税务机关在查处虚开增值税专用发票的涉税违法案件中，以“三流一致”作为案件调查的路线图。查现金流，查货物流，查发票流，若“三流一致”则排除虚开的可能，而对三流不一致的，大多会被定性为虚开。由此可见，“三流一致”在查处虚开专用发票案件中的重要作用。
“三流一致”来源于国家税务总局《关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发［1995］192号）第一条第三项作出的规定：“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”
即购货方支付货款和运输费的单位，必须是开具专用发票的单位，如果不是，则进项税额不能抵扣。
关于现金流。在执行的过程中，由于理解上的偏差，“三流一致”甚至被要求付款方也必须是购货方，否则也不属于“三流一致”。这种理解与企业经营中花样繁多的付款方式产生了巨大的冲突。例如，甲公司从乙公司购进货物，让自已的债务人丙公司直接将货款转至乙公司账户。在集中资金支付、委托付款等模式下，都会发生购货方与付款方不一致的情形。
针对此类情况，《国家税务总局关于诺基亚公司实行统一结算方式增值税进项税额抵扣问题的批复》国税函【2006】1211号。
对诺基亚各分公司购买货物从供应商取得的增值税专用发票，由总公司统一支付货款，造成购进货物的实际付款单位与发票上注明的购货单位名称不一致的，不属于《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发〔1995〕192号）第一条第（三）款有关规定的情形，允许其抵扣增值税进项税额。
2016年5月26日，国家税务总局在视频政策问题解答中对一个住宿费发票进项税额抵扣的“三流一致”的答复。
纳税人问，取得服务品名为住宿费的增值税专用发票，但住宿费是以个人账户支付的，这种情况能否允许抵扣进项税？是不是需要以单位对公账户转账付款才允许抵扣？”
总局的答复是，“其实现行政策在住宿费的进项抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同，就不可以抵扣进项税额。
显然从国家税务总局的层面对“三流一致”的理解，并不要求付款方一定是购货方。
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