蒙古汗国，大部分是土著的蒙古人种和突厥人种，他们要么是萨满教徒、佛教徒，要么是聂思托里教教徒。喀喇契丹国归顺后，又多了喀什噶尔地区的伊斯兰教徒，他们具有纯突厥文化，几乎没有受到伊朗的影响。
而在花刺子模国，则是一个文化上基本属于伊朗的伊斯兰突厥王朝，突厥一伊朗人分布在河中地区，纯伊朗人居住在呼罗珊、阿富汗和阿只迷。
这两位帝国统治者之间的对比十分鲜明：成吉思汗遇事冷静、精明理智、勇猛顽强、思维有条不紊；花剌子模的摩诃末脾气暴躁，思维毫不连贯，缺乏组织能力，喜欢居功自傲。成吉思汗的第一次进攻就使摩诃末完全崩溃，只留下一副怯懦的可怜相。在两人的角色对比中，成吉思汗无疑是统治者，摩诃末则不过是一位游侠罢了。
1212年，摩诃末取代撒马尔罕的末代哈拉汗王乌斯曼后，将花剌子模帝国的都城迁到撒马尔罕。这是一个尚不成熟的帝国，或者说只是临时君主利用武力建立起来的一个新的版图，既没有完善的法典来管理国家，也没有与原可汗们的复辟帝国的巨大权威相抗衡的资本。从种族上来看，这个由塔吉克人和突厥人组成的帝国实际上暗藏危机。它不像早期的塞尔柱人那样，有一个具有军事封建结构的穆斯林突厥氏族作为基础。事实上，花剌子模帝国出自一个塞尔柱的显贵家族，没有忠实的部落在后面支持它，而它的本土——希瓦地区，也因地盘太小而无法支撑一个巩固的土库曼封建帝国。花剌子模帝国的军队征集的是吉尔吉斯草原的古兹或康里部落中的雇佣兵，并无忠诚的感情纽带维系。这些雇佣兵的宗旨是“有奶便是娘”，一旦他们的欲望得不到满足，便随时会叛变，甚至加入到成吉思汗的大军中，对摩诃末进行反击。此外，处于帝国最高层的苏丹家庭因不可调和的仇恨而产生分裂。苏丹的母亲，可怕的秃儿罕可敦怨恨她的孙子札兰丁，处处与之针锋相对，但札兰丁却是摩诃末的宠儿，是这个衰亡家族中唯一有作为的人。
摩诃末把自己鼓吹为伟大的塞尔柱苏丹桑伽的继承人，以期得到国民的信服。他以伊斯兰世界代理人的身份发动圣战，打击不信教者，或者信仰佛教或聂思托里教的蒙古人。他希望恢复大塞尔柱土耳其人帝国，像桑伽一样成为伊斯兰世界的苏丹。但他十分愚蠢，与巴格达的哈里发发生了尖锐的冲突，几乎就要兵戎相见。哈里发纳昔儿(1180～1225年在位)对摩诃末恨之入骨，声称宁愿要蒙古人也不要他。二者之间的矛盾使得分裂孤立的穆斯林世界根本无法抵御蒙古人的入侵。
花剌子模帝国率先点燃了与成吉思汗蒙古国的战火。成吉思汗一度想和花刺子模人建立正常的商贸往来。但是，1218年，成吉思汗所派遣的一支商队在经过花刺子模国边境城市讹答刺时被劫，花刺子模国非但没有向他们伸出援手，其总督亦纳乞克甚至还杀害了蒙古商队的一百多人。索赔未果的成吉思汗决定讨伐花刺子模帝国。
1219年夏天，蒙军集中在也儿的石河上游。秋天，成吉思汗率蒙军到达海押立，葛逻禄人和阿力麻里、回鹊人的首领全都率兵前来助阵。尽管花剌子模军队在数量上占有绝对的优势，但只有10万～15万兵力的蒙军也不容小觑，他们的纪律相当严明，是一个团结紧密的集体。
摩诃末把防线布在锡尔河一线与河中沿线的整条边境上，准备全面阻击成吉思汗。结果花剌子模虽然兵力众多，却因为太过分散而造成每一个点上的人数不如蒙军多。成吉思汗从锡尔河中游的讹答刺附近进入花刺子模境内，他的两个儿子察合台和窝阔台率领另一支分队围攻讹答刺城，经过艰苦卓绝的战斗之后终于攻陷了该城。成吉思汗的长子术赤率部顺锡尔河而下，占领了塞格纳克和真德。被派往锡尔河上游的五千蒙军攻占了别纳客忒，赶跑了顽强的帖木儿灭里，拿下了忽毡。
1220年2月，成吉思汗及其幼子拖雷兵临布哈拉城下，大批突围的花剌子模将士被杀死，被遗弃在城中的居民只好无奈投降。布哈拉沦陷后，400名守城官兵全部被杀。
成吉思汗从不花刺进入撒马尔罕城，与察合台和窝阔台会合于此。勇敢的居民试图突出包围，却遭到了蒙军的镇压，只得退回城里。五天后，撒马尔罕全城投降。但是它依然未能逃脱浩劫，除宗教领袖和能工巧匠外，其余的守军和居民绝大部分被杀。城里的财物也被蒙军洗劫一空。
1221年4月，在术赤、察合台和窝阔台的围攻下，花刺子模原都城玉龙杰赤沦陷。但是，蒙军的这场胜利来得并不轻松，因为受到很大的牵制，他们在得到增援后也没能立即攻破城池，最后还是靠引阿姆河水淹没玉龙杰赤才取得胜利。
一再的失利使摩诃末方寸大乱，他怀着沮丧与绝望的心情四处避难。他从玉龙杰赤逃到巴尔克赫，再逃到呼罗珊西部的尼沙普尔，最后到了阿只迷西北的加兹温。但成吉思汗并不打算放过摩诃末，他派出哲别和速不台的骑兵分队对摩诃末展开了疯狂的追捕。一路上，哲别和速不台征服了尼沙普尔，速不台洗劫了图斯、达姆甘和塞姆南。他们进入阿只迷后，又对刺夷发起了突然进攻，破城后屠杀了大量的男性居民，奴役了妇女儿童。在他们火速穿过哈马丹、抵达哈仑后，几乎活捉了摩诃末。但是，在摩诃末奇迹般地逃脱之后，赞詹和加兹温却遭到了毁灭性的摧残。最后，摩诃末逃到里海的一个孤岛上躲起来，于1220年落魄而死。哲别和速不台继续进攻阿塞拜疆、高加索和俄罗斯南部地区。
在对付了花刺子模苏丹后，成吉思汗于1221年春率部渡过阿姆河，欲从花刺子模残军手中夺取阿富汗的呼罗珊。他攻占了巴尔克赫，并对其进行全面的摧毁。在呼罗珊，他派幼子拖雷去攻取莫夫城。接下来，拖雷在莫夫导演了一场大屠杀，除全城400工匠被留了活口外，其余按男女和小孩分类杀害，拖雷坐在金椅上目睹了整个过程。桑伽苏丹的陵墓被毁，墓室内也被抢劫一空。然后，拖雷又去惩罚尼沙普尔，因为蒙古将军、成吉思汗的女婿脱合察前不久曾在此战死。这一次，尼沙普尔遭到了彻底的毁灭，脱合察遗孀主持了此次大屠杀。他们将人头砍下来垒成金字塔状，连城中的猫狗等动物都未能幸免。与此同时，他们还毁坏了哈伦拉斯特陵墓、桑伽陵墓等象征波斯文明的建筑。随后，拖雷又攻克了也里，屠杀再次上演，但开城门的百姓得到了饶恕。
事后，拖雷、成吉思汗、察合台和窝阔台在塔里寒城会师。
毁掉塔里寒城之后，成吉思汗越过兴都库什山，围攻巴米安。察合台之子、成吉思汗之宠孙木阿秃干在这次行动中牺牲。成吉思汗在一次宴会上亲自把这个噩耗告诉了察合台，并以札撒的名义禁止他悼念木阿秃干，但他给予这个宠孙以流血葬礼的荣誉。巴米安被攻克后，这座城市遭到了疯狂的报复，“一切生物都遭到了屠杀”，他们还称巴米安为“可诅咒的城市”。
在巴米安遭遇惨剧时，花剌子模末代苏丹摩诃末之子札兰丁在阿什哈巴德东突破了蒙军的防线，逃到阿富汗的腹地加兹尼。他重整旗鼓，组织一支新的军队，在喀布尔以北的八鲁湾大败蒙将失吉忽秃忽于。成吉思汗立即挥师加兹尼，誓为副帅报仇。札兰丁闻风弃城而逃，加兹尼不战而降。但是由于成吉思汗急于追赶札兰丁加兹尼的摧毁被推迟。1221年11月24日，成吉思汗在印度河岸追上了札兰丁，并大败其军队。溃败的札兰丁全副武装地冒雨逃到河中。之后他幸运地上了岸，并由此前往德里苏丹宫廷避难。由于对南亚酷暑天气的不适应，蒙军最后放弃了追击札兰丁，但没有放过他的家人，而是将其家族的所有男性残忍地杀害。
蒙军在八鲁湾的失败，使东伊朗尚未沦陷的一些城市增添了几分抗击蒙军的勇气。成吉思汗赶走札兰丁后，回头向加兹尼城人清算，该城除工匠被送往蒙古服役而幸免于难外，其余居民全部被屠杀。1222年6月14日，备受八鲁湾胜利鼓舞的赫拉特城民起兵反蒙，蒙古将军宴只吉率兵围攻6个月后，再次占领了赫拉特。蒙古人再次给反叛者以沉重的教训：为期一周的屠杀后，全城居民全部遇难。紧接着，吉忽秃忽又率军镇压曾经拥戴札兰丁的莫夫居民，因为他们曾杀死了拖雷任命的波斯长官。莫夫的居民无一逃脱——就连那些事先躲起来而后又出来的居民，也因遭到蒙军的“回马枪”而惨烈被杀。
显而易见，蒙古人在征战河中和东伊朗的设防城市时，比他们在中原领土上的战事要容易得多。其中的大部分原因在于，他们与中原人民是多年的老邻居，汉人对他们没有太大的畏惧感。另外，在河中和东伊朗，他们充分运用了以夷制夷的战术：他们会让俘虏自相残杀，以达到消耗守军实力的目的：有时候，他们把大量的俘虏赶到护城河边，让这些俘虏被自己的同胞杀死，然后他们把这些尸体填满河渠；有时候，他们会用俘虏去攻城，用俘虏冒充蒙古军去虚张声势，恐吓敌军，达到不战而屈人之兵或以少胜多的效果。不过，当他们达到目的后，那些活着的俘虏还是难逃一死——他们将其全部屠杀。以上这些可怕的战术，被有组织有纪律的蒙古军使用得越来越得心应手：布哈拉抓来的俘虏被成吉思汗用来攻打撒马尔罕，撒马尔罕的俘虏则被用来进攻玉龙杰赤；呼罗珊的村民被拖雷利用来攻下了莫夫城。这些手段使被攻打城市的居民产生了极为强烈的恐惧感，以致无人敢抵抗。当内萨城陷落以后，蒙古人将其居民赶到一块空地上，命令他们相互将手摇绑在身后。这时，如果他们不服从，并趁机四下逃散，一定会有一部人能逃脱噩运，但恐怖的是，他们全都服从了，结果全部被蒙古人用箭射死。
蒙古人对其占领地秩序的行政意识和军事意识一直很强烈。每当他们撤退的时候，都会留下一个达鲁花赤来管理幸存下来的1/5居民的事务。达鲁花赤是平民官衔，通常由回鹊人、波斯人担任，另配有书记员，负责整理用回鹊文和波斯文写的名册。
成吉思汗对东伊朗造成的破坏，再也没有恢复过来，很多城市至今都残留着蒙古人破坏的痕迹。即便是15世纪该地区的铁穆耳文艺复兴运动，也没能掩盖这些痕迹。虽然成吉思汗给阿拉伯一波斯文明带来了毁灭性的打击，但他本人并不敌视伊斯兰教。他的一些与伊斯兰教义相悖的禁令，也只是出于伊斯兰教义与蒙占习俗相抵触的部分，而并非恶意而为之。
成吉思汗在蒙古西南边境上制造了一个人为的草原地带作为保护带，以防止蒙古帝国受到侵犯。由此可见，他身上具有着双重性，即统治者和游牧者的统一。
作为草原的统治者，他反对宗教战争；作为游牧者，他对定居生活一无所知，因此，为了方便自己管理，他常常摧毁定居者的城市文明，把农耕地变作适合蒙古人生活方式的牧场。
战争胜利后，成吉思汗在兴都库什山以南的阿富汗逗留了一段时间。1220年，他向中国道教长老丘长春发出邀请。
1222年5月，当丘长春不远万里来到阿富汗后，成吉思汗迫不及待地想从这位道长那里得到长生不死的仙丹。这年秋天，他又渡过阿姆河，沿不花刺道继续前进，在途经布哈拉时，他询问了伊斯兰教的主要教义，并对这些教义表示赞同，但他认为不必千里迢迢去麦加朝圣，普天之下都是腾格里的归宿。在撒马尔罕时，他命令穆斯林以他的名字祈祷，因为51他已经取代了苏丹摩词末。他甚至免除了穆斯林教士伊玛目和民事法官卡迪的赋税，以此表明他对穆斯林世界犯下的暴行只是战争行为，无关宗教。1223年春，税，以此衣明了一期见礼。坚接着，他与他的儿子们又在忽兰巴什草原召集了一次库里勒台。与此同时，蒙古大军展开了一次大规模的狩稻活动。成吉思汗在但罗斯河和楚河草原上度过了这年夏天，第二年夏天则是在频尔齐斯河河畔度过的。1225年，成吉思汗班师回朝。
1225年春，成吉思汗回到蒙古，在土拉河河畔的营帐中平静地度过了1225年的冬天和1226年的夏天。他派长子术赤统治咸海至里海之间的草原。同时他也深感忧虑：羽翼渐丰的术赤越来越难以驾驭，父子间的分裂倾向日益明显。然而，1225年术赤的去世，使得二人的矛盾未能公开激化。
此时的西夏虽然已经成为蒙古人的属臣，却不愿履行职责派军队参加攻打花剌子模。甚至当蒙古人向他们正式求援时，其贵族阿沙甘不还冷嘲热讽地说：如果成吉思汗没有足够的军队，他就不配行使至高无上的权力。如此的逆言行，对于成吉思汗来说自然是无法容忍。在处理了花剌子模的善后事务后，他立即出兵征讨西夏。对于此次行动，成吉思汗还有更深层的考虑：如果要完全地征服金朝，对甘肃、阿拉善和鄂尔多斯这些战略重地的占有是十分必要的。
1226年秋，他发兵征讨西夏，于当年年底攻陷了灵州，随后展开对西夏都城，即今宁夏城的围攻。蒙古人再次使用了在阿富汗屡试不爽的“以夷制夷”的手段。为躲避蒙古人带来的噩梦，西夏人到处藏身，但还是伤亡惨重，尸横遍野。在此期间，成吉思汗在清水河河畔和隆德地区扎营。1227年8月18日，壮志未酬的他在盘山下去世，享年65岁。此后不久，蒙军攻破了宁夏，按成吉思汗的最后命令，他们屠杀了全城居民。
铁木真是一位极具争议性的人物。自其崛起以来，便被视为野蛮残忍的侵略者。近代以来，也有许多学者认为铁木真及其继承人领导下的蒙古帝国发动的对外征服战争，促进了欧亚大陆间的相互影响，对之后的世界历史进程产生了深远的影响。此外，他对蒙古诸部的统一战争，对蒙古民族共同体的形成起到了重要的作用。至今仍被蒙古人视为民族英雄，成为蒙古国的国家象征。
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