必须作必要的产品生产次序安排，以避免或减少在同一设备连续生产或几个产品同步生产。生产的安排必须考虑以上两种情况的禁止或非预期情况。在实验室进行小试，污染能够得到控制，则不需考虑。另外，设备要根据类型来使用，GMP 产品必须使用GMP 设备进行生产。非GMP 相关的中间产品则没有限制。
1.1 连续生产
如果所用设备不是设计用来生产高活性或高毒性物料，且该设备不易清洁，生产计划中应当避免安排清洁限度在1mg/kg 以下的生产次序。这种情况下，必须尽可能地寻找方法清除残留的物料，该方法需在实验室小试条件下和大生产清洁条件下验证。且必须注明，后者是前者的放大。特别要考虑的是，由于清洁溶剂可能很难到达设备的某些部位，检测到的污染物的浓度相对于实际情况会偏低。
1.2 污染风险
操作条件、操作方式不同，导致污染的风险也不同，表 1 定义了不同的污染风险等级，在制定生产计划时需要考虑。
操作
风险等级
说明
处理暴露的固体活性或毒性物料，或在有泄露的设备进行磨粉等操作。
高
不可避免地会产生粉尘，因而操作员工会受到严重的污染，并携带粉尘传播。
处理或添加暴露的液体活性物料或有毒物料。
中
同样会导致严重的污染，但是可能性较小，因为液体操作过程中不易产生大量的粉尘。
在正压洁净室内处理固体活性物质
中
不可避免地会产生粉尘，但不会直接扩散至洁净室外，必须采取相应措施使粉尘通过人员扩散至室外的风险降至最低。
在不是始终完全封闭的系统中合成活性物质或有毒物质。
中
大多数物料并非活性物质，开放性的操作较少，物料一般为反应液，不涉及固体。
液体投料（包括液体活性物质和有毒物质）
低
液体物料，不会产生粉尘，通常也不会溅起液滴（用浸没管或类似工具可以预防）。
合成低活性或低毒性中间体产品
低
非活性物质，开放性的操作较少，污染风险较小。
贴签/搬运
低
非敞口容器。
1.3 新设备的首次使用
计算清洁标准的前提是，该设备的使用目的是明确的，即知道下个产品是什么。对于新设备，必须清除一些未知的污染物，安装后需考虑以下的污染：
金属屑
氧化产物
灰尘
润滑剂/油
水
遗留的螺丝，焊渣等（使用惰性气体焊接时留下）
考虑到上述的种种情况，使用如下清洁程序：
用碱性溶液清洗（如，1-5%NaOH）
用水清洗
用酸性溶液清洗并钝化设备：1-5%磷酸、盐酸（非钢铁材质）、醋酸等，用硝酸钝化
用水清洗
如果没有用氧化性酸清洗，则用过氧化氢（1-5%）清洗
用中性溶液清洗，用去离子水、纯化水或注射用水配制
用脂溶性溶剂清洗（如，甲醇/丙酮）
用洁净氮气（经过滤）吹扫至干
至少要目视检查淋洗液（颜色、微粒、金属屑及其他杂物）。如果最后一道淋洗液为水，则必要时要检测TOC 值。清洁后目视检查设备。
制定清洁程序时，必须考虑设备的材质，设备的用途及其安装地点。任何偏离上述程序的偏差均应进行书面评估（产生偏差的原因，在偏差产生的情况下如何保证洁净程度）。
1.1.4 已清洁设备在长时间放置后的清洁
已清洁设备有两种基本污染来源：
外来微粒或物质通过连接管道或开口部分进入（灰尘，杂物等）
微生物的滋生（如细菌、真菌、酵母菌等），潮湿的设备特别容易被微生物污染。
采取以下措施避免这些污染风险（归纳于表中）：
存于仓库的设备
安装在车间的设备
干燥
潮湿设备（生物负荷是非关键）
潮湿设备（生物负荷是关键）
保存状态
用塑料袋封存或用盖子盖住所有的开口
与产品接触的部位不与室内空气接触。
密闭
与产品接触的部位不与室内空气接触。
密闭。
与产品接触的部位不与室内空气接触。
密闭。
可放置时间
可以放置至任何时间
一年
一个月
24小时
使用前处理
建议目视检查
超过一个月：建议目视检查（轴封处润滑剂泄漏可能污染设备）。
超过一年：至少要冲洗和目视检查。
超过一个月：目视检查并根据检查的结果决定是否需要进行冲洗或清洁。
超过24小时：再次清洁。
1.1.4.1 存于仓库的设备
如果设备清洁后，经过干燥或用塑料袋包装或盖住开口部分，则可以储存至任何时间。在使用前，建议目视检查，如果有必要则进行冲洗或清洁。
1.1.4.2 安装在车间的设备部件
放置在车间的设备部件，在清洁后吹干并密闭，可以在一年内使用。在使用前，特别是放置时间超过一个月的设备，建议目视检查整个设备的清洁状况，特别是检查是否有润滑剂泄漏，必要时冲洗或清洁设备。如果放置时间超过一年，则冲洗是最低的要求。
如果要生产的产品对生物负荷或内毒素要求严格，则清洁后的潮湿设备必须在24 小时内使用。超过了这个时限，必要时进行清洁（不仅仅是冲洗）。如果对将要生产的产品来说，生物负荷并不是关键污染，则设备用水清洁后可以放置一个月，在使用前进行目视检查，根据检查的结果决定是否需进行冲洗或清洁。
必须记录检查的结果，如记录在清洁风险分析或清洁检查表中。
1.2.1. 混批/混合
不允许将受污染产品与未受污染的产品混合（必须将污染物清除，不允许通过混合来稀释污染物）。
混合合格的产品，必须保证所混合的各批产品均能追溯，在生产记录中必须记录所混合的各批产品的批号和数量。投料口很关键，存在潜在的污染风险。所以投料口应当和原料或辅料的投料口一样，选择较为安全的能够预防污染的位置。必须保证所选择的混合方式能保证所混合产品的均一性。
1.2.2. 返工和重新加工
受污染或不合格的产品的重新处理程序（重新加工）必须经过实验室确认，即使是非GMP 产品也一样。另外，该程序必须保证重新处理产品的均一性，重新加工程序的可行性也需确认。特别要注意的是，需谨慎确定产品中污染物的限度。相对于工艺固有的杂质、不可避免的副产品，可避免的污染物的限度必须更严格。
重新加工操作应当尽快进行。如果用于重新加工的设备也用于生产正常批次的产品，为了避免污染下批产品，重新加工通常在该次生产结束后进行。这也避免了对接触了受污染批次的设备进行中级清洗。
返工可以在正常生产中进行。如果没有工艺之外的杂质产生，没有必要进行清洁。
重新加工和返工的批记录必须包括所处理物料的批号和数量。申请特殊放行的物料放行表的复印件必须附到生产批记录上。重新处理后的产品必须在批记录中注释（由#批物料返工而来，由#批物料重新加工而来）。对于重新加工，必须制定主批记录；对于返工，则可用正常主批记录中相应的部分，可以手动添加必要的修改。两种情况都需要QA 放行。
1.2.3. 物料回收
与混批和重新处理不同的是，回收只回收合格物料（例如，零头）。回收通常是以混合接着返工的形式操作的，至少须包括均一化的工艺步骤。
记录回收物料的数量和批号信息，如果不能确定批号，应当记录回收物料的来源和日期（如从母液储罐回收过滤液体）。回收物料使用的频率与物料的回收频率应该相同（因此从物料至生产结束没有物料堆积）。同时还应当考虑对产量的影响。
回收利用排气过滤器中残留的物料，或残留在干燥器/加料装置中的余料，必须严格检查这些物料是否可以及应当什么时候回收利用。
只有在不会影响已确定复验期的情况下，才可以将回收物料用到产品的最后一次分离的工序之后。
1.2.4. 回收溶剂的利用
如果生产的是 GMP产品，用于原料药最后一步工序的回收溶剂，必须是从相同的工序步骤中回收的。
回收溶剂可以用于设备清洁。如果溶剂是部分或全部从其它工序中回收的，则必须考虑引进新杂质的风险（必须注意：如果清洁限度值是10mg/l，则杂质可能是关键）。对于最后一道淋洗，不允许使用从其它工序中回收的溶剂。
1.2.5. 组合清洗
如果设备的残留参考物类似（可比较的NOEL 值），或将清洁溶剂从无残留参考物的设备转移至有残留参考物的设备中，是允许进行组合清洗的。清洁设备淋洗组合顺序不同于生产组合顺序，这通常是不可取的。另外，对于GMP 设备，进行组合清洗的设备组合必须作为一个单元经过验证。
如果清洗溶液由有残留参考物的设备进入无残留参考物的设备，则不允许进行组合清洗。这是因为潜在的危险物料会分散到其它设备中去，特别是处理高活性或高毒性的物质的搅拌装置。因为这样不同的残留物就不会带入到后面工序的设备中，它也就没有机会参与反应，引起新的不可知的杂质。必须避免这些物质进一步扩散到反应器。
如果组合中的设备残留参考物不同，但其残留又必须检测，可以取每个设备的淋洗液；也可以取组合中的最后一个设备的淋洗液来分析检验，前提条件是单个物质的检验结果不受其他物质的影响。
经过验证的组合清洗只适用于组合个数相同或更少的情况，要求的清洁限度值相同或更高（即没有那么苟刻）。
1.2.6. 桶和容器的重复利用
可重复使用的桶和容器必须谨慎使用，包括桶、容器、槽车等。特定的容器对应特定的产品。容器必须清楚地标识（贴标签或以颜色区分）。如果在生产后放置较长一段时间才使用，需像生产设备一样清洁。
运输过程中，容器应当密闭；空的容器从厂外运输至工作场所，也应当密闭。
密封胶和铅封是常用的密封方法。
如果不是专用容器，当改变产品时需按照清洁规程进行清洁，检查清洁效果并记录详细过程。通常要进行目视检查，如果必要则进行分析检验。非专用容器，在装填物料前需再次目视检查容器的洁净程度。
通常，像大袋和桶这样的一次性容器，只有在以下条件下才允许重复利用：
容器只专用于一种物料（焚化物料除外）。容器必须清楚标识内容物的名称。
旧的标签必须除去（如果可能，用油漆覆盖），决不能在原标签上写。
桶内每次都使用新的袋子包装物料。
每次装填后，容器必须贴新标签。
如果车间内使用相同类型的容器装不同的物料，为了避免混淆，重复使用时必须标识清楚（标签）。如果容器内的物料要搬离车间，应当特别注意看清标签。
不管容器是空的还是装满物料，必须关闭，当不完全在公司控制范围时应当密封。
可重复使用容器的使用应当有文件规定，如SOP 和批记录。
标签必须贴在容器的主体部位，不要贴在可更换部位，如盖子。
内包装材料
物流部门不会接收剩余的内包装材料重新储存，确保内包装材料在分发前不会接触到产品。
如果生产结束后仍有内包装材料剩余，处理方式如下：
没有在投料区域或其他环境出现的内包装材料可以包起来临时储存在仓库里，在失效期之前，可以用于所有适用的产品。
在投料区域出现或接触了产品的粉尘，可以包起来临时储存在仓库里。必须标明所接触产品粉尘的产品名称，在失效期之前，只能用于该产品的包装。
小量的剩余内包装材料可以报废处理。
仓库的要求
在仓库临时储存需考虑以下几点：
原料、中间产品、需重新加工的物料、产品和包装材料应当清楚标识并分开储存。
同一产品的原料和包装材料应储存同一操作间，并与其他产品的这类物料分开。在货架上为同一产品保留一行空间。
将要进行重新处理的中间产品和产品的临时储存区域必须与其它物料分开一定的距离，用围栏、链条或其它标识分开。在货架上必须分开不同的行来存放。
