一般情况下作物吸收矿质营养元素的方式主要有两种：
一是根部吸收，作物的根部除了从土壤中吸取水分以外，还有大部分的矿质营养也都要通过根部吸收利用。作物的根主要是靠根毛吸收利用矿质营养元素。
二是叶面吸收，作物的叶片除了通过叶的呼吸作用，呼出氧气和吸进二氧化碳外，也可以吸收其它矿质营养元素。但作物通过根部和叶片吸收矿质元素的同时，要受到土壤温度、土壤通气性、水分状况、土壤溶液浓度、酸碱度、根系功能、叶片功能、土壤微生物等多种因素的影响。
那么，如何才能使作物根系和叶片更好地吸收营养，培养健壮植株，以达到高产优质呢？这要从以下三个方面去考虑。
第一，通过合理的施肥和农事管理措施，使土壤温度、土壤通气性、水分状况、土壤溶液浓度和酸碱度等尽量达到作物生长之要求。
第二，通过改善作物的根系和叶片，为作物吸收营养创造良好的吸收工具。最直接的方法是地下部促使根系发达，地上部促进枝叶繁茂，以充分发挥根系和叶片的吸收功能。
第三，通过改善根系生长的土壤环境，为根系生长创造一个良好的外部条件。在这一环节上，土壤生物功不可没，它包括土壤动物和土壤微生物两种。有益微生物是作物的好厨师，能把作物不能吸收的东西（枯枝落叶、有机肥料、甚至矿物质）加工调剂成作物可口的养料，也能把多余的养料加工制成腐殖质类物质贮藏起来，供以后食用。
土壤中的微生物种类很多，主要有细菌、放线菌、真菌、藻类和原生动物等五大类群。它的数量很大，一两土壤就有几十亿到上千亿个。细菌是土壤微生物中数量最多的一个类群，放线菌、真菌次之，藻类和原生动物数量较少。
但是真菌在土壤中多以菌丝状态存在，所以其生物总量远远超过细菌和放线菌。土壤中有益微生物主要是：腐生细菌、固氮菌、啃石头细菌、氨化细菌、硝化细菌、自生固氮菌等。但土壤中也常居住着有害微生物，如土传有害细菌、有害真菌、病毒和反硝化细菌等。
土壤动物中占优势的类群是蚯蚓、线虫、蟎类、昆虫（不少是咬食根部的害虫，如蛴螬、金针虫、地老虎、蝼蛄等）、蚂蚁、蜗牛等。其中蚯蚓对土壤养分富集、提高肥力、疏松土壤、促根生长的作用是相当显著的，线虫、蟎类和食根昆虫类则危害根系生长。
要想改善根系生长的土壤环境，必须从科学施肥和土壤生物的类群上下手。包括以下三个方面：
1. 一要科学施肥，有机无机相结合，种地不忘记养地，保持持续的有机质投入最为重要，这样有利于土壤有益生物的繁殖，有利于培肥地力，有利于肥料利用率提高，有利于高产优质。
2. 一要增施生物菌肥，补充土壤有益生物数量，主要是有益微生物数量。如地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌具有抗病、杀灭有害菌、增强作物抗逆性的作用。
3. 三要杀灭和抑制有害生物数量。可使用一些高效低毒的、能分解的农药杀灭和抑制地下害虫（如用阿维菌素防治线虫、用毒死蜱防治蛴螬、金针虫等），对土传病原菌的防治最好采取以菌治菌的方法。
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