Raindy Qzone [http://58001704.qzone.qq.com]

絮语：

IQ-Tree是2014年新推出的一款基于最大似然法（ML）的建树软件，具有准确、快速、灵活等特点，特别适用于大数据的系统发育分析。该软件的具体功能详见官方网站介绍（http://www.iqtree.org/），本文不再赘述，下文简要图解应用IQ-TREE重建ML树。

流程：

（1）数据准备：

IQ-TREE支持多种序列数据格式，其中Phylip为该软件首选，但也可以直接读取FASTA，程序会自动转为Phylip格式，省去格式转换的步骤，对于新手非常方便。

（2）模型选择：

在应用ML法重建系统发育树前，需要进行核苷酸替换模型的选择，IQ-TREE整合了ModelFinder这个模型选择模块，可以快速获得目的数据的最佳进化模型，推荐使用其替换jModelTest等软件，示例数据基于BIC标准最佳核苷酸替换为GTR+R6，详细操作可见日志《图解核苷酸替代模型的选择 - ModelFinder篇(简明版)》，链接：https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1503471361

（3）ML树重建：

命令格式: ./iqtree-omp -s ./NLV.fas -m GTR+R6 -bb 1000 -alrt 1000 -nt AUTO

./iqtree-omp IQ_TREE的路径，可以是绝对路径，也可以相对路径（需要通过cd命令进入当前目录）；

-s ./NLV-sample.fas 参数-s 即 sequence，其之后为序列（含路径)，可以将序列直接拖入命令运行窗口；

-m GTR+R6 参数-m 即model，其后为选定的最佳模型；

-bb 1000 参数-bb 即可bootstrap，其后为重复抽样次数，推荐默认1000；

-alrt 1000 参数-alrt 即启SH-aLRT检验，其后同样为重复抽样次数，如果不启用该检验，可以直接删除；

-nt AUTO 参数-nt即Number of Threads，用于IQ-TREE分析的线程数，可以用AUTO参数让系统自已分配，也可以自己指定

Raindy注：如果需要指定一个outgroup，可以在模型参数之后，添加一个-o 参数用以指定某一条序列为outgroup，如：-o NC_018093_SPVG即将示例中的名称为NC_018093_SPVG指定为outgroup。

（4）结果解析：
IQ-TREE建树完成，会在序列目录下生成多个文件，主要包括程序运行日志xx.log、ML树文件（含有BP/SH-aLRT评估分支置信度）和一致树文件xx.contree，可以用Figtree进行查看，将Nodel Label标签下拉菜单选择label（打开树文件前提示，未修改为Label 为默认名称)。

下图为示例数据的最终结果，方法描述可参考：Gao et al, 2018, The first complete genome sequence of narcissus latent virus from Narcissus...

Figure 1. Mid-point rooted phylogenetic tree based on the codon-aligned nucleotide sequences of the polyproteins of members of the family Potyviridae.