一个可以预测、构建癌症miRNA调节网络的在线工具
miRNACancerMAP
miRNACancerMAP: an integrative web server inferring miRNA regulation network for cancer
今天在这里小编介绍一个可以全面便捷预测、构建癌症miRNA调节网络在线工具：miRNACancerMap(http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP)。
miRNACancerMap旨在揭示lncRNA-miRNA-mRNA三联复杂性，从网络角度预测miRNA的功能和临床相关性，并且集成了大规模的数据的信息，以严格的系统生物学方法和最先进的可视化工具构建动态的以RNA为中心的网络。同时可以识别调控涉及癌症阶段转变的大多数差异表达基因的中枢miRNA，泛癌共有的miRNA-TF对和通过多个数据集验证的lncRNA海绵，还可以识别与癌症信号传导途径相关的miRNA以及来自泛癌症的相关lncRNA海绵，而这些识别只需要点击几下鼠标既可。
主要包含内容：
1）识别癌症中的活性miRNA靶标调控;
2）确定lncRNA介导的海绵;
3）构建功能分析注释的miRNA中心调控网络
4）整合所有信息与交互界面中，以便进一步查询
5）该服务器能够将公共数据（TCGA和GEO）与用户的miRNA-mRNA表达数据进行综合分析，确定关键因素并进行最先进的网络将动态基因网络可视化。
功能1：查询miRNA
点击microRNA to Cancer图标
可以输入miRNA名字，ID号，别名等进行相关信息搜索
以has-mir-141为例，进行搜索
可以得到两个相关的miRNA，分别包含了mature name、miRbase accession和序列等基础信息，并且可以连接到相关数据库。并且可以点击microRNA to Cancer 进一步查看该miRNA的癌症相关信息。
1. 该miRNA基础信息。
2. 该miRNA在已发表的文献中所属癌症类型，上调或下调，以及测定方法等信息。
3. 该miRNA存在于哪些已发表文献的通路中，包含一个总体统计图表，以及详细的表格介绍
4. 该miRNA在已发表文献中对预后的影响，同样包含整体的统计图表以及详细信息介绍的表格
5. 该miRNA在已发表的文献中与哪些基因相关
6. 该miRNA表达谱在正常和癌症样本中表达值的对比图
7. 预测的靶点以及方法
8. 预测的靶点富集于哪些癌症通路中
功能2：查找通路
点击pathway to miRNA
点击感兴趣的相关通路名称就可以查询到相关的miRNA
例如cell cycle，页面会给出相关信息：
1. 该通路相关信息，包含名称、描述、连接等等
2. 该通路在已发表文献中报道过哪些相关的miRNA和所涉及的癌症
3. 该通路上miRNA的调控网络
功能3：对miRNA列表进行功能分析和构建泛癌miRNA-gene通路网络
点击miRNA to pan-cancer
可以输入自己感兴趣的一系列miRNA，并且选择功能分析的方法（KEGG pathway，GO BP、MF、CC）
以hsa-miR-29 family为例
1. 分别给出其中的miRNA相关的基因，癌症，互作依据的数据库和相关性
2. 泛癌miRNA-gene通路网络
并且点击某个点就会单独显示出与该点连接的网络
3.功能富集结果，以KEGG结果为例，所在通路，富集在通路中基因及P值
功能4：输入感兴趣的基因和miRNA构建调控网络
通过输入的miRNA symbol和/或gene symbol来识别活跃的miRNA靶标调控以及癌症类型或亚型推断，构建调控网络
点击dataset to network
设置：
1. 选择癌症数据集
2. 输入感兴趣的基因和/或miRNA
可选：计算样本类型之间miRNA和基因的差异表达（可自行设置筛选差异表达基因的条件还可以查看筛选结果）
输入基因
输入miRNA
3. 选择构建数据库的方法
以TCGA-BLCA为例，筛选差异表达基因和miRNA（logFC为2，p值小于0.01），分别并将其基因集、miRNA集输入，勾选所有mir2Disease，Taretscan，miRanda和STRING方法。得到结果：
列举出在各个方法中找到的边的数量，点击最下方进行网络构建（会展示一个动态构建网络的过程）
并且可以根据自己的需要在右侧进行网络图的设置，同时可进行图片放大缩小，点击图片右上方可以进行下载
功能5：上传数据进行分析
点击user data to analysis
该功能与功能4相似，只将公共数据库的数据用用户上传的数据进行替换既可。
总之，miRNACancerMAP是一款用户友好的网络服务器，允许用户在网络拓扑表征和交互的框架下，通过多种带有广泛注释的miRNA算法，轻松分析用户自己的miRNA数据，帮助用户发现癌症中激活的miRNA-mRNA调控，并寻找癌症驱动因子miRNA和肿瘤抑制因子miRNA，并构建相关网络。
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