一份完整的KEGG PATHWAY介绍

KEGG数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立的，是系统分析基因功能的数据库，它将基因组的信息与基因功能联系起来，旨在揭示生命现象的遗传与化学蓝图。

KEGG数据库中最核心的为KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY数据库。在KEGG ORTHOLOGY数据库中，将序列高度相似且行使相似功能的基因聚为一类，称为Orthology Group（KO entries）。KEGG PATHWAY数据库，收录了人工手绘的通路图，重点呈现了分子间相互作用和分子间互作网络。主要将生物代谢通路分为三个层次，一级分类分别为：新陈代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、生物体系统、人类疾病和药物发展。每个一级分类下又分为二级分类和三级分类，二级分类共包括57个子pathway。三级分类是每个二级分类下的通路图。

图1 KEGG PATHWAY数据库截图

输入KEGG PATHWAY网址：http://www.genome.jp/kegg/pathway.html 页面中显示一级和二级分类，点击一级分类“Metabolism”，会自动跳转到“Metabolism”下的二级分类和三级分类。

图2 KEGG PATHWAY 二级分类和三级分类

点击二级分类下的“00020 Citrate cycle（TCA cycle）”进入界面如下：

图3 KEGG 通路图

下拉框中可选参考物种，目前包括两种类型的pathway图，一种为reference pathway，是根据已有知识绘制的，图中的框都是无色的，另一种为species-specificpathway，是特定物种的pathway，图中会用绿色标出该物种中特有的基因与酶。将鼠标放在通路图的圆圈处会显示该化合物的编号、名称及分子结构。

KEGG PATHWAY数据库主要是通过绘制通路图来呈现分子间的相互作用关系，有时通路图中的基因并不都是我们想要的，就需要一款工具来构建特定基因间的网络。当然，最好是图形化、傻瓜式的，因为小编是生信小白。

博奥晶典开发的晶典云数据分析平台，是一个傻瓜式、支持共享和协作分析的工具，可以帮助组学研究人员化解生物医学大数据分析的难题，目前提供两款分析工具基于KEGG PATHWAY数据库中的数据研究分子间相互作用。可应用于：

☆  Pathway差异表达分析

☆  蛋白质相互作用网络

☆（转录因子）基因表达调控网络构建

☆  差异表达基因信号通路构建

想知道怎么使用这两款分析工具吗？

快搬好小板凳等小编下次介绍吧~

参考文献：

[1]Leonardo Salmena, Laura Poliseno, et al. A ceRNA Hypothesis: The Rosetta Stoneof a Hidden RNA Language?  Cell . 2011.

[2] KarrethFA, Reschke M , et al. The BRAF Pseudogene Functions as a CompetitiveEndogenous RNA and Induces Lymphoma In Vivo. Cell . 2015.

博奥晶典生物信息部孟萍 陈胜 | 文案