宋代，屡遭查禁的“伪学”理学，在南宋末期的理宗朝得到缓解，但真正使理学上升为国家意识形态，是到了元代，由统治者又一次干预了传统文化的走向所致。至明成祖永乐十二年（1414年），朱棣命胡广等人以程朱理学作为指导思想，编篡了《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》，次年成书。此后，这三部《大全》就成了明代科举取士的唯一标准，程朱理学开始普及化、正统化，而“独尊天下”。所以，明代主要是继承了朱熹之学。《明史·儒林传序》：“明初诸儒，皆朱子门人之流支余裔，师承有自，矩获秩然。”薛瑄可以作为这一时期理学的代表。薛瑄（1 389～ 1 464年），字德温，号敬轩，山西河津人。他是明初北方河东学派的领袖，他非常推崇朱熹。他的主要著作《读书录》和《读书续录》，是以《太极图说》、《西铭》和《正蒙》之义疏编篡而成。
但薛瑄受到欠缺概念性思维方式及互渗式原始思维方式的影响，关于最高哲学范畴的认识进一步含混不清，甚至出现了矛盾的认识。如他继承了朱熹将道、理、心、性当作是同一的认识。《读书续录》卷一：“天命、天道、天理、天性、天德，一也”；《读书续录》卷四：“在人始有心之名，在天则浑然是理。”有时，他以理作为万物的第一因，《读书续录》卷四：“天地间只一动一静，而理为之主。万化皆由是出，万物皆由是生。”理充满一切处，《读书录》卷六：“理无所不有。如天地之外，都无一物，只有此理，而天地万物能自生。假使后世天地万物一时俱尽，而此理既常存，又自能生万物。”理是永恒的存在，《读书录》卷一一：“理万古只依旧，气则日新。”理是气之上的依附性存在，《读书录》卷二：“理气混合为一，元无间隙。”但对于理与气谁先谁后的认识上却出现了矛盾，《读书录》卷三：“窃谓理气不可分先后，盖未有天地之先，天地之形虽未成，而所以为天地之气，则浑浑乎未尝间断止息，而理涵乎气之中也。”他还以宫室与宫室之理作比喻，来说明理是逻辑在先的。《读书录》卷一一：“如未有此宫室，已有此宫室之理，及有此宫室，而理即在宫室之中。如未有天地万物，已有天地万物之理，及有天地万物，而理即在天地万物之中。”
有时，他又以性作为万物的第一因。《读书续录》卷五：“性者，万物之一源，无方所，无形体。”《读书续录》卷七：“性，无声无臭，不可以物形容之。”性也是万物的本性，《性故》：“因其生之所本曰性。”而道、理是性之下一个范畴，《读书续录》卷三：“天下万理，一性字包括之”及“性外无一理”；《读书续录》卷十一：“性外无道，道外无性。”这时，性气也是合一，《读书续录》卷一二：“气外无性，性外无气，是不可二之也。若分而二之，是有气无性，无性之气矣。故曰：二之，则不是。”
他还将性等同于一切伦理道德概念，性就是仁义礼智等。《读书录》卷五：“仁、义、礼、智即是性”；《读书录》卷八：“只是一个性字，分而为仁、义、礼、智、信，散而为万善”；《读书续录》卷一：“性者，仁、义、礼、智。”至此，他的哲学就滑向了传统哲学的俗套，成为了泛道德主义。
明中叶以后，理学开始转向了气学，意味着理的形而上学开始被遗忘。这一转向始于罗钦顺。罗钦顺，字允升，号整庵，江西泰和人。生于公元1 465年（明宪宗成化元年），卒于公元1 547年（明世宗嘉靖二十六年）。与王守仁同时。他早年出入禅学，后来转向理学，攻读濂、洛、关、闽诸家著作。《困知记》是他的主要哲学著作。
首先，罗钦顺也承认理的存在。他认为天地之间都是物的存在，但天地万物都具有同一个理。《困知记·答欧阳少司成崇一》：“人固万物中之一物尔，须灼然见得此理之在天地者与其在人心者无二，在人心者与其在鸟兽草木金石者无二，在鸟兽草木金石者与其在天地者无二，……盖此理在天地则宰天地，在万物则宰万物，在吾心则宰吾身，其分固森然万殊，然止是一理。”理不是物的存在，《困知记》卷上：“自夫子赞易始以穷理为言，理果何物也哉？”在这里，“理果何物也哉”意味着他认为理不是物。但他也承认有气的存在，《困知记》卷上：“大化流行，只有一气充周无间”及“盖通天地，亘古今，无非一气而已。”
而且，理与气是不同的存在，理是气之上的依附性存在。《困知记》卷上：“（理）初非别有一物，依于气而立，附于气以行也。”理是气的运动规律，《困知记》卷下：“气之聚便是聚之理，气之散便是散之理，惟其有聚有散，是乃所谓理也。”罗钦顺还继承了程朱的理一分殊说，认为万物都是分有理才成为万物。万物分有“一”理的全部，而不是分有理的一部分。《困知记》：“盖一物之生，受气之初，其理唯一，成形之后，其分则殊。其分之殊，莫非自然之理，其理之一，常在分殊之中。”但罗钦顺又认为理会随着万物的消亡而消亡，《困知记》卷下：“气聚而生，形而为有，有此物即有此理；气散而死，终归于无，无此物即无此理。”理会随着物的消亡而消亡，那么，理便与物一样，都不是永恒存在，这意味着作为绝对存在的理已被人们所遗忘。再有，有此物才有此理，意味着理既不是时间在先，也不是逻辑在先。反过来说，罗钦顺的头脑中已不考虑万物之时间在先还是逻辑在先这一两律悖反，而是接受了这一矛盾认识。或者，在罗钦顺眼里，理只是被当作一个可以解释某些哲学问题的概念来使用，而对于理究竟是什么未曾被思考过。
王廷相，字子衡，号浚川，河南仪封人，生于明宪宗成化十年（公元1 474年），卒于明世宗嘉靖二十三年（公元1 544年）。其哲学著作有《王氏家藏集》和《内台集》，其中，《慎言》、《雅述》、《性辨》、《横渠理气辨》、《太极辨》、《答何柏斋造化论》等比较集中地体现了他的哲学思想。他是明代气学派的代表人物。从他的著作中可以看出，他也受到欠缺概念性思维方式、欠缺理性思维方式和接受矛盾认识的一个人。
王迁相继承了张载的气论，并反对道家“无”的存在，他认为“无”就不能生有。《内台集·答何柏斋造化论》：“柏斋以愚之论出于横渠，与老氏万物生于有，有生于无不异。不惟不知愚，及老氏亦不知矣。老氏谓万物生于有，谓形气相禅者；有生于无，谓形气之始本无也。愚则以万有皆具于元气之始，故曰儒之道本实酹，无'无’也，无'空’也。”他也反对理是“无”，《横渠理气辨》：“若曰气根于理而生，不知理是何物？有何种子？便能生气？”《太极辨》：“理，虚而无著者也。……理无机发，何以能动静？理虚无象，阴阳何由从理中出？”《慎言·五行》：“老庄谓道生天地，宋儒谓天地之先只有此理，此乃改易面目之论耳，与老庄之旨何殊？”
他在《太极辩》中，把太虚、阴阳、元气三者当作是物，同时认为这三者是“亦一道也。”反过来说，他将道当成为了物的存在。更确切地说，他把道解读为气。并认为气才是真实的存在，气才是万物的本原。《慎言·道体》：“天地之先，元气而已矣。元气之上无物，故元气为道之本”；《雅述·上》：“愚谓天地未生，只有元气。元气具，则造化人物之道理即此而在。故元气之上无物、无道、无理。”他还提出了气作为本体的理由，《内台集·答何柏斋造化论》：“气虽无形可见，却是实有之物，口可以吸而入，手可以摇而得，非虚寂空冥无可索取者。”他还批评了当时的学者把气当作是运动变化，而不把气当作本体的思想。《慎言·道体》：“世儒止知气化，而不知气本，皆于道远。”
气是永不停息地运动变化着，气的运动变化是万物的生成、发展的本源，这即“生生”。《原善》卷上：“气化之于品物，可以一言尽也，生生之谓欤！”而万物的生成不外乎的气的聚散变化，《慎言·乾运》：“天地万物不越乎气机聚散而已。”气在聚散生成万物的过程中是不增不减的，《雅述》上：“自有入无，自无而有，即谓之变；气虽聚散，而并未尝减、无灭息，谓之常。”王迁相还关注到为什么单一的气能形成世界上千差万别的事物？这一哲学问题。并提出了“气种”来解释万物彼此相异的原因。他认为万物的生起都是由于气中包含着万物的种子，比如花必六出，人有耳目口鼻，禽兽有蹄角羽毛，等等，都是“气种之自然也”(《慎言·乾运》)，而万物的种子“各各完备，不相假借”(《五行辩》)，“不相凌犯”(《答顾华玉杂论》)，“天地之间，无非气之所为者，其性其种，已各具于太始之先矣”（《五行辩》），“人地、水火、万物都从元气而化，盖由元气本体具有此种，故能化出天地、水火、万物”（《内台集·答何柏斋造化论》），“万物巨细柔刚，各异其材；声色臭味，各殊其性。阅千古而不变者，气种之有定也。”（《慎言·道体》）古希腊哲学中，阿那克萨戈拉提出了种子说被认为是对阿那克西美尼气论的进一步发展。据此推测，王廷相的这一哲学认识似与古希腊中从阿那克西美尼到阿那克萨戈拉的认识路径相似。
正象所有的唯物主义者一样，当遇到唯物主义不能解释的地方，便必须启用形而上学。王迁相也一样，也许他在论述气生成万物时也遇到了气论不能解释的地方，这时，他也启用了形而上学。同张载一样，他也认识到气必须有一个空间，太虚就是气存在的空间。《慎言·道体》：“天内外皆气，地中亦气，物虚实皆气，通极上下造化之实体也。是故虚受乎气，非能生气也。”而太虚是“无”的存在，《慎言·道体》：“元气之上无物，不可知其所自，故曰太极；不可以象名状，故曰太虚耳”及“天地未判，元气混涵，清虚天间，造化之元机也，有虚即有气；虚不离气，气不离虚，无所终之妙也。不可知其所至，故曰太极；不可以为象，故曰太虚；非曰阴阳之外有极有虚也。”他也不否定理的存在，并认为理是无形质的，是不朽的。《雅述·下》：“儒者曰：天地间万形皆有敝，惟理独不朽，此殆类痴言也。理无形质安得而朽！”这里，他把太虚、理都当成“无”的存在，这意味着他似乎又不否定“无”的存在。但他又认为理是气之上的依附性存在，《太极辨》：“万理皆出于气，无悬空独立之理”；《慎言·道体》：“理载于气，非能始气也。”并且，他还批判二程的理一分殊说。他认为气是一时，理便也是一；气是万时，理便也是万。《雅述·上》：“天地之间，一气生生，而常，而变，万有不齐。故气一则理一，气万则理万。世儒专言理一而遗理万，偏矣。天有天之理，地有地之理，人有人之理，物有物之理，幽有幽之理，明有明之理，各各差别。”笔者认为，王廷相提出天有天之理，有地地之理，……涉及到万物的理念，而遗忘了作为绝对存在的理。所谓理一，是指存在一个绝对存在的理。再有，二程的理一分殊和朱熹的月印万川是为了解释作为绝对存在的理与万物分有的理的关系。但王廷相明显未认识到这一点，他才认为气一而理一，气万而理万。这就使理成为了多，而不是一。换句话说，他未真正理解“分有”说。
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