大汉四川军政府军队重新加以编制：以原第十七镇为第一师，宋学杲为师长；整编同志军为第二师，彭光烈为师长；整编原巡防军为第三师，以孙兆鸾为师长。这时，赵尔丰仍盘踞旧督署，擅发告示，并暗中召边军入省，妄图夺权。尹昌衡遂召集军事会议，决定逮捕赵尔丰。12月22日，尹昌衡派兵包围旧督署，将赵尔丰抓获，拉到明远楼下宣布其罪状，枭首示众。

大汉四川军政府成立后，四川就出现了成、渝两个军政府并存。尹昌衡曾打算武力统一，蜀军政府也曾邀滇军入川帮助统一，后经各方调解协商，尹昌衡放弃武力统一，滇军也退出四川，双方于1912年1月派代表会商，于2月2日协定：以成都为政治中心，设四川军政府，以成、渝两处都督分任正副都督；重庆为重镇，设镇抚府。这样，四川宣告统一，尹昌衡出任四川军政府都督，张培爵任副都督，重庆镇抚府以夏之时为镇抚总长。

四川军政府成立后，4月，尹昌衡即改编川军为五个师：第一师师长周骏，第二师师长彭光烈，第三师师长孙兆鸾，第四师师长刘存厚，第五师师长熊克武。这里要简介刘存厚、熊克武两人。刘存厚，字积之，四川简阳人，1885年生。早年就读四川武备学堂，后留学日本士官学校。1909年归回后，任云南讲武堂战术教官。辛亥革命爆发后，任援川滇军总参谋，率两梯团进驻叙府、泸州和自贡盐场。滇军回师，四川军政府成立，所部改编为川军第四师，驻叙、泸一带。熊克武、字绵帆，四川井研人，1884年生。早年留学日本。1905年加入同盟会，同年12月回国，在四川各地密谋武装起义。1911年参加广州黄花岗起义。武昌起义后，在上海任蜀军北伐军总司令。1912年3月返川，任蜀军第一师师长。4月，所部改编为川军第五师，驻重庆地区。