（一）建设行为终了之日起二年内未被发现，对'未批先建'违法行为不再处罚
《行政处罚法》第29条规定：'违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。'
基于上述法律规定，《意见》对追溯期的适用进行了明确，认为'未批先建'违法行为的行政处罚追溯期限应当自建设行为终了之日起计算，自建设行为终了之日起二年内未被发现的，不予行政处罚。
（二）'未批先建'建设项目违反'三同时'验收制度的，仍需处罚
新《建设项目环境保护管理条例》第23条规定了违反'三同时'验收制度的法律责任，即'违反本条例规定，需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，建设项目即投入生产或者使用，或者在环境保护设施验收中弄虚作假的，由县级以上环境保护行政主管部门责令限期改正，处20万元以上100万元以下的罚款；逾期不改正的，处100万元以上200万元以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他责任人员，处5万元以上20万元以下的罚款；造成重大环境污染或者生态破坏的，责令停止生产或者使用，或者报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。'
《意见》指出建设项目违反环保设施'三同时'验收制度投入生产或者使用期间，由于违反环保设施'三同时'验收制度的违法行为一直处于连续或者继续状态，因此，环保部门仍可以对违反环保设施'三同时'验收制度的违法行为依法作出处罚。
实际上，'未批先建'与违反'三同时'制度属于一个建设行为同时违反两种不同的法律规范，应当分别进行处罚。'未批先建'违法行为2年追溯期届满后，行政机关已经不能再给予处罚，但违反'三同时'验收制度的违法行为仍处于继续的状态，仍可对违反'三同时'制度的违法行为进行处罚。
（三）'未批先建'建设项目有违法排污情形的，属于独立违法行为，另行处罚
《意见》指出建设项目'未批先建'并投入生产或者使用后，有关单位或者个人具有超过污染物排放标准排污，通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行污染防治设施等逃避监管的方式排污等情形之一，分别构成独立违法行为的，环保部门应当对相关违法行为依法予以处罚。
环境保护专门法如《固体废物污染环境防治法》、《大气污染防治法》、《水污染防治法》、《噪声污染防治法》中均对超标排污、逃避监管方式排污行为规定了相应的法律责任，污染者违法排污的行为可以根据不同领域环境保护专门法的法律责任条款予以处罚。
如：《水污染防治法》第83条'违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭：
（一）未依法取得排污许可证排放水污染物的；
（二）超过水污染物排放标准或者超过重点水污染物排放总量控制指标排放水污染物的；
（三）利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞，私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常运行水污染防治设施等逃避监管的方式排放水污染物的；
（四）未按照规定进行预处理，向污水集中处理设施排放不符合处理工艺要求的工业废水的。'
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