天平三年（536年）高澄自请入朝辅政，并加领左右京畿大都督。朝臣们虽听说高澄年轻老成，有风度、有见识，但总觉得他是个少年，心里并不服气。当看到他驾驭全局，有胆略有气魄，在朝堂上做宰相时听断如流，处理问题及时妥切，不由得个个心悦诚服。因为他的到来，给东魏朝廷带来了朝纲振肃的崭新气象。元象元年（538年），高澄兼任吏部尚书。
兴和二年（540年），高澄加大将军，领中书监，仍代理吏部尚书。北魏从崔亮开始挑选官员就论资排辈，不按才能选取。高澄废除了这一个制度，开始根据才能名望挑选官员，亲自写书征召各地有才学有名望的士子为朝廷效力。当时品德好、有本事的人，都得到了提拔重用，有的一时安排不了相应的位置，高澄就将他们召为宾客，在自己府中供养起来，有时间便与他们一起游园娱乐赋诗，使这些人各得其所，各尽所长。
河阴之变后，尔朱荣为了安定朝中人心，上奏滥封官爵。赠荫一事，渐渐变得杂滥无章，平庸无能的官员动辄高官厚禄，被有识之士所非议。武定年间，高澄开始纠正其过失，追赠褒扬渐有章法。高澄推荐铁面无私的崔暹为御史中尉，严厉打击那些无法无天的贪官污吏，尤其是窃据高位的权贵，有许多人被绳之以法。官场风气大有改观，人心为之一振。
兴和三年（公元541年），高澄有一个深刻影响中国历史的大政治动作，他在麟趾阁和群臣修纂议定了一部变乱为治时期的律法《麟趾格》，并颁布天下。《麟趾格》是《北齐律》的蓝本，又是隋唐律法的直接渊源，它的影响一直波及后代。
在高澄的主持下，朝廷将治国的政策书于榜上，公开张贴在闹市街头，供天下百姓自由评论，发表意见。对那些提出建议或批评的人，则都给予优厚的待遇,即使言过其实或言辞激烈，也予以宽容，不加罪责。由于百姓的称赞，高澄的威望更加上升。
在这段时期内，东魏与南方的梁朝关系比较和睦，双方的使节往来频繁。然而，为了显示各自的“国威”，主人与客人都竭力在言辞、才学方面争锋，常常出现热烈辩论的场面。无论是梁使至邺城（今河北临漳），还是魏使至建康，都是如此，久而成为惯例。高澄则乐于此道，每当设宴招待梁使之日，高澄或者亲自到场，或者派遣属下与会。凡是东魏方面有所妙论、他都兴奋异常，为之鼓掌助威。他也因此召揽了一大批文人学士．或罗致门下，以为宾客；或推荐给朝廷，出任各级官吏。
东魏政权初期官场的贪贿之风，在高澄入邺城辅政（公元536年）之后，开始逐渐得到改善，元象元年（公元538年）十二月，高澄任吏部尚书之后开始整顿吏治，改革官员选拔制度，不拘一格选用收集人才，给东魏的政治带来了新气象。
天平三年（公元536年），十五岁的高澄入辅朝政，加领左右、京畿大都督，虽然年少，但已振肃朝野。元象元年（公元538年），又加大将军、摄吏部尚书，选用人才，颇有收获。武定二年（公元544年），高澄二十四岁，领中书监、仍摄吏部尚书。高澄用崔暹、宋游道、崔昂、卢斐等人整肃贪贿官员的行动自此开始。
高欢大部分时间呆在晋阳，孙腾、司马子如、高岳、高隆之都是高欢的亲信党羽，朝中的政务高欢交给他们去管理，邺城的人称他们为“四贵”。这四个人权势在朝廷内外炙手可热，他们大都骄纵贪婪，横行不法。高欢想要削弱他们的权力，所以委任高澄为大将军、领中书监，将原来属于门下处理的机要大事全部移交给中书省，对文武百官进行奖赏与惩罚，事先都必须向高澄禀报。
高澄爱贤好士，没有民族偏见，在大鲜卑主义的政权之中，能够做到礼遇汉族士大夫。崔暹等一干汉族文官在高澄的大力支持下敢于全力纠察权豪，无所纵舍。
孙腾见高澄时傲慢不敬，高澄命令左右把孙腾从床上拉下来，用刀环打他，让他站在门外。太原公高洋当着高澄的面向高隆之跪拜，称他为叔父，高澄见了怒骂高洋。尚书令司马子如与咸阳王元坦一道大肆贪污。崔暹先后多次弹劾司马子如、元坦以及并州刺史可朱浑道元等人的罪行；宋道也弹劾司马子如、元坦以及太保孙腾、司徒高隆之、司空侯景、尚书元羡等人。高澄将司马子如投入监狱，仅仅一个晚上，司马子如的头发就白了。
高欢对王公大臣们说道：“我这个儿子渐渐长大了，你们应该避免与他冲突。”于是公卿以下的官员见了高澄，无不惧怕畏服。高澄的姑父库狄干从定州到邺城来拜谒他，在门外站了三天才得到召见。
经过一系列行动，高澄的威望已经初步树立起来。但高澄要抑制勋贵以树立威望，并非单凭高欢的支持与自己的滥刑，事实上高澄是有计划、系统地起用了一批汉族文官助其整肃勋贵、排除异己的，这就是汉族文官被重用的原因。
在崔暹、宋游道、崔昂等人的大力整肃下，司马子如、元羡、慕容献、元坦、可朱浑道元、孙腾、高隆之、侯景、元弼等勋贵都受到弹勃，轻者降官，重者处死。
东魏兴和三年（公元541年），有雀衔永安五铢置于高欢座前，高澄乃令百炉别铸此钱，又称“令公百炉”钱。北魏末年战乱，导致经济紊乱货币贬值，民间私铸大量假钱。高澄在武定初年开始改革这项弊端，令人前往全国各地，将原料铜和钱币收集起来，重新铸造。然而民间偷铸假钱的情况仍然屡禁不绝。因此在武定六年高澄进行新的货币改革，改用悬秤五铢。
东魏武定六年（公元548年）所铸永安五铢，号称“重如其文”，是一种足重货币。它的铸造是魏晋南北朝货币史上由乱到治的转折点，是后世足重货币“开皇五铢”的先驱。为促进足重货币的流通，高澄还采取了断然手段，《魏书·食货志》：“计百钱重一斤四两二十铢，自余皆准此为数。其京邑二市、天下州镇郡县之市，各置二称，悬于市门，私民所用之称，皆准市称以定轻重。”由于武定六年永安五铢，曾被作为标尺，悬在市场的门上，以称量入市货币的轻重。因此在钱币学上，一般也将武定六年的永安五铢称之为“悬称五铢”。
北魏末期战乱，很多百姓流离失所，四处逃亡，被地主豪强所控制，变成奴隶。这些豪强不交税也不上报奴隶数目，藏匿人口，暗地里发财，导致东魏的户口数目锐减。高澄辅政之后，几次派人去扩户，“又大括燕、恒、云、朔、显、蔚、二夏州，高平、平凉之民，以为军士，逃隐者身及主人，三长，守令罪以大辟，没入其家。于是所获甚众”。户口增加，百姓回到土地上耕种，缴税给国家，国家财政税收也因此充裕。扩户过程中打掉的那些地主豪强，财产也被充公，给朝廷提供了不少军资，被搜出的奴隶也给国家提供了充足的兵源。
当时私盐泛滥，官盐产量远远跟不上，而私盐则利用市场交易偷逃高额盐税。右仆射崔暹建议在海滨盐场大量增灶煮盐。而高澄则听从度支尚书崔昂的建议，关闭盐市，允许民间私盐卖给官府，只收取少量盐税。此法平衡了官府与私人在盐务方面的矛盾，令双方获利。
经过这一番改革整顿后，东魏政治开始走上正轨，勋贵势力受到抑制，高澄作为高欢继承人，从此地位彻底稳固。吕思勉在《两晋南北朝史》一书中曾总结说：“北齐基业，虽创自神武（高欢），而其能整顿内治，则颇由于文襄（高澄）”。
武定四年（546）十一月，高欢在征伐西魏的过程中身患重病，便即班师，同时飞速将高澄召来，一起护送至晋阳。当时身为司徒、河南大将军、大行台的侯景，早有异志，只是碍于高欢的威信与实力，才不敢肆意妄为。当他听到高欢患病的消息后，就立即在荆州等河南之地拥兵自固，谋生异图。高澄深知形势险恶，故在父亲高欢于武定五年（547）正月丙午日去世之后，秘不发丧，迅速采取措施巩固自己的权力与地位。五天后，侯景正式背叛东魏，投靠西魏，一连攻下不少城池。高澄派遣韩轨督诸军讨伐侯景。末几，侯景又投靠南朝的梁朝，粱武帝封他为河南王。
高澄一方面部署诸将征讨侯景，另一方面则密切注意境内其他各州的情况，防患于未然。他安排其弟高洋为京畿大都督，留守于邺城，并让黄门侍郎高德政辅佐之。自己则在六月丁丑日回到晋阳后，方始发父亲之丧。七月，高澄为使持节、大丞相、都督中外诸军、尚书事、大行台、渤海王；而其弟太原公高洋则摄理国事。高氏兄弟牢牢地控制了朝政。
高欢曾遗命高澄重用慕容绍宗。高欢死后，高澄前后派韩轨、元坦、高岳等人率兵与侯景对敌，全无效果。高澄因为慕容绍宗是尔朱荣余党，不敢轻易重用。陈元康以慕容绍宗向其行贿探听高澄态度为由，劝谏高澄放心任用。五月，慕容绍宗被任命为尚书左仆射。
侯景造反后，军容强盛，加之对东魏诸将非常了解，因此十分猖狂。韩轨率兵前来，侯景轻蔑的称其为“啖猪肠小儿”。高岳前来，侯景仍不为所动，说其“兵精人凡”。直到听闻慕容绍宗前来，方才“叩鞍有惧色”，自言自语地嘀咕：“是谁叫这个鲜卑儿（高澄）派慕容绍宗来，果真如此，高王（高欢）应该不是真死啊”。
高澄重用慕容绍宗，于寒山击溃南梁大军，生擒南梁主帅萧渊明，并派出大军追击侯景于悬瓠。慕容绍宗率领刘丰生、段韶、斛律光等大将，于涡阳大破侯景。武定六年三月，高澄亲自领兵南下虎牢、洛阳，于新城擒西魏大将裴宽。
高欢死后，高澄秘不发丧，因为担心地方不稳，有人跟从侯景叛变投敌，他令段韶留守晋阳，将政务交给赵彦深处理，亲自巡抚各个州郡稳定人心。前往邺城朝觐时，元善见举行宫廷宴会，为了制造高欢未死的假象，高澄亲自起身跳舞，在宴席上镇定自若，成功地稳定了人心。
因为元修西逃的教训，高欢对后来立的皇帝元善见很是恭敬，高澄则用强硬态度在皇帝面前立威。高澄当国之后，倨傲更甚，对皇帝也时刻警惕提防。他将大将军中兵参军（自己的参谋）崔季舒调任中书、黄门侍郎，监察皇宫的动静。因此元善见的大小举动都被崔季舒侦知，再告诉高澄。高澄曾经在和崔季舒的往来书信里问：“那傻子最近怎么样了，是不是傻得更厉害了？”
有一次元善见和高澄一起围猎，在围场上策马飞驰，监卫都督乌那罗受工伐的劝谏之语却是：“陛下切勿驰马，否则大将军会恼怒的。”
又有一次，高澄在侍宴时用大酒杯向元善见敬酒，元善见怨恨道：“朕身为天子，却处处受人节制，活着还有什么意思。”高澄当即发怒道：“什么‘朕’、‘朕’，你这个狗脚‘朕’！”竟令崔季舒打了天子三拳，然后拂袖而去。
第二天高澄酒醒回想起此事，有些歉疚，于是派崔季舒入宫去代替自己谢罪。元善见赏赐了崔季舒百匹绢，崔季舒不敢接受，高澄令他只受一段。元善见一怒之下将一百匹绢打开，连结在一起赏给崔季舒，说“这也是一段！”
在几次羞辱过后，元善见对高澄的跋扈行径难以忍受，又日夜担心高澄篡国，便与侍讲荀济、礼部郎中元谨、长秋卿刘思逸、华山王元大器、淮南王元宣洪、济北王元徽等人密谋诛杀高澄。假装在宫内花园造土山，秘密挖掘地道通向高澄的居住地，准备杀掉高澄。当地道挖掘到皇宫外城的千秋门时，守门人听到动静，立即向高澄禀告。高澄随即勒兵进宫，当面指责孝静帝：“陛下为何谋反？臣父子忠心为国，何时亏负过陛下？”
事后，高澄将与谋者全部处决于市，又将天子软禁在含章堂，从此彻底铲除保皇派势力，将朝廷和皇宫完全掌握，再无后顾之忧。
武定五年（547年）底，高澄遣兵进逼，侯景退到悬瓠（河南汝南）。萧衍命侄儿萧渊明当总司令，会同侯景的部队，进攻彭城（江苏徐州）。萧渊明在距彭城九公里的寒山地方，被东魏击败，全军覆没，萧渊明被俘。侯景退到涡阳（安徽蒙城）拒守，抵抗不住东魏追兵的围困，在几个月的对峙之后，被慕容绍宗在决战中击溃，全军覆没，最后带领八百名残余部队难逃入梁，进袭南梁寿阳，将监州事韦黯驱逐。
萧衍对侯景驱逐地方政府首长，不但没有责备，没有惩罚，反而即行任命侯景当州牧，侯景大喜过望。
萧渊明被俘后，高澄请他写信给萧衍，建议两国和解，萧衍复信应允。司农卿傅岐警告说：“高澄既没有战败，为什么求和？明明是反间之计，希望刺激侯景。侯景如果起疑，定生变化，我们不可跳进这个圈套。”萧衍当然不会采纳，两国使节，遂开始往来。
侯景果然恐惧，他上奏章说：“两国如果和解，恐怕我不能免高澄毒手。”萧衍保证说：“我是天下之主，岂会对人失信，你要深知我心。”侯景假冒高澄名义写了一封信给萧衍，提议用萧渊明交换侯景。萧衍这时露出真面目，复信说：“你早上送还萧渊明，我晚上就送还侯景。”侯景的截获回信之后，决心叛变，他集结兵力，从寿阳南下，直指首都建康（江苏南京）。
侯景于548年八月起兵，如入无人之境的渡过长江，于十一月抵达建康，百道攻城。南梁帝国各路勤王军队，云集城外，每天跟美女饮酒欢宴，不敢作战。萧衍把皇帝诏书系到风筝上，命他们进攻解围，可是没有人听他的命令。549年三月，建康陷落。五月，八十六岁的萧衍，被活活饿死。
在侯景乱梁的过程中，高澄一直密切关注南梁局势，并且于武定六年秋派尚书辛术前往两淮之地，趁火打劫，侵吞了大片梁国土地。两淮之地多处州郡因不堪侯景袭扰，纷纷转投东魏。不到一年时间，东魏借着侯景之乱从中渔利，共得了二十三个州，并攻陷淮南重镇寿阳，将疆域从淮河以北一直拓展到长江沿线。
武定五年（547年），西魏大将王思政为荆州刺史。次年，侯景叛离高欢，向西魏请援，王思政以救援为名，趁势攻占了侯景所据的7州12镇。宇文泰以授侯景大将军、中书令、河南大行台、河南诸军事之位回授王思政，王思政皆不受。宇文泰频使加授，不得以唯以河南诸军事一职受之，入守颖川（今河南禹县）。
武定六年（548年），东魏派太尉高岳、行台慕容绍宗，大都督刘丰生等率步骑10万进攻颍川之长社城（今河南长葛），被王思政击败。
高澄见颖川数攻不克，屡次派兵增援，并决洧水灌城，城中顿时水流涌溢，不可扼止。东魏军队趁势进攻，王思政身挡矢石同士卒并肩作战，英勇抗击。西魏宇文泰得悉王思政被困，即派大将军赵贵率兵救援，兵至穰城（今河南邓县）为陂泽所阻。长社城得不到外援，危在旦夕。
武定七年（549年）夏，东魏将帅慕容绍宗、刘丰生、慕容永珍见城即可攻破，乘楼船观察城中情况，忽然大风骤起，所乘楼船顺风漂泊城下，西魏守城将士从城上用长钩牵船，弓弩乱发，慕容绍宗赴水溺死，刘丰生中矢而死，募容永珍被生擒斩首。
东魏二将死后，士气大丧，不敢再逼进长社，高澄闻悉，亲率步骑11万来攻。他听从大都督破六韩常与洛州刺史可朱浑道元的建议，在关口、大谷二道的咽喉要地驻兵守卫，扼住了王思政的粮道，导致长社城彻底断粮。抵达长社城后，高澄亲临前沿阵地督造土堰，重新聚水攻城，并组织督励“决命夫”持续攻城。时西风突起，河水随风入城，北面工事被冲毁，东魏将士趁势入城。
高澄对城中人说：“有能生致王大将军者，重赏封侯，若大将军身有损伤，亲近左右皆斩。”王思政据土山对众人说，“吾力屈计穷，唯当以死谢国。”遂仰天长哭，左右随之号恸。王思政面西再拜，欲自刎，都督骆训对他说：“公常语训等，但将我头降，非但得富贵，亦是活一城人，今高相既有此言，公岂不哀城中士卒也。”力阻思政自杀。高澄遂派常侍赵彦赴土山接纳王思政，高澄以其忠于职事，礼遇甚厚。
武定七年（549年）四月，高澄以大将军身份兼相国，封齐王，并加殊礼，即赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿。作为人臣而言，其权位几乎已臻顶峰，高澄遂与亲信们开始密商正式夺取元氏政权。
武定五年（547年）十二月寒山之战后，高澄俘获了当时南梁徐州刺史兰钦的儿子兰京，作为自己的奴隶，在东柏堂的厨房里干活。起初高澄非常宠爱兰京，兰钦派人来请求给儿子赎身，被高澄回绝。后来兰钦死，侯景祸乱南梁，兰京多次请求回国，被高澄令人杖责，又威胁说，再来诉求就杀了他。
兰京是个脾气暴躁的人，又想到昔日高澄对他的好处，心理落差太大，怨怼更深，于是和厨房里的六个奴隶合谋，准备刺杀高澄。另外，兰京的弟弟兰改是高洋身边的带刀侍卫，兄弟俩准备一前一后，各自杀掉高澄兄弟。
武定七年（549年）八月辛卯日，从颍川前线凯旋班师后的高澄正与亲信大臣们在内堂密谋禅代东魏之事，兰京假装入内送食，趁机察看情况。高澄对他产生了怀疑，令他退下，并对在座的人说道：“我昨夜梦见这个奴才用刀砍我，看来我得处死他。”兰京在外面偷听到这句话，更下定了先下手为强的决心。于是藏刀于盘底，再度送食。高澄怒道：“我没有下令，你怎么一再进来?”兰京大喝一声：“我来杀你!”随即朝床上扑来。
杨愔最先逃脱，崔季舒躲进厕所里，陈元康以身体遮挡高澄，被刺成重伤。高澄从床上跃下时崴伤了脚无法逃走，只得钻入大床底下躲避。兰京的六名同党随即赶来，将前来营救高澄的两名侍卫长砍得一死一伤。众人一齐掀开大床，将高澄杀死。兰京和同党虽然旋即被闻迅赶来的高洋斩杀，但高澄却早已身亡，年仅二十九岁，只差一步未能当上皇帝。
高澄死后，高洋继承父兄基业。不久，北齐王朝建立。高洋追封高澄为文襄皇帝。高澄留下了六个儿子，除了小儿子绍信没有什么事迹外，其余都文武双全。尤其四子高长恭更是一代名将，他就是有名的兰陵王。
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