福州将军全称为 镇守福建福州等处将军，为驻福建八旗驻防兵的最高长官，从一品，康熙二十一年(1682年)置。其实权虽不及总督、巡抚，但地位则高于总督、巡抚。清代，福州是全国13个设置将军一级官员的驻防单位之一，在军事、国防上占据重要的地位。最初的福州将军一职由汉军旗人担任，直到雍正六年(1728年)阿尔赛被任命为福州将军之后，该职位才大多选派满洲人担任。 福州将军驻省城福州，福州将军署在福州府治东街南向旧织染局(今省立医院址)。辖本标绿旗左右营、八旗营、绿旗营(由福州城守协右军兼军标)，驻防汉军水师营，共有官兵4300余人(不含福州城守协右军)。并节制绿营的陆路镇协。福州将军衙门属官有清字外郎4名，书识8名，执事人役56名。

福建有固定的八旗驻防，始于清康熙十九年(1680年)。在诛灭跟随吴三桂叛清的“三藩”之一耿仲明并将其部属撤回京师之后，清朝政府派遣杭州副都统胡启元率领镶黄、正白、镶白、正蓝四旗兵马1026名进驻福州。两年后，即康熙二十一年(1682年)，清政府又把耿仲明属下兵马1000名也编入上三旗，在驻防福州的四旗内行走，并设福州将军一名。