一、铁器的使用和理性思维的时代
人类的思想是伴随着人类征服自然、改造自然的能力不断提高而逐步变化的。最初，自然万物都是人类顶礼膜拜的对象。根据易洛魁人的神话，始祖母阿塔恩特西克从动物栖据的上界跌落，借一些动物（海狸、麝鼠、水獭、乌龟）之力置身于瀛海之上。故事中的人类不但地位不如动物，是一种从上界跌落下来的生物；而且之所以还能够栖身在这个世界上，也是借助动物们的帮助才得以实现，足见人类的能力之低、地位之低。伴随着人类能力的提高，人的力量逐步超越了自然物，拟自然物之神便逐步演变成为人格之神——人——成为自然的代言人，成为自然界的中坚力量，开始统治世界。
铁器的使用，是人类征服自然、改造自然能力上一次飞跃性的提升，极大提升了人类的生产力、拓展了人类的生存空间，也极大改变了社会的面貌。在人类眼中，人类和自然的关系由此产生根本性的改变，自然不再神秘而崇高，人类可以通过自己的努力认识并按照自身的要求去改造这个世界。人类由此开始成为自然界的主宰，而不再被自然所统治。反映在意识形态上，就是理性思维的诞生。
目前世界上出土的最古老冶炼铁器是土耳其（安纳托利亚）北部赫梯先民墓葬中出土的铜柄铁刃匕首，距今4500年（公元前2500年）。因为铁的冶炼技术更复杂，经过上千年的经验积累，人们才终于掌握了品质更优、成本更低的钢铁冶炼技术。这是一个漫长的过程，钢铁冶炼技术在各地流传的过程中，会因为技术水平、使用条件和自然环境等不同因素的影响而对社会产生不尽相同的促进作用，在世界各地的社会发展的历史上呈现出不同的面貌。正因为铁器的使用和对社会的影响具有如此的复杂性，因此将铁器的大规模使用和理性思维简单等同起来会稍显武断，铁器的生产制造在不同的技术水平对人类征服自然的作用、对社会的影响、以及对于人类意识形态的影响，都需要更多的证据链来进行支持。但是，最起码在中国，由于铁器和牛耕的大规模使用，导致生产力大幅发展，大量的荒地被开垦，家庭农业的崛起，对西周贵族封建主义井田制和等级制的瓦解，导致以道家和儒家为代表的理性思想的诞生，已经基本成为主流观点。
到了公元前6世纪左右，伴随着钢铁冶炼技术的逐步成熟，铁器的大规模使用，在世界范围内出现了一股思想解放的热潮。英国牛津大学博士凯伦-阿姆斯特朗将这个时代命名为轴心时代，在中国有老子和孔子，在伊朗有琐罗亚斯德，在印度有释迦牟尼和《奥义书》，犹太教的经典——也就是《圣经》的旧约部分，也是在这一时期成稿、定型。这些大哲学家们纷纷开启新的思想大门，以抽象而理性的思维取代原有的自然之神力。
琐罗亚斯德教摆脱了对传统自然神盲目崇拜，崇信阿胡拉-马兹达为最高至善神，其余诸善神变成为天使；琐罗亚斯德教将世界视为善恶二元对立斗争的产物，并根据当时人们对世界的认识，经过分析与判断为世界未来的发展写好了剧本。琐罗亚斯德教的世界已经不是天神主宰一切的世界，其至上善神也不是某种自然物或者是自然物人格的化身，而是“善”这一抽象概念的代表；其至上善神甚至不再是世界的一部分，而是世界的创造者、守护者，他的行为将按照早已经安排好的剧本施行，有其最终的目的，绝不会恣意而行。
印度的《奥义书》虽然内容纷繁，但是大体上有着相同的世界观。《奥义书》将“梵”和“自我”的学问视为最高的学问。“梵”是世界的本源，而“自我”则是“梵”的一部分，认识到了“梵我同一”就会得到解脱。在《奥义书》中，世界的运行同样有一套规律，尘世之人的各种行为有业报、死生有轮回，而人的最高追求就是摆脱这一业报和轮回的过程，达到“梵我同一”的境界。这种规律超越了神性和神力，从而摆脱了传统自然神学对于祭祀的依赖，崇尚对“梵”之知识的学习和体认。
中国的政治家和思想家们早在商朝末年就对“神”的伟力产生了怀疑。西周的创立者们对于崇信鬼神的商朝却最终灭亡的教训记忆深刻，他们提出了“以德配天”的思想——“天”固然是决定性的力量，但是“天”是根据地上统治者的“德”是否符合“天”的根本价值来进行判断的，如果地上的统治者失德，那么他也就失去了上天的庇佑。所以“德”的体现就是“敬天保民”——既要尊重上天，更要保护民众。保护民众的重要性甚至在尊重上天之上，因为这是上天对于统治者“德”的判断根本依据。因此，决定统治者命运的根本和本质在于其地上的行为，而不是形式上对上天的尊重。这就从根本上赋予了人以自由的本性，赋予了人主观能动地采取各种不同的行为的自由。天只是提供了根本价值的判断标准，天的决定权实质上最终是掌握在人的手中的，人的行为决定了自己未来的命运，天不会背离根本价值做出任意的判决。
到了东周时期，中国的思想家们更是摆脱了天的束缚，几乎在世界上率先举起了人文和人道的大旗。老子之道家，彻底摆脱了传统的神的概念范畴，将抽象的“道”视为世界的本源及世界运行的动力和规律。老子之“天”，乃是自然之天，绝无神性意味。老子主张“大道无为”、“道法自然”，人在道中，也应该遵循道的本性和规律。庄子继承了老子的学说，主张人应该“自然无为”，自由逍遥，得到精神上的解放。在老子和庄子的思想中，人虽然是自然界的一部分，但是人并不是自然的奴隶，并不受自然之神的控制，而有着自己的选择自主权——天人虽然不能分离，但是天道和人道是分离的，天道制约人道，却不能控制人道。所谓“道法自然”，也是主张人应该顺应事物自身的规律，而不是受自然之力的压迫而屈服和摆布；在这一点上，人是自由的，自由之人是不受神性思想的束缚的。孔子更是高举人文主义大旗，把人、而不是自然之神，作为哲学思想的主体。“子不语‘乱力鬼神’”，孔子说：“未能事人，焉能事鬼？”在孔子这里，天只是虚化的背景，“天道远，人道迩，非所及也”，干脆不理会天道，在认识上彻底做到了天人分离。在虚化之“天”的背景下，给予人以彻底的自由。孔子之儒学是彻彻底底的人道之学，可谓开世界人道主义之先河。
二、理性思维在政治事务上的体现
古代自然神学的神力覆盖到生活的方方面面，人们的生活时时刻刻受到神力的影响和摆布。随着人类自身能力的发展，征服自然、改造自然的能力大幅增加，人们不但对于自然的神秘感开始消失，而且开始对自然的规律进行总结，并用理性思维来解释生活中的现象，逐渐摆脱了自然神学的束缚。理性思想并不是从哲学开始的，先进生产力带来的变化传导到纯思辨性的哲学还需要有一个过程。在历史的记载中，理性思想在政治领域中出现的时间远远早于在哲学中出现的时间，这在全世界范围内都是普遍适用的。
儒家经典《左传》里讲述了这样一个故事：
鲁僖公十六年春，宋国上空坠落了五块石头，这是坠落的星星。六只鹢鸟倒退着飞，经过宋国国都，这是由于风太大的缘故。成周的内使叔兴在宋国聘问，宋襄公向他询问这两件事，问道：“这是什么预兆？吉凶在于哪里？”叔兴回答说：“今年鲁国多有大的丧事，明年齐国有动乱，君王将会得到诸侯拥护却不能保持到最后。”叔兴退下来却告诉别人说：“国君询问得不恰当，这是有关阴阳的事情，人事吉凶与此无关。吉凶由人的行为所决定。我这样回答是由于不敢违背国君的缘故。”
这一则故事，明确地用理性认识并解释自然，借叔兴之口对鲁僖公崇信鬼神巫术的行为进行了驳斥，将人事的凶吉和自然的阴阳截然分开，旗帜鲜明地否定了鲁僖公迷信占卜神示的行为模式。说明至迟到了春秋时期，明确地使用理性思维进行分析推理，而不是像商朝那样事事都要用巫术占卜进行决策、作为政治活动的依据，已经成为政坛上被广泛认可的思路。
在古希腊亦是如此。
在古代希腊，铁器的使用和牛耕出现的都很早，早在黑暗时代就已经出现了。虽然考古学无法提供更多的素材来还原古希腊时期的农业生活，但是基本上可以判断的是，直到公元前6世纪，古希腊大地上的金属农业工具依旧十分稀少，出土的农业工具主要是陶制和木质。公元前6世纪的古希腊，仍然处于从黑暗时代缓慢恢复的时期，生产力总的来讲仍然十分落后。由于土地的贫瘠，农作物主要是经济作物——橄榄和葡萄，铁器的使用仍未大面积普及，牛耕的使用也没能给古希腊带来更多的剩余产品。因此，当东方文明又一次大面积影响到古代希腊社会、古希腊社会生产能力飞速发展之前，古希腊仍然被笼罩在神的世界里。
古希腊的理性哲学思潮并不是自生的，而是受到古老东方先进文化的影响。所以，古希腊哲学的先声并非来自希腊大陆本土，而是来自东方的小亚细亚殖民地。米利都学派被认为是西方哲学的开创者，该学派便诞生于希腊位于小亚细亚半岛的西缘的殖民地——米利都城。泰勒斯是古希腊时期的思想家、政治家，他创建了古希腊最早的哲学学派——米利都学派（也称爱奥尼亚学派），被称为“科学和哲学之祖”，是古希腊“七贤”之一。泰勒斯首先是一个政治家，其次才是一个思想家、哲学家、科学家。泰勒斯曾经担任米利都的执政官，深度参与到米利都城邦的政治事务之中。在希罗多德所著的《历史》中，记叙了米利都城邦在政治上利用理性思维的故事。
公元前7世纪末，米利都在僭主特拉叙布洛斯的统治下。在他执政期间，米利都遭到了吕底亚人持续不断的进攻。在战争的第12个年头，吕底亚人焚烧米利都人田地里的谷物，引发的大火烧毁了附近雅典娜的神庙，而在回军途中吕底亚人的国王阿律阿铁斯染上了恶疾。按照当时的习惯，他请示了神托，神托指示除非他重建雅典娜的神庙，否则他的疾病是不会好的。于是，阿律阿铁斯就准备派遣使者向米利都人建议休战，以便重建雅典娜的神庙。而特拉叙布洛斯得知了阿律阿铁斯的这一计划，他让米利都人将自己在长期被围困下仅余的所有食物全都拿出来，在吕底亚的使者到来时尽情地饮酒狂欢。当阿律阿铁斯从使者口中听到和他所料想的完全相反的消息时，不久他便和米利都人缔结了一项条约。吕底亚人虽然在公元前7世纪末期征服了当时小亚细亚沿岸的许多希腊殖民地城邦，雄霸小亚细亚，但只有米利都在与吕底亚王国的政治关系中享有特权，并维持长期的繁荣。
阿律阿铁斯的继任者、他的儿子克洛伊索斯，贸然发动了对波斯的战争。克洛伊索斯为此曾派使节到米利都人那里商讨建立军事联盟，正是泰勒斯劝阻了这一联盟，从而也就避免了与波斯为敌。居鲁士企图征服小亚细亚的希腊诸城邦时，在这些伊奥尼亚人当中，只有米利都人是没有危险，因为他们已经和居鲁士缔结了协定。当小亚细亚伊奥尼亚人的诸城邦在反抗波斯帝国的战斗中失败因而濒于绝境时，泰勒斯还曾向他们提出一个政治建议，劝告他们以结成一个政治联盟的方式来抵抗波斯人的入侵，以免被波斯人各个击破。但是，这一建议并未得到采纳。
和上述《左传》所记叙的故事一样，吕底亚的阿律阿铁斯事事询问神托，和米利都的特拉叙布洛斯利用理性思维去思考形成了鲜明的对比。和特拉叙布洛斯相交多年的泰勒斯，在日后的行政中同样展示出以理性分析作为提出问题解决方案和决策基础的特点。
同样身为古希腊七贤之一的厄庇美尼德，来自克里特岛，他既是一个政治家、法律专家，也是一个神棍、预言家。普鲁塔克称赞他道：“他用赎罪仪式、涤罪仪式和奠基仪式圣化了城邦，使城邦就像经过一次秘典传授那样变得遵守法律，在走向和谐的道路上更加驯服。”据说，他一次睡觉睡了57年，克里特人传说他最终活了将近300岁。此外，他还有不少神迹被当成真事记录下来。但是，就是这么一个神棍非常重视法律的作用，在他写给梭伦的信中，多次提到了法律的重要性。从普鲁塔克的称赞中也可以看出，厄庇美尼德实际上是利用了宗教的手段为法律的实施进行背书。
厄庇美尼德不是孤例，身处公元前6世纪的古希腊先贤，有不少人都具备这样的两面性——既是神秘主义者，又是理性主义者；既行荒诞巫术之事，又按照理性思维做事；以巫术助力理性，以理性支撑巫术。比如奥诺玛克利托斯，在庇西特拉图家族担任预言家，为了达到某些政治目的，他不惜伪造缪斯神庙的神谕；但是他同时还是一个政治家，一位使者，一个法律问题专家。说明在当时的古希腊社会，理性思维正在从神性思维中萌芽发展，还披着浓重的神秘主义外衣。
三、理性思维在文学上的体现
古希腊理性思维从神性思维中破土而出并开始形成风潮，还可以从文学上得到验证。
早在公元前8世纪成文的《神谱》，赫西俄德就开始将具体的神仙抽象为理性的概念。根据《神谱》的记载：世界最初是一片混沌（choas，希腊语：Χάος），在混沌中诞生了大地之母盖亚、地狱深渊神塔耳塔洛斯、黑暗神厄瑞波斯（Erebus）、黑夜女神尼克斯和爱神厄洛斯（Eros），世界由此开始。大地之母盖亚又和乌拉诺斯生了诸多提坦神分别代表了世界最初的些事物（日、月、天、时间、正义、记忆等）。Chaos在英语中代表混沌，在《神谱》中这个词同时还带有混沌之神的意思。黑暗神厄瑞波斯和爱神厄洛斯也都是抽象出的概念，用以代表黑暗和爱，绝非元初先民自然物崇拜的产物。提坦神则被指派去代表不同的概念，比如：日、月、天、时间、正义、记忆等。
《神谱》中还记载了，不和女神生下了劳役、遗忘、忧伤、争斗、战斗、谋杀、屠戮、争吵、谎言、争端、违法、毁灭、誓言。赫西俄德大概是怕有人不理解誓言与不和之间有什么关系，于是特意解说道：“如果世人存心设假誓欺骗别人，她（不和）会纠缠不止。”由此可以看出，这已经不完全是在记录神的谱系，而是在记录人的一些抽象思考——人与人之间、集团与集团之间的不和，会造成各种悲剧；如果立假誓，就会引起不和。“不和”与“誓言”、及其他儿女间的关系，已经不是神与神之间的血缘关系，而是概念与概念之间的逻辑关系。
据说，公元前7世纪的斯巴达诗人提尔泰曾经写过一首《优诺米亚（eunomia）》的诗，赞颂了斯巴达社会“良好的秩序”（即“优诺米亚”）。在诗中，提尔泰提出：优诺米亚是普罗马特娅（远见）的女儿，图赫（幸运）和佩伊托（说服）的姐妹——表达了提尔泰对“优诺米亚”的认识。但是在《神谱》里，赫西俄德同样利用神仙谱系表达了他对“优诺米亚”的认识，他说道：“第二个，宙斯娶了容光照人的忒弥斯（风俗）为妻，生下了霍拉（惯例）、优诺米亚、迪克（正义）和神佑的厄瑞涅（和平）。”在提尔泰和赫西俄德口中，优诺米亚作为一个神，有着不同的身世。但是很显然的是，这种身世并不是来源于血缘，而是缘自于概念的逻辑关系，假如提尔泰和赫西俄德对于“优诺米亚”有了新的想法，他们会很自然的为优诺米亚编制出另一套家谱。
有了上述的例证，我们就可以认识到，古希腊的理性思维是逐渐从传统的神性思维中诞生的，而且与传统的神性思维如影随形，理性和神性几乎是亲密无间地结合在一起，Chaos、Erebus、Eros既是神，也是抽象的概念；eunomia既是抽象的概念，也是一个神。这和古代中国在公元前6世纪左右所发生的理性思维和神性思维毅然决然的决裂迥然不同。为什么会产生这样的区别？无论是儒家还是道家，对于代表神的“天”都持一种疏离甚至忽视的态度。这种态度可以追溯到西周时期“以德配天”的思想，再向前可以追溯到颛顼隔绝天地的故事。为何古代中国如此重视人力而忽视神力？或许与中国是一个务实的农业文明有关。总之，古希腊的理性思维，同古印度、古波斯一样，是在神的架构内实现的，而古中国的理性思维摆脱了神的束缚，更加强调人本、人文和人道主义精神。
三、古希腊之古典科学和神学的伴生
古希腊的古典科学同样带有浓浓的神学色彩，甚至本身就是在神学的范畴内进行构建的，本质上是使用理性思维在神学的框架下对事物进行理性分析。
泰勒斯几乎成为古希腊思想从神性到理性转变的代表和标志。不但在政治上、思想上，而且在科学上。普遍认为，在他之前，古希腊没有科学，只有自然之神学。泰勒斯早年曾到过不少东方国家，学习了古巴比伦观测日食月食的方法和测算海上船只距离等知识，学习了数学和天文学知识，了解到英赫·希敦斯基探讨万物组成的原始思想，知道了古埃及土地丈量的方法和规则等。在晚年他研究哲学，招收学生，创立了米利都学派。泰勒斯及米利都学派的科学知识和哲学思想都是向东方古老国家学习而来，并非他们的创造。当然，我们也不能否认泰勒斯及米利都的总结、整理和传授、发展之功。
泰勒斯最为著名的论断即“万物源于水”，被认为是第一个提出“万物本源”这个哲学问题的人。同时，泰勒斯在哲学上还有一个著名的论断，即“万物有灵”。有学者认为，泰勒斯所说的“水”，并非我们一般意义上理解的“水”，而是水神。这是可以理解的，因为万物有灵，那么构成世界本源的水应该也是有灵的——那就是水神。结合赫西俄德和提尔泰将概念间的逻辑关系表述成为神仙之间的血缘关系，古希腊当时的精神世界还处于神的笼罩之下，那么泰勒斯口中之“水”即是一种朴素的自然物（或是抽象的概念），又是一个有灵性的神，就是很正常的了。泰勒斯及其米利都学派种种有关世界本源的假说，其实都是根源于神性的。
将某种自然物质、形式或其抽象概念视为世界的本源哲学思想，在世界各地都出现过。中国有五行说，古印度也有四元素说。中国的五行学说逐步发展，抛弃了其原始的静态，最终形成一种动态的系统论；而古希腊的相关元素学说逐步发展后，则抛弃了其原始朴素的唯物成分，形成了一种抽象的先验的本体论。
自泰勒斯及其米利都学派之后，古希腊的哲学思想就沿着两条道路前进。一条是朴素的经验主义路线；一条是先验的神秘主义路线。前一条，以普罗泰格拉等智者为代表；后一条，则是以毕达哥拉斯及意大利学派为代表。而古希腊的古典科学，恰恰不是由朴素的经验主义路线中产生，而是从先验的神秘主义路线中诞生。
和厄庇美尼德身兼巫师和法律专家一样，古希腊古典科学家们往往和神联系在一起，其中最为著名的就是意大利学派。毕达哥拉斯被誉为数学之父，是古希腊最富盛名的科学家之一。他的老师斐瑞居德就是一个著名的预言师，有很多令人震惊的成功的预言故事。但是毕达哥拉斯的知识很可能更多来自古埃及。雅典著名的演说家和政治家伊索克拉底曾经提到过毕达哥拉斯，说他去过埃及且将埃及的宗教带到了希腊，以此作为资本获得极大的声誉，最终吸引了许多年轻人成为他的弟子。希罗多德不点名地指出，一些希腊人将埃及的灵魂不灭和转生轮回思想带到了希腊并变成了自己的学说。卡俄斯的伊翁也提到过毕达哥拉斯知晓关于灵魂死后命运的知识。毕达哥拉斯从埃及回来后，成立了一个宗教性质的社团，宣讲灵魂不灭，躯体是禁锢灵魂的坟墓。可见，在古典希腊早期，毕达哥拉斯学派是以灵魂不朽的知识而著称的；而在现代，毕达哥拉斯则以数学闻名。在古希腊，算术、几何、音乐、天文四门“科学”被认为是由毕达哥拉斯学派创立的。毕达哥拉斯学派认为对这些技艺（科学）的探究有助于恢复灵魂的纯洁，从而转世为较高等的生物，乃至回归个体灵魂从中“流溢”而来的“宇宙大灵魂”。这些“技艺”，不过是达到宗教神学目的的一种手段。仅就数学而言：毕达哥拉斯学派认为“万物皆数”，数学是神的语言，是神的体现。因此，他们关心的其实不是数学本身，而是数学如何构建了这个世界，通过数学这门技艺如何净化自身的灵魂。毕达哥拉斯学派认为，自然界的一切现象和规律都是由数决定的，都必须服从“数的和谐”。在这个论断中，“数的和谐”比起从自然界中看到的表象和得到的经验更为重要。因此，当他们发现不和谐的无理数之后，不得不杀死了那个发现无理数“不和谐”份子；而且开始更加重视几何学，促进了相对脱离算数的几何学的发展。毕达哥拉斯学派还将不同的数字赋予不同的意义，使得数字与人类社会现实相关联：1代表真理，2代表意见；5代表婚姻，4和9代表公平和正义。正因为毕达哥拉斯学派是在自然神学的框架下，远离经验世界，以数为世界的本源，按照理性的数学法则构造世界，具有强烈的神秘主义倾向。也正因为毕达哥拉斯学派脱离社会实践，使得数学在古希腊向理论化发展，因而数学成为一门理论科学。除了相信灵魂转世外，毕达哥拉斯学派还极力的神化自身。据记载，毕达哥拉斯常常讲，他原是赫耳墨斯之子埃塔利德斯，从父亲那里获得了不受生死限制的记忆能力；先后转生为欧福尔布斯、赫尔墨提姆斯、裴鲁斯，最后才托生为毕达哥拉斯。他的学生们则称他为先知，声称他知晓神意。此后，关于毕达哥拉斯的神迹越传越多、越传越神。到了罗马时期，毕达哥拉斯的形象已经彻彻底底成为了具有非凡神力的神仙，世上存在着大量关于他神通广大的故事。
意大利学派除了毕达哥拉斯学派，还包括著名的埃利亚学派，这同样是一个带有浓重先验神秘主义色彩的学派。虽然埃利亚学派在哲学倾向上和毕达哥拉斯学派极为相近，但是因为其不涉及数学，因此其取得的成就更多在于哲学，而不是科学，也就与科学无关。
古希腊的科学成就主要体现在天文学、数学、医学、生物学、地理学和物理学。其实，在这些学科之间是有区别的。古典的天文学、医学、生物学、地理学都是建立在经验和博物的基础之上。事实上，世界上其他文明在这几个学科上也都取得了相当的成就。只有在数学和物理学上，古希腊人为世界做出了巨大的贡献。这种贡献就是将这两门学科发展成为一种先验的抽象的纯理论科学，两门和现实世界完全脱节的理论学科。杀死发现无理数的人，就是鲜明地将先验的神性结论置于经验主义发现之上的有力例证。
而这两门科学，在古希腊人的老师——两河流域和古埃及都是非常现实的经验主义学科。比如古埃及数学中，分数一般分子均为1（除了极少数个例，像2/3是有单独文字的）。比如3/5要写成（1/2+1/10），还不能写成3个1/5相加。为什么会这样呢？这个看似很愚蠢的方法其实自有其妙处。比如5个人分3块面包，现代人算法实际上是将3块面包各切3/5分给3个人，那么那剩下2个人怎么办？这样公平吗？一种兼顾公平的方法就是将3块面包都平均分为5块，也就是3个1/5相加，这样倒是公平了，可是效率呢？古埃及人的分法，是将2块面包各切1/2，剩下一块切1/2之后，再切成1/10，这样每个人都是1/2+1/10块面包，兼顾了公平与效率。分面包似乎不必这么麻烦。那么分土地呢？我们知道尼罗河是古埃及的母亲河，她每年泛滥，泛滥后留下肥沃的土地。因此古埃及每年都要对土地进行分配，这可是关系到切身经济利益的问题啊！古埃及人在这个问题上较一下真也是可以理解的。古埃及的数学就是依托这样极为实用的用处而存在的，他们对于进一步发展数学，比如发展出3/5，不感兴趣，因为没有。对于他们来讲，够用就行。这与古希腊人想通过数学去探究世界的本源是有本质区别的。
因此，考察古希腊的科学，应该将重点放在理论数学和物理学上。在公元前6世纪左右，除了毕达哥拉斯学派在数学上取得的成就。泰勒斯认为磁石吸铁，磁石具有灵魂。阿那克西曼德和阿那克西美尼分别对风和虹的形成作了大致正确的说明。恩培多克勒也正确地认为，听觉是声音造成的，声音是空气振动造成的。以及意大利学派对于世界本源及物质构成的理性抽象，都可以被认为是物理学的成就。
但是所有这些成就都指向一个哲学的根本问题——世界的本源是什么？这个问题提出本身及解答都不可避免地带有先验性——在当时（包括现在）没有人确切的知道世界的本源是什么，任何解答都只能是先验的。面对这种超出人类经验的问题，古希腊人倒也不是只有一种解释。但是古希腊古典科学所体现的哲学世界观恰恰来源于意大利学派一系的哲学世界观：人类始终作为自然界的一部分而存在，没有摆脱自然的神力，不但天人不分离，天道和人道亦不分离，神对于人和人所处的自然界具有最终支配性。在赫西俄德那里，让斯巴达人引以为傲和梭伦心有戚戚的优诺米亚（良好的秩序）不过是宙斯和忒弥斯（风俗）的女儿；在泰勒斯那里，人不过是“水”构成的自然物；在毕达哥拉斯那里，人不过是“数”构成的自然物。和原始的自然神崇拜比起来，这个世界变得更加理性，这种理性体现在世界是由神和神所制定的各种规律支配下的世界——神固然不再可以像宙斯那样随意的支配人、戏弄人，神固然不再是随心所欲，必须遵循他所制定的规则；当然，他也不再像宙斯一样一个鼻子两个眼，而是变得抽象起来，拥有了更大神性；但是“人”终究还是在神的控制和支配之下，没有摆脱神力的控制。而所谓的科学，不过是人认识神和神所制定的规则的工具，是人遵循神的旨意、体会神的深意、达成更高神性的一种工具，是用一种以理性的方法来认识神所代表的自然界的知识和学问。
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