TCGA数据库FPKM非配对T检验

温馨提示

学习了《TCGA基础课程》得学员都知道，当前我们给大家推出的TCGA的课程都是分析counts的，细心的学员发现，在TCGA数据库，FPKM也是可供下载分析的数据类型，有学员反应，如何利用FPKM数据做分析。

我们在做TCGA转录组数据挖掘的时候，大多数时候都是用edgeR和DESeq R包做差异表达，但是这些R包都有个特点，输入文件的数据必须是raw count。如果我们下载的数据是raw count，那就正好符合我们的要求。

但是经常有学员得到数据已经是矫正后的FPKM，或者其他矫正好的数据，这个时候，我们就需要写脚本做差异表达了(非配对T检验)。

TCGA下载的数据矩阵

生信老师精心准备的脚本

得到的差异结果

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