#软件工具#基因批量注释到KEGG通路并获得彩色的通路图

本文介绍一个简洁的批量将基因/蛋白MAP到KEGG通路中，并在通路中标记出输入的基因，并且将标记后的KEGG通路批量下载到本地的方法。

1. 首先你需要有一个基因的ID列表/uniprot的ID列表/KO ID列表
   
   

2. 打开KEGG Mapper主页http://www.genome.jp/kegg/mapper.html，点击search&color pathway

3.将ID输入框内，或者浏览上传文件也可

4. 点击Exec后返回页面如下：

这时如果一个个点开下载会非常麻烦，尤其在基因数目较多的情况下。

5. 在web页面的空白出点击右键→查看源代码，并将代码复制到本地，保存为文本”web.txt”。

6. 首先要获得上面图片中的pathway的url：

grep args web.txt |cut -d ' ' -f 2|sort |uniq|sed 's/href=\'/http:\/\/www.genome.jp/g;s/\'//g' >list

此时list文件内容：

7. 循环下载list文件中的链接

while read LIST;do; wget $LIST;done <list

然后我们会得到很多以show打头的文件，这些文件很关键

8. 从下载到的文件中筛选png文件的地址，并将这些地址下载下来即可

while read NAME;do m=$(grep mark_pathway $NAME |grep img|cut -d ' ' -f 2|sed 's/src=\'//g;s/\'//g;s/\/tmp\//www\.genome\.jp\/tmp\//g'); wget $m; done <show*

9. OK， 到这里大功告成了！快看看吧。

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