如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍首先假设你已经找到了一套数据GSE32323这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与...

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍

首先假设你已经找到了一套数据GSE32323

这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与癌旁样本

我们先下载数据，如图

然后使用GEO芯片数据转换器提取出表达矩阵和样本信息表 （不会提看这里）如图：

打开SampleInfo.xls文件编辑样本顺序和分组

最终修改后的样本信息表为（为什么cancer排在前面？软件默认前面比后面啊）：

然后使用DECenter(下载链接：http://gap.shengxin.ren/tool/10/)进行差异分析

打开，长这个样子

看似需填项比较多，其实无非就四步

1、选择表达矩阵

2、选择样本信息表（因为你要告诉软件怎么分组的嘛）

3、选择筛选差异的方法，如果是芯片数据当然选择limma了，如果是RNA-Seq的counts数据，选择DESeq2或者edgR也行啊

4、选择样本分组列，然后选择结果保存目录点击运行就行了

示例如下：

等提示跑完，打开结果保存的目录

总共得到三个文件

1、cancer-vs-normal.limma.txt：这是cancer比normal的所有基因差异结果

2、cancer-vs-normal.limma_Dif.txt：这是根据咱们在软件选择的阈值筛选之后的差异结果

3、cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt：这是提取的最差异的基因的表达谱

得到了差异结果之后，我们要对结果进行一个展示吧

先拿cancer-vs-normal.limma.txt使用火山图制作工具做个火山图，教程看这里：https://www.shengxin.ren/article/174

再拿cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt使用热图绘制工具画个热图：教程看这里：https://www.shengxin.ren/article/165

导出图片，放到PPT中就可以向老板汇报了

• 发表于 2017-09-28 10:48
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• 分类：软件工具