肾脏内部的结构，可分为肾实质和肾盂两部分。

在肾纵切面可以看到，肾实质分内外两层：外层为皮质，内层为髓质。

肾皮质位于肾实质表层，富含血管，新鲜时呈红褐色,由一百多万个肾单位组成。每个肾单位由肾小体和肾小管所构成，部分皮质伸展至髓质锥体间，成为肾柱。

肾髓质位于肾皮质的深面，血管较少，色淡红，为10-20个锥体所构成。肾锥体在切面上呈三角形。锥体底部向肾凸面，尖端向肾门，锥体主要组织为集合管，锥体尖端称肾乳头，每一个乳头有10-20个乳头管，向肾小盏漏斗部开口。

在肾窦内有肾小盏，为漏斗形的膜状小管，围绕肾乳头。肾椎体与肾小盏相连接。每肾有7～8个肾小盏，相邻2～3个肾小盏合成一个肾大盏。每肾有2～3个肾大盏，肾大盏汇合成扁漏斗状的肾盂。肾孟出肾门后逐渐缩窄变细，移行为输尿管。

肾单位是肾脏结构和功能的基本单位。

肾小体包括肾小球和肾小囊。肾小体内有一个毛细血管团，称为肾小球，肾小球是个血管球。它由肾动脉分支形成。肾小球外有肾小囊包绕。肾小囊分两层，两层之间有囊腔与肾小管的管腔相通。

肾小管汇成集合管。若干集合管汇合成乳头管，尿液由此流入肾小盏。

肾筋膜分前后两层，包绕肾和肾上腺。由于肾筋膜在肾的下方开放，当出现肾周围的脂肪减少等情况使肾的支持力下降时，肾的移动度增大，容易向下移动，形成肾下垂或游走肾。又由于肾筋膜下端的开放，可向下通入直肠后隙，临床上可经直肠后隙注入空气，行腹膜后充气造影，以显示肾等器官的变化。