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来源:云生信 作者:生信小沙弥
图1. GeneCard网站主页
当你在研究一个基因时,你应该首先应该知道这个基因的研究的进展,如该基因是否是个与癌症相关基因,它在各种细胞系或者组织中的表达,它的产物能与哪些蛋白质相互作用,参与了哪些细胞通路,这样才能不会制造相同的轮子。你可以根据你想了解的相关信息查询相关文献或者相关数据库或者网站,这件你就有可能需要看很多文献或者网站。下面我给大家介绍一个可以轻而易举的获得该基因的全面的信息的网站——GeneCard。
GeneCard(http://www.genecards.org/#),是一个全面的,综合的收集所以已知的或者预测人类基因。它整合跟基因相关的基因组、转录组、蛋白质组、临床等相关信息,收集整理了超过100个网站的数据。
下面我将简单给大家演示一些网站的作用。进入GeneCard网站,你将看看如图1的主页,我们便可以在搜索框,如图2红色方框输入你的gene名称,或者你可以选择你输入的类型,见图2黄色方框。我们输入EGFR,点击search,弹出图3界面,我们看到以EGFR为关键词搜索,得到很多相关的结果,结果页面第一个便是我们想要的基因,见图3红色方框,点击EGFR,图3黄色方框,得到EGFR基因信息。
图2. GeneCard网站搜素页面
图3. GeneCard网站结果页面1
在EGFR结果页面中你将看到很多EGFR的信息,下面我将简单给大家介绍该网站收录的信息。
1.基因名称信息:该网站收录很多其他网站(HGNC,NCBI,uniprot…)的基因名见图4。而且你还可以点击对应名称,见图4红色方框,到相应网站。
图4. GeneCard网站结果页面2
2. 概要信息:该网站把其他网站(Entrez Gene,GeneCards,UniProtKB/Swiss-Prot…)EGFR的概要信息放在一起,共研究者查看,见图5.
图5. GeneCard网站结果页面3
3. 基因组信息:EGFR的在基因组的信息,见图6.该网站还收录的基因调控信息和表观信息。EGFR的调控信息见图6黄色方框,表观信息见红色方框。
图6. GeneCard网站结果页面3
4. 蛋白质信息:EGFR蛋白质信息见图7.该网站还收录蛋白质的转录后修饰、抗体信息、和其他蛋白质相关信息,EGFR的抗体信息见图8.
图7. GeneCard网站结果页面4
图8. GeneCard网站结果页面5
5.结构域信息:EGFR结构域信息见图9.
图9. GeneCard网站结果页面6
6.功能信息:该网站收录了基因的很多功能信息,如基因的GO信息、表型信息、动物模型,miRNA产物信息、Inhib. RNA产物信息。EGFR功能信息见图10.
图10. GeneCard网站结果页面7
7. 定位信息:该网站提供十分丰富的定位信息。EGFR的定位信息见图11。
图11. GeneCard网站结果页面8
8. 通路和相互作用信息:该网站收录了特别多的通路和相互作用信息,包括Cell Signaling Technology, KEGG, PharmGKB, BioSystems, Sino Biological, Reactome, Tocris Bioscience, GeneGo (Thomson Reuters), QIAGEN, and/or UniProtKB,和STRING, UniProtKB, 2MINT, 3I2D等网站,见图12红色方框。EGFR的通路和相互作用信息见图12-13.
图12. GeneCard网站结果页面9
图13. GeneCard网站结果页面10
9. 组分和药物信息:该网路收录了丰富组分和药物信息。EGFR的组分和药物信息见图14。
图14. GeneCard网站结果页面11
10. 转录本信息:该往提供了基因十分完善的转录本信息,EGFR的转录本信息见图15.
图15. GeneCard网站结果页面12
11. 基因表达信息:该网站提供了全面的基因表达信息,包括在各种组织各种细胞系等。EGFR基因表达信息见图16-17。
图16. GeneCard网站结果页面13
图17. GeneCard网站结果页面14
12. 同源性信息:包括直系同源和旁系同源信息。EGFR的同源性信息见图18-19.
图18. GeneCard网站结果页面15
图19. GeneCard网站结果页面16
13. 其他基因信息:该网站还收录基因其他信息,比如:变异信息,见图20,疾病信息,见图21,文献信息,见图22,额外连接,基因组数据库信息,其他数据库信息,产物信息见图23-25.
图20. GeneCard网站结果页面17
图21 GeneCard网站结果页面18
图22 GeneCard网站结果页面19
图23 GeneCard网站结果页面20
图24 GeneCard网站结果页面21
图25 GeneCard网站结果页面22
GeneCard可以说是gene的百科全书,里面收录特别全面的基因信息,对于研究者而言是十分的有帮助,可以很快的了解基因的全面信息。
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