在官制上，清朝仿效明朝，设立总督制度。清朝的地方总督统管一省或两三省的军政大权，如四川总督、湖广总督、两广总督、两江总督等。总督一般是正二品，如加授兵部尚书（国防副部长），督察院右都御史（监察部部长）衔的是从一品，另兼大学士衔者为正一品。总督中最重要的是直隶总督，它直接关系京师安危，李鸿章、袁世凯都做过直隶总督兼北洋大臣。两江总督地位仅次于直隶总督，管理江苏、安徽、江西三省，曾国藩曾做过两江总督。
但是，人们往往不注意的是，清朝还有个身系国家安危的漕运总督。漕运总督虽然不统领地方，但它的级别待遇并不低，和其它总督一样品级为正二品，如加尚书衔就为从一品，简称督漕、总漕。从顺治二年（1645）5月起，清政府就设立漕运总督，驻淮安，管理鲁、豫、苏、皖、浙、赣、湘、鄂八省的漕运工作，负责江南八省的粮食征收工作，由水路转运京师。
漕运总督设“总漕部院衙门”，衙址设于江苏淮安，权威并不亚于其它地方总督。漕运总督有亲辖武装部队和水师营，能辖制最高为从二品的武职官佐，并节制鲁、豫、苏、徽、赣、浙、鄂、湘八省漕粮事务，被尊称为“漕台”或“漕帅”。漕运总督不受部院节制，向皇帝负责，可专折奏事。为什么漕运总督这么受重视？这主要有以下几点原因:
第一，京师百万，仰食江南。从隋唐开始，京师人口激增，军民人口百万之巨，越来越多地依赖于江南供给。秦汉时定都长安，取关中及四川禄米即可供给开销。可是唐宋之时，气候变化，再加上关中及中原地区的生态破坏严重，这一地区已经不再适合作为都城。于是，都城就离运河越来越近，以便依赖大运河之力，将江南粮食运入京师。唐朝粮食短缺时，君臣曾就食洛阳；宋朝干脆以水运方便的开封为都；明清的定都北京，亦有借助运河漕运的考量。
第二，咽喉命脉，关乎国运。正因为江南地区成为关乎国家稳定的基础，所以漕运就成了明清两朝帝国的生命线。明末，在谈及开封的重要性时，周腾蛟上言:“汴城不守无河南,河南无保无中原,中原不保则河北之咽喉断,而天下之大势甚可忧危也。”同样，吴三桂造反后，统帅吴国贵召集诸将开会，就将战略目标（“舍弃云南而不顾，北向以争天下：以一军图荆州，略襄阳，直趋河南；一军下武昌，顺流而下，经略江北。勿畏难，勿惜身，宁进死，勿退生，拼死决战，剜中原之腹心，断东南之漕运，即令不能混一，黄河以南，我当有之。” ）之一定在切断清朝的漕运上！后来鸦片战争中，正是由于英军攻至南京附近，扬言攻城并切断漕运，清政府被迫屈服。
第三，人事利害，盘根错节。漕运不仅涉及大量人口就业，同时在官员间又形成了盘根错节的复杂关系。漕运总督节制八省漕粮，每省又设立负责漕运的督粮道（正四品）监稽收粮、督押粮船，最后一次粮船由漕运总督亲押至通州，向皇帝述职后回任。为监督漕运，明清都设置巡漕御史，不受漕运总督节制，直接向皇帝专折密奏，甚至有权弹劾总督。但这样的监督，仍是腐败丛生。漕粮装运、征收、行船次序、期限管理及至运送时间、航行里数都有繁杂的制度，各省有船帮，胥吏勾结，正粮之外有“耗米”、“耗费”，横收暴敛。各级官僚路上设卡，雁过拔毛，又可以借口漕船出事，推卸责任。承担漕粮、漕运的老百姓苦不堪言，但漕运官员却视之为盘剥百姓的肥差，形成了庞大的利益集团。
鉴于漕运弊端不少，屡有人提出以海运代漕运。但一者，海运风险高，运粮者容易借机逃亡，船又容易受气候、风浪、海盗、倭寇等袭扰；二者，漕运关系社会稳定，靠漕运过活的普通民众、纤夫、船户等越来越多，骤然改革影响社会安定。更重要的是，庞大的利益集团阻止改革。史载，漕运最盛之时，仅从天津至通州北运河上，一年要通过漕船两万余艘，护漕官弁达12万人次，还有商船一万余艘，这中间要牵扯多少利益关系！
一直到光绪三十年，技术进步，海运已可取代漕运，节省政府大量开支，这时河运全停，漕运总督才被裁撤。不过这时期，清王朝已经行将就木了。其中的一个重要推手就是包括“青帮”在内的帮会组织。“青帮”又名“漕帮”，“粮船帮”，“清帮”等，徒众以帮政府漕运为业，人数颇众。清政府利用“青帮”来帮助自己对付反清复明的“洪门”，所以青帮得以半公开化。不过谁想到“漕运”废止后，失业的青帮人员调转枪口，开始对会清政府？诚可谓“断人财路，如杀人父母”，这也是改革之所以艰难的一个重要原因。
