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在藏医学中，有三棵比较特殊的树，被称为三棵生命树，它在藏医学中有特殊的意义。至高无上的医药良师们为了使医学内容浅显易懂，以树木的树根、树干，树枝、树叶为比喻。这些树喻也是为了传授西藏医药时方便记忆而设计的。
第一棵生命树——人体的生理功能和病理变化
树喻：一个树根两棵树杆描绘正常生理和病理变化
这棵树由两个树干来组成，分别是人体的生理和病理树。其中左边的一棵为人体生理树喻图，里面着重介绍了构成人体的基本物质和行使不同功能的15种因素。比如，人思考的时候，需要动用隆中的一个分型索增隆来行使它的功能；需要调节肤色的话，主要靠赤巴中的能色赤巴来主宰，味觉则用能知培根来主宰。所以人体进行每一个动作和行为，都有特定的因素来执行和控制。
而相对的病理树上，又以人产生疾病的根源贪念、嗔恨和愚昧为着手点，阐述了人体因为不同的情绪、采用不适宜的饮食和起居，就会导致疾病的产生，以及疾病的发病途径、部位、季节、结果等都有详细的说明。
第二棵生命树——藏医的诊断方法
树喻：一个树根三枝树杆描绘诊断
作为传统医学的重要组成，藏医学在诊断疾病时，能用到的方法和中医的望、闻、问、切不同，只有望诊、触诊和问诊。望诊中，除了善于察言观色之外，还需要着重观察患者的舌头和尿液。正如“舌为心之苗，脾之外候”一般，通过舌头的颜色、附着物等均可为诊断疾病提供重要依据，除此之外，观察尿液的方法则是藏医特有的诊断方法。藏医认为，人体内物质的代谢结果均可在尿液中体现出来，所以通过尿液在热、温热和冷却三个不同的阶段，通过颜色、气味、泡沫、漂浮物和沉淀物等不同的指标，均可对疾病加以诊断。而触诊和问诊，均和中医学所要涉及的内容均有相似之处，但不完全相同。
第三棵生命树——治疗方法
树喻：一个树根四棵树杆描绘治疗方
这棵树来表现的是，在藏医理论的指导下教给医生临床执业的准则和根本，即对于疾病的治疗需要通过饮食、起居、药物和外治四个方面进行整体的调养和治疗。人体产生不同的疾病，很多时候和我们不恰当的饮食和行为习惯关系密切。它的产生，并不是一朝一夕的事情，所以对于疾病的治疗，首先必须从改变饮食和起居习惯入手，再加之必要的药物和外治疗法，就能事半功倍，达到临床有效的治疗效果。
生命犹如一棵菩提树，根、干、枝、叶便是生命力的延续。这三棵生命树它好比一片土地，是所有医药资源的源头。
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