上期我们把基因组de novo的选材问题搞定了，要开始基因组测序和分析了，在获取物种的全基因组碱基序列后，你可能会问到：如何进行下一步分析，分析后又会得到怎样的结果，这些结果又能说明什么问题呢？这些问题的答案都是有迹可循，菲沙基因呈上五个基因组分析流程要点，让你认清基因组套路。
从近年来的基因组de novo文章来看，基因组分析流程基本上已经稳定，可以具体分为以下几个部分：
说人话就是，基因组survey是在做基因组de novo项目前，对该物种基因组做的前期调查，确定物种基因组大小、杂合度、重复序列等信息，再根据这些信息制定后续测序策略，可谓“磨刀不误砍材工”
常用套路：基于Illumina测序平台，构建350bp PE文库，测序量为基因组大小的50~100×。
做过大基因组项目的老师都知道，这个可谓是基因组项目最为重要的一步，测序烧的钱都是为了这一步，组装得到高质量的参考基因组，因此，如何选择高性价比的测序策略尤为重要。
1. 基于PacBio平台进行三代测序，构建基因组组装主体，测序量建议80~100×，获得高质量contig序列；
2. 构建Hi-C文库，测序量建议100×，构建全基因组互作图谱，进行染色体级别的scaffolding；
3. 基于BioNano平台构建光学酶切图谱，测序量建议100×，基于进行长片段scaffolding；
4. 基于10×Genomics平台构建长片段linked-reads，测序量建议100×，进行序列scaffolding；
5. 基于Illumina平台构建350bp PE文库，测序量建议50~100×，该数据可用于对组装结果进行polishing和补洞。
基于菲沙基因已完成的大量大基因组项目经验，推荐PacBio+BioNano+Hi-C技术结合，获得高连续性的Contig，同时将基因组构建到染色体级别。
你以为你得到的Contig，Scaffold够长，就能说明基因组组装质量高吗？可能那些年你被带偏了，基因组质量需要Contig，Scaffold N50及基因完整性等来综合评估。
1. Contig N50和Scaffold N50指标；
2. 利用EST或RNA-seq数据评估Scaffold上组装出的基因完整性；
3.利用CEGMA或BUSCO分析，以验证保守核基因的完整性。
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