颜元生于1635年4月27日（农历三月十一日），卒于1704年9月30日（农历九月初二日）。其父颜昶曾被 蠡县一位小官吏朱九祚收为 养子。颜元生在朱家，原名朱邦良，后其父颜昶因与朱家失和，于明朝末年颜元四岁时，随清兵逃往关外。其母王氏因夫杳无音讯，于颜元12岁时改嫁。颜元便同其养祖父母一起生活。养祖母去世，颜元代父居丧，行 朱子“三日不含，朝夕哭”的家礼，饥饿哀毁几至于死。颜元根据切身的体验，“颇觉有违于性情，已而读周公礼，始知其删修失当也。及哀杀，检性理，乃知静 坐读讲非孔子学宗，气质之性非性善本旨也”。
颜元8岁发蒙，从学于吴持明。 吴能骑、射、剑、戟，精战守机 宜，通医术，又长术数。因此，颜元从小所受的教育就与众不同。19岁，又师从贾珍。贾主张以“实”为生活的准则，提倡“讲实话，行实事”，这对于颜元后来的“实学”思想不无影响。同年，中秀才，但不久“遂弃举业”。20岁，“究天象、地理及兵略”，此时朱家因讼中落，生活由颜元“耕田灌养”。21岁，“阅《通鉴》，忘寝食”。22岁，学医。23岁，“学兵法，究战守机宜，尝彻夜不寐”，并且还学习技击。24岁开私塾教书，此后多赖开药铺行医为生。
颜元的学术思想有一个变化发展过程。24岁时，他“深喜陆、王，手抄《要语》一册”。26岁时，始知程朱理学之学旨，他 的养祖母病逝，颜元不胜哀痛，他一丝不苟地按照《文公家礼》为其守丧，结果使得颜元连病带饿，几乎致死 。颜元根据切身的体验，“颇觉有违于性情，已而读周公礼，始知其删修失当也。及哀杀，检性理，乃知静 坐读讲非孔子学宗，气质之性非性善本旨也”。“因司周公之六德、六行、六艺，孔子之四教、正学；静坐读书，乃程朱王为禅学、俗学所浸淫，非正务也”。从此以后，他力主恢复尧舜 周孔之道，猛烈抨击程朱陆王学说，从原来笃信理学变成批判理学的杰出代表，学术思想发生了根本性的转变。
五十七岁的时候，南游河南，发现“见人人禅子，家家虚文，直与孔门敌对。必破一分程朱，始入一分 孔孟，乃定以为孔孟、程朱两途”。他说：“ 八股之害，甚于焚坑”，“其辟佛老，皆所自犯不觉”， 朱子的学术不过是“禅宗、训诂、文字、乡愿四者集成一种人”，“千百年来，率天下入故纸中，耗尽身心气力，作弱人、病人、无用人者，皆晦庵为也！”
颜元毕生从事教育活动，主张以周公的六德、六行、六艺和孔子的四教来教育学生。在他开设的讲堂上，安放着琴、竽、弓、矢、筹、管，每日带领学生从事礼、乐、射、书、数的学习，探究兵、农、水、火等实用之学。颜元不仅教育学生“习动”，而且身体力行。他 武艺出众，57岁时与 商水大侠 李子青比武，“数合，中子青腕”，足见他老年时仍保持着矫健的身手。62岁时，应郝公函之聘，主持 肥乡漳南书院。他亲自规划书院规模，制定了“宁粗而实，勿妄而虚”的办学宗旨，这比较集中地反映了他的教育主张。后书院为水淹，返归故里。康熙四十三年（1704）卒。颜元一生培养了众多的学生，其中有记录可查者达100多人。高足李塨（1650 —1733年），字刚主，号恕谷，继承和发展了颜元的学说，形成了当时一个较为著名的学派，后人称为“颜李学派”。
颜元一生不以著述为事，其主要著述为《四存编》、《习斋记余》。《四存编》有 中华书局1957年标点本。
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