GB 20287-2006《农用微生物菌剂》农用微生物菌剂分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等九类产品。
与 2002 年已登记产品所用的 41 个菌种（主要有枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、圆褐固氮菌、细黄链霉菌等，并且以细菌为主）相比，经对目前（截止 2012 年 12 月）国家登记的 1542 个微生物肥料产品进行统计，使用菌种共有 140 多种，包括细菌、放线菌、真菌、酵母菌等(表 3)。
常见微生物肥料用菌介绍：
1、竞争作用
竞争方式：主要包括营养竞争和位点竞争。
营养和空间位点的竞争是指存在于同一微小生物环境中的两个或两个以上微生物之间争夺这一环境内的空间、营养、氧气等的现象。
枯草芽抱杆菌具有较强的竞争和定殖能力，从而抢占病原菌的侵染位点，消耗其周围养分，阻止和干扰病原菌对植物叶面和其他器官的侵染，起到防病抑菌的作用
2、抗生作用
抗生作用是指拈抗微生物通过产生代谢产物在低浓度下就能够对病原微生物的生长和代谢产生抑制作用，从而来影响病原微生物的生存和活动。
3、溶菌作用
枯草芽孢杆菌的溶菌作用主要表现在是通过吸附在病原菌的菌丝上，并随着菌丝生长而生长，而后产生溶菌物质造成原生质泄露使得菌丝体断裂；或者是产生抗菌物质通过溶解病原菌孢子的细胞壁或细胞膜，致使细胞壁穿孔、畸形等现象从而抑制孢子萌发。
4、诱导植物产生抗性及促进植物生长
诱导植物产生抗性作用是指枯草芽孢杆菌不但能够抑制植物病原菌，而且还能够诱发植物自身抗病机制从而增强植物的抗病性能的作用。
5.固氮
胶冻样芽孢杆菌
1.目前，这类细菌是用作生物肥料的最好菌种，以促进土壤无效磷钾的转化，增加土壤磷钾的供给，提高作物产量，其胶质芽孢杆菌解磷、解钾、解硅的强度超强。
2.胶质芽孢杆菌能够产生碳酸酐酶，对二氧化碳的固定具有一定的作用。
3.释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
4.在土壤中繁殖后，分泌植物生长刺激素及多种酶，以增强作物对一些病害的抵抗力；也抑制其他病原菌的生长。
5.菌体内的钾在菌体死亡后，游离出来，又可被植物吸收利用。作为微生物肥料中的一种重要功能菌，可提高土壤速效钾、磷含量，提高作物产量和品质等多种效.
巨大芽孢杆菌：
解磷（磷细菌） ，具有很好的降解土壤中有机磷的功效，解磷固钾
地衣芽孢杆菌：
1. 抑制土壤中病原菌的繁殖和对植物根部的侵袭，减少植物土传病害，预防多种害虫爆发;
2. 提高种子的出芽率和保苗率，预防种子自身的遗传病害，提高作物成活率，促进根系生长；
3. 改善土壤团粒结构，改良土壤，提高土壤蓄水、蓄能和地温，缓解重茬障碍;
4. 抑制生长环境中的有害菌的滋生繁殖，降低和预防各种菌类病害的发生;
5. 促使土壤中的有机质分解成腐殖质，极大的提高土壤肥效;
侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属
1. 抑制土壤中病原菌的繁殖和对植物根部的侵袭，减少植物土传病害，预防多种害虫爆发;
2. 提高种子的出芽率和保苗率，预防种子自身的遗传病害，提高作物成活率，促进根系生长；
3. 改善土壤团粒结构，改良土壤，提高土壤蓄水、蓄能和地温，缓解重茬障碍;
4. 抑制生长环境中的有害菌的滋生繁殖，降低和预防各种菌类病害的发生;
5. 促使土壤中的有机质分解成腐殖质，极大的提高土壤肥效;
苏云金芽孢杆菌：杀虫（包括根结线虫） ，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌： 扩大根系吸收面， 增加对原根毛吸收范围外的元素 （特别是磷）的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养， 提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。
目前农业用微生物种类（其他菌种）：
解淀粉芽孢杆菌：
哈茨木霉：
沼泽红假单胞菌：
米曲霉：
里氏木霉：
黑曲霉：
短小芽孢杆菌
细黄链霉菌
长枝木霉
酿酒酵母
扣囊复膜孢酵母
嗜热脂肪地芽孢杆菌
大豆根瘤菌
拜赖青霉
植物乳杆菌
委内瑞拉链霉菌
东方伊萨酵母
纤维素链霉菌
鼠李糖乳杆菌
花生根瘤菌
真菌伯克霍尔德氏菌
巴西固氮螺菌
不吸水链霉菌
绿色木霉
哥斯达黎加链霉菌
白酒红链霉菌
黄麻链霉菌
戊糖片球菌
干酪乳杆菌
苜蓿中华根瘤菌
绿豆根瘤菌
多粘类芽孢杆菌
白黑链霉菌
球形芽孢杆菌
类干酪乳杆菌
布氏乳杆菌
白地霉
热紫链霉菌
烟曲霉
康宁木霉
米根霉
紫云英根瘤菌
褐球固氮菌
基瘤固氮根瘤菌
圆褐固氮菌
嗜热毁丝霉
近平滑假丝酵母
巴斯德毕赤酵母
娄彻氏链霉菌
球毛壳菌
杰丁毕赤酵母
膜醭毕赤酵母
三叶草根瘤菌
粉红粘帚霉
恶臭假单胞菌
帚状曲霉
黄孢原毛平革菌
白浅灰（淡紫灰、唐德、热紫、灰螺链、微白黄）链霉菌
棘孢木霉
阿氏团队节杆菌
粉状毕赤酵母
成团泛菌
蕈状芽孢杆
拟康氏木霉
热带假丝酵母
白色链霉菌
天青链霉菌
荧光假单胞
光孢青霉
弗氏链霉菌
酒红土褐链霉菌
球形红假单胞菌
甘蔗兰希氏菌
施氏假单胞
德式乳杆菌
保加利亚乳杆菌
豌豆根瘤菌
除虫链霉菌
黄孢原毛平革菌
产朊假丝酵母
根内球囊霉
蛋白核小球藻
水华鱼腥藻
球孢囊霉门真菌
卷枝毛霉
黄褐假单胞菌
类球红细菌
温特曲霉
罕枝木霉
沟诺卡氏菌
蜡样芽孢杆菌
田青茎瘤根瘤菌
解脂假丝酵母
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