派“有经国才略”的侄子 谢玄为 兖州刺史，监 江北诸军事，北镇 广陵，组建北府兵。
北府兵是在太元二年（377）十月， 谢玄拜 建武将军、兖州刺史领 广陵相、监 江北诸军事时组建的。《资治通鉴》孝武帝太元二年十月载：“玄募骁勇之士，得 彭城 刘牢之等数人，以牢之为参军，常领精锐为前锋，战无不捷。时号北府兵”。《晋书 刘牢之传》则对此记载较详：“太元初， 谢玄北镇 广陵，时 苻坚方盛，玄多募劲勇，牢之与 东海 何谦、琅琊诸葛侃、平安 高衡、 东平 刘轨、 西河田洛及晋陵 孙无终等以骁勇应选。选以牢之为参军，领精锐为前锋，百战百胜，号为北府兵，敌人畏之”。
这里两个问题，第一，北府兵之得名由来。《通鉴》胡三省注：“晋人谓京口为北府。 谢玄破俱难等，始兼领 徐州。号北府兵者，史终言之”。谢玄太元二年为兖州刺史，领 广陵相、监 江北诸军事，开始招募军队；太元四年，打败后秦在 淮南的进攻，进号 冠军将军，加领徐州刺史。于是他统帅的这支军队便正式称作北府兵。其实，北府之名起自东晋之初。《世说新语》卷六排调第二十五注引《南徐州记》曰：“旧徐州都督以东为称，晋氏南迁，徐州刺史王舒加北中郎将，北府之号，自此起也”。据《晋书 王舒传》：王舒在 宣城公 司马裒（póu）死后，即代裒镇除北中郎将监青、徐二州军事。 据《晋书 元帝纪》与《通鉴》卷九十，司马裒为都督青、徐、兖三州诸军事，镇 广陵，事在建武元年（317）三月，同年十月薨，王舒代裒镇广陵当在此时。时元帝尚称晋王，次年三月才即帝位，说明北府之号起自东晋之初。钱大昕《廿二史考异》卷二二《王恭传》：“都督以北为号者累有不详”条下云：“按徐、兖二州都督以北为号，故有北府之称”。说明北府兵名称的由来，是由于南徐、南兖二州都督以北为号。诚然，徐兖二州都督并不一定都以北为号，徐兖二州都督或刺史的 治所也有 广陵、京口、下邳、 淮阴、金城、 合肥等处的不同。但自东晋初王舒以徐州刺史加北中郎将镇 广陵后，徐兖二州都督或刺史习惯上一般都以加北为军号；广陵、京口作为北府镇所的次数也最多，因此东晋人按习惯均可称徐兖二州都督府为北府。然此时 广陵和京口镇府所辖之兵，虽为北府之兵，却并不是后来特称的北府兵。直到太元二年 谢玄以京口、 广陵为基地招募组建起来的新军，才在历史上特称为北府兵。第二，北府兵的人员组成。北府兵既然是以京口、 广陵为基地组建而成的，而京口和广陵所在的南徐州和南兖州是东晋北来侨民最多的地区，仅南徐州所属就包括徐、兖、冀、青、幽、并、扬七州郡邑，侨寓人口计二十二万之多，超过当地居民二万余。因此，北府兵当以北方侨民和子弟组成。从资料来看当时招募的主要是将，而不是兵。 刘牢之、 何谦、诸葛侃、 高衡、 刘轨、田洛、孙无终等实际上都是活动于江淮以南拥有一定武装力量的流民帅，纳入北府系统后，只需授予军号或刺史名义，或补充一定兵员，就能作战。但这绝不是说就没有招募兵丁。晋元帝太兴四年（321）五月庚申诏：“其免中州良人遭难为扬州诸郡僮客者，以备征役”。这是东晋初年的一次征发，对象是沦落为僮客的北方流民。如何处置北方南下的流民，一直是东晋政局中一个非常重要的问题。设置侨州郡县，就是用来解决这个问题。担任侨州郡县刺、守的，往往就是流民帅。如郗鉴初镇京口，为北府镇将时，“所统错杂，率多北人”。 谢玄受命兖州的前一年（太元元年），东晋“移淮北流人于 淮南”，当是谢玄补充北府镇将统兵的一个重要兵源。《谢玄传》：“时苻坚遣军围襄阳，车骑将军桓冲御之，诏玄发三州人丁，遣 彭城内史 何谦游淮泗，以为行援”。据《通鉴》，前 秦军围襄阳，在太元三年四月，东晋发三州人丁当在刺史或略后，所发三州，以当时情况度之，当是侨立的徐、兖、青三州。这里的三州人丁，据东晋初情况言之，编户的可能性极少，主要应是太元元年淮北入 淮南的流民。《宋书 五行志》谓太元三年：“氐贼围 南中郎将朱序与襄阳，又围扬威将军戴遁（遂）于 彭城。桓嗣以 江州之众次偌援序，北府发三州民配 何谦救遁”。这也证实北府将 何谦所部，有三州民丁的补充，这是募兵充实北府将帅力量的一个证明。可知， 谢玄筹组的北府兵，实际上是集合一部分原北府镇将，后来又独立、半独立活动于江淮的宿将或流民武装，并征发一部分过淮流民予以补充而成。
北府兵首先遇到的是太元三年的时候 前秦向东晋发动的一场进攻。太元四年二月，苻坚派 征南大将军苻丕率步骑七万进攻东晋在西线的军事重镇襄阳。为配合西线的进攻，七月，又遣兖州刺史彭超为都督东讨诸军事，与将领俱难、毛盛等帅步骑十万进攻东晋的东线重镇 彭城、淮阴、 盱眙。次年二月，秦军攻下襄阳，执晋将朱序。在东线，面对秦的进攻，晋派万余北府兵援救 彭城，军于泗口，欲遣间使报沛郡太守（彭城）戴遁而不可得。时 彭超置辎重于留城（ 彭城郡属县，今 沛县东南）， 谢玄扬言遣北府将 何谦率军袭取留城，彭超释彭城围还保辎重，东晋彭城太守戴遁随何谦帅彭城之众奔谢玄，彭超进据彭城，而南攻盱眙。俱难攻克淮阴。四月，秦将毛当、 王显在攻拔襄阳后帅众二万东会俱难、 彭超攻 淮南。五月，秦军攻拔盱眙，执 高密内史毛操之， 秦兵六万围晋幽州刺史田洛于三阿（今 江苏 宝应）。三阿距 广陵百里，东晋朝廷大震，一面沿江布防，遣征虏将军谢石帅舟师屯涂中，右卫将军 毛安之等帅众四万屯堂邑（今 南京 六合）；另一面派 谢玄自广陵率北府兵救援三阿。六月， 谢玄与田洛帅北府兵五万败秦军于盱眙，秦军退屯淮阴。玄遣北府将 何谦帅舟师朔淮水而上，焚毁秦军建造的淮桥，秦将 邵保战死，退屯淮北， 谢玄与何谦、戴遁、田洛等乘胜追击，再败秦军于君川（今盱眙县北 君山之川）。 刘牢之等又破坏秦军的运舰，秦将俱难、 彭超仅以身免，秦军在东线的进攻北 谢玄组建不久的北府兵击败。上述史实可以看出， 谢玄先前驰援 彭城的北府兵仅万余人，而用于君川，最高数却达到五万，说明北府兵是在战斗中汇入各支力量而发展的。北府兵最大的战争是太元八年淝水之战。其年七月，苻坚大举入侵东晋，计步兵六十余万，骑兵二十七万，由苻融和慕容垂率步骑二十五万为前锋，是年十月占据 寿阳。东晋以谢石为征讨都督，以徐、兖二州刺史 谢玄为前锋都督，与辅国将军谢琰（yǎn） 、西中郎将桓伊等率众八万迎战；另派龙骧将军胡彬率水军五千增援寿阳。 前秦梁成率先遣部队五万屯驻洛涧（今 寿县西南），“栅淮以遏东兵”。谢石去洛涧二十五里而军。胡彬得知寿阳已被破，退保浃石。十一月， 刘牢之率五千袭取洛涧，歼灭秦军一万五千，杀梁成。晋军乘胜至淝水右岸。 谢玄为迅速与秦军决战，遣使苻融要求秦军略向后退，“使晋兵得度，以决胜负”。由 项城率轻骑八千赶来寿阳的苻坚与前锋主帅苻融同意秦军后移，企图半渡而击，“以铁骑蹙（cù）而杀之”。谁知一退而不可复止，俘将朱序在阵后大呼“ 秦兵败矣”，秦军顿乱，苻融驰骑掠阵，马倒后被晋兵所杀，苻坚也为流矢击中，秦军全线崩溃,“自相蹈藉投水死者不可胜计，淝水为之不流”。淝水之战，根本原因是 人心背向，但与北府兵英勇作战也是分不开的。东晋用于淝水之战的军队共计八万五千人，其中有胡彬水军、谢琰“台兵”、桓伊西府兵，还有 桓温部将檀玄所部，实际参战北府兵只有五万左右（杨德炳《关于北府兵的兵数与兵将来源》（魏晋南北朝隋唐史资料第五期））。北府兵军事方面战绩还表现在 谢玄在东线的北伐。太元九年八月，谢安以徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，帅 豫州刺史 桓石虔进兵涡、颍（今 安徽 蒙城、 河南 许昌一带），经略旧都。 谢玄进至下邳，秦徐州刺史赵迁弃 彭城败退，玄进据彭城，遣 刘袭攻秦兖州刺史张崇于 城，兖州平。十月，又进伐 青州，遣淮陵太守高素以三千人向广固（今 山东 益都西北），秦青州刺史苻朗投降。接着又进兵 冀州，遣龙骧将军 刘牢之，济北太守丁匡据碻（qiāo） 磝（áo）， 济阳太守郭满据滑台， 奋武将军颜雄渡过 黄河立营，苻丕遣将桑据屯黎阳（今河南 浚县东南）以拒，玄命刘袭夜袭桑据，克黎阳，苻丕惶恐欲降。玄遣晋陵太守滕恬之渡河守黎阳，“三魏皆降”。朝廷以兖、青、司、豫平，加玄魏都督徐、兖、青、司、冀、幽、平七州军事，玄驻军 彭城，“北固河上，西援洛阳，内藩朝廷”。太元十二年三月，司马道子掌实权，朝议“以征役既久，宜置戍而返”。降晋 丁零族 翟辽据黎阳反，执滕恬之， 泰山太守 张原举郡叛晋， 河北骚动。玄还镇淮阴，北府兵北伐攻下的地区又为后燕占据。
谢安组建北府兵除了抵御北方强敌的入侵，还有一个目的，就是要改变扬州“权重而力弱”的局面。
孝武帝宁康三年， 桓冲把扬州的事权让给 谢安，自己出任 都督徐、豫、兖、青、扬五州诸军事、徐州刺史，出镇京口。翌年， 谢安欲以孝武帝后父王蕴为 方伯，“乃复解冲徐州，直以 车骑将军 都督豫、江二州之六郡军事，自京口迁镇故孰”。太元二年，镇守荆州的桓辖死， 桓冲还督江、荆、梁、益、宁、交、广七州军事、荆州刺史。 谢安使 桓冲从京口退至故孰，再退至桓氏根据地荆州，主要是借用了 褚太后与王皇后的 权柄。为了从根本上改变没有军事依托的状况， 谢安令玄在 广陵组建北府兵。组建之初， 桓冲坐镇荆州，仍以 四方镇杆为己任，还瞧不起扬州的力量。淝水之战时，冲“深以根本为虑，乃遣精锐三千来赴京都”，认为谢氏不顶用，结果出乎意料。 桓冲死后，荆、江二州守宰并缺， 谢安仍以桓冲侄桓石民镇荆州，桓石虔镇豫州，改任 桓伊为江州，“即以三桓据三州，彼此无怨，各得其所”。朝廷出现了难得的安定局面，固然与 谢安处置有关，但与北府兵的平衡力量也不无作用。一个更明显的事实是，北府兵建立前，往往是镇守荆州的镇将轻易起兵反叛中央，北府兵建立后，荆州镇将必须与镇守京口的北府兵将领联合起来才能成功。晋安帝兴元元年，荆、江州刺史桓玄反叛，由于收买了 都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵军事， 南兖、南青二州刺史刘牢之而获得成功。而后刘裕击灭桓玄恢复晋室，最终又取晋帝而代之，都是依靠了北府兵为骨干力量。
淝水之战后不到二年，即太元十年四月， 谢安为了避开司马道子，出镇 广陵，让出中枢朝权。太元十二年正月，朱序为青、兖二州刺史，代谢玄镇淮阴，征玄为会稽内史，解除了他的兵权。太元十五年，孝武帝以后兄王恭为 都督青、兖、幽、并、冀、徐州晋陵诸军事，兖、青二州刺史，镇京口，北府兵为王恭掌握。 隆安元年，恭在京口起兵反对司马道子和王国宝，北府兵成为内部火并的工具，次年恭再次起兵，其司马 刘牢之反戈击灭王恭，代恭为 都督青、兖、幽、并、冀、徐、扬州晋陵诸军事，镇京口。隆安三年，孙恩起义，北府兵又成为镇压起义兵的主要力量。元兴元年三月， 刘牢之投降桓玄，旋被夺去兵权被迫自杀，北府兵为桓玄并吞，北府兵重要将领 高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武、 孙无终均被杀，刘袭兄冀州刺史 刘轨及宁朔将军 高雅之，刘牢之子刘敬宣投奔 南燕慕容德。北府兵根据地京口和 广陵，分别由 桓修和桓弘镇之，北府兵士众由诸桓分领，北府兵至此被瓦解。从东晋太元二年北府兵建立，到太元十二年 谢玄解除兵权，共十年。从 太元十二年至元兴元年十五年时间，北府兵主要掌握在 刘牢之手中。元兴三年， 刘裕在京口重组北府兵，但这不是北府兵的重建，而是一个新的王朝军队的肇始。
这支军队建立不久，抗御 前秦屡立战功。早在太元三年八月，秦将彭超进攻 彭城(今江苏徐州)。
次年二月， 谢玄率 高衡﹑ 何谦解 彭城之围。后 彭超复与俱难﹑ 毛当等率秦军6万南下，围晋幽州刺史田洛于三阿(今 江苏 高邮西)，朝廷大震。
五月， 谢玄复率 何谦﹑ 刘牢之等解田洛之围。
六月，又连续大败秦军， 彭超﹑俱难仅以身免而北逃。
八年，在有名的淝水之战中， 谢玄、 刘牢之率领的北府兵更发挥了主力军的作用。此后，北府兵乘胜北伐，先后收复今河南﹑山东境内黄河以南大片土地。 刘牢之率领的前锋，还一度打到黄河以北的 邺城(见 邺)。
十二年，朝廷征 谢玄为会稽(今 浙江 绍兴) 内史，以 朱序为青﹑兖二州刺史，代玄镇 广陵。 谢玄从此失去对北府兵的领导权。此后，谯王司马怡，外戚 王恭相继任青﹑兖二州刺史，统领北府兵。安帝隆安元年(397)，王恭自京口起兵反晋，北府兵从此成为东晋统治集团内部火并的工具。次年，王恭二次举兵反晋，司马 刘牢之投降朝廷，倒戈击败王恭。朝廷乃以 刘牢之代恭 都督兖﹑青﹑冀﹑幽﹑并﹑徐﹑扬州晋陵诸军事。刘率北府兵镇京口，成为割据一方的军阀。
三年，三吴地区爆发了孙恩起义。朝廷遣卫将军﹑徐州刺史 谢琰( 谢安子)与 刘牢之前往镇压。不久﹐谢琰兵败被杀， 刘牢之率领的北府兵成为镇压这次起义的主要力量(见孙恩﹑卢循起义)。东晋政府成立北府兵，也是为了拱卫首都，充实长江下游军事力量，以改变荆﹑扬的形势。元兴元年(402)正月，朝廷以 宗室 司马元显为骠骑大将军﹑征讨大都督，以 刘牢之为前锋都督，率北府兵征讨荆州军阀 桓玄。
三月， 刘牢之投降桓玄，不久，被桓玄夺去兵权，被迫自杀。北府兵遂为桓玄并吞。三年二月，刘牢之原参军 刘裕与刘毅﹑何无忌(牢之外甥)等联络一部分北府兵中下级将领分别在京口与 广陵举兵击灭桓玄。 刘裕等人都是北府兵将领出身，但此后他们的军队已不复是原来意义上的北府兵了。
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