分分钟教你绘制基因结构图！

最近全国大幅度降温，这样的天气最适合坐在电脑前整理整理数据，看看文献，作作图表。小编今天给大家介绍一款在线绘制基因结构的工具Gene Structure Dispaly Server，简单好用功能还挺强大。运用它能够绘制清晰的基因结构，清晰明了地展示外显子、内含子及UTR的位置。还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。

打开这个工具，它的界面如下：

1.数据输入类型

绘图的输入文件有四种类型的数据可选：

BED :大家可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息，第一列是基因ID，第二列是起始位置，第三列是终止位置，第四列是基因在这个位置是外显子还是UTR，第四列是注释信息，第四列可以不要

GenBank Accession Number or GI：可以从GenBank获得，要注意的是你输入的Accession Number or GI必须包含有mRNA序列

GTF/GFF3：基因注释文件（包含基因的结构信息，具体信息可以自行百度，有详细解释），可以在数据库中下载基因组的GFF文件，筛选出你的基因注释信息

Sequence (FASTA)：第一个框里存放基因的CDS序列，第二个框里存放基因的完整序列，可以在NCBI数据库下载，或者在基因组数据中搜索需要ID的序列

小编这里推荐BED格式数据，数据格式简单，可以在基因组GFF文件筛选基因的这些信息 ，可以看我们以前文章（如何下下载一个基因组）下载基因组GFF文件

2.绘图及图片的修改和保存

选中一个数据类型，点击Example，就会显示一个该类型数据的例子，可以将自己的数据直接复制粘贴到下图框里，或者直接选择存放数据的文件导入数据。

数据输入后点击右下角的Submit就会跳转到结果页面。如果想保存这张图片，右下角有三种图片保存类型。选中你想要保存的图片格式，例如你想保存图片为PNG格式，单击PNG就会弹出一个图片界面。

下图为弹出的图片页面，右键网页另存为就会弹出一个框，输入图片名字点击保存就可以了。

如果你觉得网站的颜色不好看，你可以改变这些位点的颜色，例如想修改代表CDS的形状的颜色，点击左下方Color后面的黄色的框，就会弹出一个选颜色的界面，在Solid Color界面选取颜色，点击OK就会又回到结果的界面，再点击图片左下方的Redraw,所有代表CDS的形状就会变成你选择的颜色。

下图为修改颜色后的图片：

3.添加其他信息绘图

基础功能就讲完了，说好的功能强大呢！不要慌，下面给大家介绍两个延伸功能。第一是能将进化树跟基因结构结合在一起，第二除了进化树和基因结构还能添加基因的其他结构信息例如motif或者是domain。

首先我们将进化树跟基因结构结合在一起，先导入基因结构数据文件，点击下图绿色数据框所在的位置，就会延伸出一个输入数据界面，输入构建进化树时生成的nwk文件（注意：进化树文件中的ID必须要与基因结构数据里的ID一致），点击Submit就能生成图片，图片的保存与修改参照上面方法。

如果你还想在图片里显示基因的其他信息例如motif或者是domain，点开Other Features，输入数据，第一列是ID,第二三列分别是这个位点的起始、结束，第三列是这个位点的名称，例如motif1或者domain的名称，点击Submit绘图。

大功告成，又是一张好看实用的图片。

如果您有什么心得建议，欢迎来评论区留言讨论！

另附工具地址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php，点开就能使用，再也不用担心画图了！

科技服务事业部  文案

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