Graphpad Prism集训营，实战案例5连发

作者：麦子

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Graphpad Prism号称作图神器，名头可不简单。咱们想要得心应手，先要了解自己的数据，掌握好它本身的图形设计思路后，还能通过巧妙的数据变换做出更富有表现力的图形哦~

下面咱们通过几组数据实例题，来试试从理解数据到绘出图形的完整过程！

第一题

请仿照示例画出二维柱状图

作图数据：

示例图来自文献PMID：26565812，Fig. 5B。

第1题比较基础，咱们讲详细点，照顾一下没了解过的盆友。会做的小伙伴可以直接跳到第2题了。

先观察一下，这是很明显的二维分组数据，一个是细胞分组（MGC-803、SGC-7901），一个是基因编辑分组（Vector、CISD2、RNAi-vector、RNAi1、RNAi2）。所以我们新建数据集的时候选择Grouped。

把数据贴上，然后双击左边目录中Graphs下相应的图形按钮，选择summary data选项卡中相应的图形，就出图了。

在出来的毛坯图上，双击某个柱子，打开外观设置界面，各种设置：

呃，截图时忘了去掉show legend那个勾了=_=你知道就好。然后如果想马上看效果就先点Apply，然后继续在这个框里换一根柱子继续调。或者有耐心点的就调完所有柱子再点OK。

不过这样柱子还是胖胖的，再双击回到刚才的界面，最右的选项卡Graph Settings：

再双击坐标轴设一下X轴的样式。

还有Y轴刻度跟示例图也是不一样的，改一下：

再在最右边的Titles & Fronts选项卡中将X轴标题藏起来。

接着直接在图上改纵坐标轴名称。再用画线和文字工具添加大组名称（行标题），并设置文字样式。

好了，看效果，等灯等灯等灯~

第二题

请仿照示例画出堆积柱状图

作图数据：

示例图：PMID：26565812，Fig. 5C。跟刚才那个是同一篇。

一句话点题：这道题学习三维分组数据的处理。

这回有三个分组因素，比刚才多了一个周期分组（G0/G1 phase、S phase、G2/M phase）。有心的小伙伴可能会发现，这个三维分组数据的组织形式跟Prism软件示例中不一样呢。

如果要使用软件中的三因素方差分析（Three-way ANOVA），则需要像下图中这样组织数据：

行为单一分组因素，一行一组，而在列上整合两个分组因素，总列数为两个因素分组数的乘积，如果中处理方式有2组，剂量有2组，则总列数为2×2=4。

但再看看示例图，我们需要一个堆积柱状图来观察不同周期的比例，这并不是Three-way的出图方式。

而当你用那样的三维数据表去选Plot summary data中的堆积柱状图时，好像又不是这么回事……

看来它是必须每行作为一根柱子，各列一起堆上去的。所以需要对数据做一些变换，变成我们摸拟示列中的那个样子。不过这样，细胞分组貌似只有自己心知肚明了。而且，作Three-way ANOVA分析的时候，会提示数据组织形式不对。所以你可能需要保留两份数据表。

好了，把数据贴好之后就如上所说选择堆积柱状图。

接下来的外观调整跟上边的做法大同小异，就不重复了。只是在柱子堆积的排序上，跟示例图不一样，可以在外观选项卡旁边的Data Sets on Graph中调整。

还有最后的一个问题，两种细胞分组之间的距离分不开，用刚才的方法好像不凑效，怎么办？

那是因为数据组织形式不一样了，各组已经堆起来了。所以现在应该在两组间加一个空行：

并且保证那个空行占有一根柱子的位置（其实默认就是100%）：

做完了。

第三题

请仿照示例画出分离柱状图

作图数据：

示例图：PMID：27832663，Fig. 1A。

这样看起来好像跟第1题一样的嘛，二维分组数据。但再仔细看看，第1题的各大组内，每根柱子用不同的颜色区分，而这里，同一个大组中各柱子的填充是一样的。如果按这样的数据排布方式来选择分离柱状图：

得到的效果就不是示例那样：

第1题中的交错柱状图（interleaved bar）是以行区分大组，以列区的不同颜色分各柱子；而分离柱状图（Separated bar）可理解为以列区分各大组，但也可理解为仍是以行区分大组，但把每组中相同成分（列）提取出来，在图上拆分排布，所以叫分离柱状图。

说了这么多，就是叫你重新组织一下数据啦~把行和列倒过来。

这样选择分离柱状图，就可以得到示例图中的效果了。

最后一点是Y轴的截断，因为各组数据值差得太大，小的那些组几乎看不到了，像示例图那样截断能看到一些细节。我们之前在《你终于会做截断图了，可审稿人说不让做，怎么破？》中讲解过，还提到另一种处理方式，大家可以看情况选用哦。

第四题

请仿照示例画出散点图

作图数据：

示例图：PMID: 28114280；Fig. 2f。

一句话点题：这道题注意坐标轴变换。

其实数据表很长，有45行，我只截了一部分。刚才的柱状图都是将一组数据经过汇总计算，在图上展示它们的平均分、标准差等描述性统计量。而现在是把每个数据点都展示出来，用纵横坐标来描述位置，观察它们的分布特征。所以创建表格时要选择XY形式：

填好数据后选散点图：

可是画风不对呀~

原来X轴上的值跨度太大了，从0.5到几万，适合做对数转换，像示例中2n那样。双击X轴设置：

也同样到Left Y axis那里把Y轴最大值设为4。

嗯，要是还觉得215后边还有一点延长不满意，那只好计算一下215=32768，把这个数填回刚才填40000的地方。

第五题

根据提供的模拟数据作图

最后一道大题了，木有示例图，作图数据：

仔细想想，剂量是有递增关系的数值，旁边几个处理组也是一一对应的数值，所以也是XY图。不过数据录入方式不一样，不是第4题那种原始数据了，而是已经把平均值、标准差、样本量计算整理好了。所以在创建表格的时候也有相应的选择。

选择具体图形的时候再想想，这数据是记录不同处理方式下，剂量递增时细胞的生存情况，目的是要看变化趋势，所以最好是点线图不是散点图。

后面的内容基本都讲过了。主要提醒一下X轴，这回是太小而不是太大，所以可以选择科学计数法：

或者干脆各×106变成μM，这种时候就考验细心，不要忘记改X轴标题：

其实把剂量看成一种分组因素也未尝不可，那就成为二维分组数据，可做成柱状图：

或分离柱状图：

其他外观啥的可自由调整发挥，玩到好看为止~

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