认缴制下自然人股权转让个人所得税如何计算
案例：甲与乙共同出资成立A公司，注册资本100万元，其中甲认缴60万元，投资占比60%，后实缴5万元；乙认缴40万元，投资占比40%，后实缴20万元。现甲将持有的A公司全部股权以5万元转让给丙，A公司所有者权益和公允价值均为30万元，那么甲应当缴纳多少个人所得税？（不考虑其他税费）
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十二条“财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税。”甲进行股权转让的应纳税所得额=5-5=0，即无转让所得，无需缴纳个人所得税。那么这种计算方式是否正确？我们且往下看。
政策依据：
一、符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入：
(一)申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的;
(二)未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;
(三)转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料;
(四)其他应核定股权转让收入的情形。
——《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》
国家税务总局公告2014年第67号第十一条
二、符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低：
(一)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(二)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(三)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(四)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(五)不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(六)主管税务机关认定的其他情形。
——《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》
国家税务总局公告2014年第67号第十二条
三、符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权;
(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;
(三)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让;
(四)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
——《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》
国家税务总局公告2014年第67号第十三条
四、主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入：
(一)净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
(二)类比法
1.参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定;
2.参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
(三)其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
——《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》
国家税务总局公告2014年第67号第十四条
结合以上政策依据，题目中甲股权转让价格为5万元，而其在A公司股权对应的净资产份额为30*60%=18万元，在不存在上述政策依据中股权转让收入明显偏低，视为有正当理由的情形下，其申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额，则税务机关可以对其股权转让收入进行核定，核定方法依次选用“净资产核定法”、“类比法”、“其他合理方法”。
按“净资产核定法”核定股权转让收入后，甲需要承担个人所得税：（18-5）*20%=2.6万元。由此可见，在认缴制的环境下，自然人之间进行股权转让，尤其像案例中实缴额较低而股权占比较高的投资者，可能会承担比较高的个人所得税。有人认为，类似于案例中的情形，投资者实际上在股权转让中并未有所得或所得较低，却承受了较高的税负，似有不公，但是值得一提的是，“认缴制”自2014年3月1日起施行，而《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》自2015年1月1日起施行，因此笔者猜想，采取办法中所述方法计税或许并非税收管理中的不公，而是在认缴制的大环境下对于认缴投资者的一种管控。
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