中国是一个有着56个民族的大家庭，云南一省就有52个民族，当仁不让地成为少数民族最多的省份。在这些民族中有一个非常特殊，那就是回族。
云南是回族分布比较密集的省份之一，他们不是云南的原生民族，而是在南宋末年，跟着蒙古大军来到的。忽必烈南征大理可能是回族先民第一次大规模进入云南，随着元朝在云南设置行省，又有大量色目官员、军士和工匠进入云南戍边、屯田。
十三世纪，在“蒙金战争”战争进入胶着状态时，成吉思汗果断发动西征，占领了今天新疆和中亚的大片土地，同时征发大量信仰伊斯兰教的各族百姓编入“西域亲军”。
公元1216年至1223年，蒙古名将速不台随成吉思汗西征，在完成对花剌子模和钦察诸部的征服后，征集了大量当地穆斯林组成“蒙回联军”。速不台的长子兀良合台后来继承了部分蒙回联军，他随拔都西征时，又补充了大量叙利亚和喀什米尔等地的穆斯林进入联军。
公元1252年，为了能从背后包抄南宋的长江中下游地区，已经荣升大元帅的兀良合台率军跟随忽必烈南征大理。战后，兀良合台奉命镇守云南，他们父子组建的蒙回联军因此成为第一批扎根云南的中亚穆斯林。
公元1256年，蒙哥汗将阿姆河流域的大量穆斯林降民分封给诸王百官，其中有一部分人在公元1267年因忽必烈第五子忽哥赤被封为云南王而成为第二批进入云南的穆斯林。
忽必烈在云南推行郡县制，对中国历史的贡献可谓非同小可，而这一切主要依靠不花剌（今中亚布哈拉）穆斯林赛典赤·赡思丁。在赛典赤成为云南平章事之前，他的长子纳速剌丁就已经被委任为达鲁花赤（掌印官），率穆斯林军队进入云南。
赛典赤掌在云南的六年时间内，在全省范围内设州置县兴修水利、鼓励农耕、开凿多条通往内陆、缅国和安南的驿道，对稳定云南政局、促进经济发展发挥了重要作用。
赛典赤死后，长子纳速剌丁继任平章事，其后人世代定居云南。云南赛、沙、纳、撒、闪、忽、速、马、哈、合等姓氏好多都是赛典赤的后人，比如明代著名的“三宝太监”郑和，他原名姓马，是赛典赤第五子马速忽的第五世孙。
除了中亚民族外，西域的畏兀儿（今新疆维吾尔）也有不少人随蒙古大军进入云南。公元1209年，成吉思汗征西辽时，高昌主动归附。高昌的“西州回鹘”随蒙古大军征花剌子模以及西域诸国，随后又参与灭宋。
畏兀儿名将阿里海牙长期在湖广、四川和云南作战，还曾两次镇滇，留下大量畏兀儿军士。由于高昌的农业生产较为先进，他们除了随军出战外，平时主要以屯田为主。
穆斯林为云南带来了伊斯兰教、阿拉伯文、造炮、采矿、冶炼、医学和天文历法等先进技术，为云南的社会发展起到了极大的促进作用，以致于元末时云南百姓始终站在元军一方抵抗明军。
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