一、深翻土壤，增施有机肥。对土壤进行深翻是消除土壤板结、增加活土层的基础。在深翻的同时，大量施入充分发酵腐熟的有机肥，不仅可以给黄瓜提供长效多元素的营养，同时还可以改良土壤结构，提高土壤理化性能，为黄瓜的生长提供具有良好通透性和缓冲能力的土壤条件。
二、护好幼苗，培育多根苗。黄瓜的基本根系是在育苗形成的。育苗期间，培育根系发达的秧苗，并在育苗过程和移栽时，保护好这些根群，不仅可提高成活率，缩短缓苗期，也为早熟高产奠定良好的基础。从护根的角度来看，因为黄瓜根系木质化程度高，发生木质化时间早，伤根后难以再生，所以，采用穴盘、营养钵、塑料筒或纸袋等容器育苗是非常必要的。同时，黄瓜茎基部具有生不定根的能力，尤其是幼苗生不定根的能力强，不定根有助于吸收肥水，因此，栽培上常有“点水诱根”之说。在栽培过程中，茎基部经常形成一些根原基，采取有效措施，有助于植株生长发育。育苗期间的炼苗、定植后的蹲苗都可诱发新根的产生和深扎。
三、配方施肥，适增钙磷锌。不同的肥料对根系的发生与发展作用是不一样的。比如，钙直接影响根尖分生组织的成长，锌决定根尖的生长速度，磷能促进根系细胞的分裂、增殖和伸展。因此，在苗床、栽培地施肥时，都要注意施用过磷酸钙和硫酸锌。如果在施用过磷酸钙肥料时，添加一定数量的食用醋，可形成具有一定溶解度的醋酸钙，能提高黄瓜对钙的吸收利用率。
四、科学栽管，保护好根系。根系在其生命过程中会因低温、高温、积盐、肥烧和机械损伤等而受到伤害。低地温时，根系会发生寒根和沤根；高地温会使根系过快地衰老；土壤的高溶液浓度会使根尖和根毛受到损伤和抑制，使根系的吸收能力大大降低；施肥不当或不适宜的中耕松土，可能会直接使根系受到损伤。因此，棚室黄瓜的生产中，在深翻土壤、增施充分发酵腐熟的有机肥的基础上，适时播种、适期嫁接、适时覆盖和揭除地膜、采用科学配方施肥技术和中耕松土等，都是保护根系的重要措施。
五、药剂灌根，促进受害根系恢复。在棚室黄瓜的栽培中，黄瓜的根系一旦受到伤害，要尽快采取措施促使其恢复。要针对发生的病害种类选用适宜的药剂进行灌根处理，同时加入生根壮苗剂促发新根。另外，在日常管理过程中，可以使用生物菌肥或甲壳素等预防病害的发生。
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