clusterprofiler包 安装注意事项

注意事项总结：
1、重装R。把目录不要设在Program File，不要有空格，不要有中文。
2、镜像选择
chooseBioCmirror()
chooseCRANmirror()
options(BioC_mirror=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor”)
3、有些依赖包手动下载一下：biocLite('包名’)（digest,DO.db,gridExtra,cowplot等等），library（clusterprofiler）时会报错告诉你哪些包不存在，把这些一次下载安装一下就可以

chooseBioCmirror()
chooseCRANmirror()
biocLite('包名')

BiocManager::install('clusterprofiler')

bioconductor网站上说明目前最新的clusterprofiler 包使用的是R3.6，网站上也有以前版本R的使用方法，没仔细研究区别，因为要改Program File路径，所以我直接重新下载了一个R3.6。

参考：
https://www.jianshu.com/p/9705852aa706
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html
http://www.bioconductor.org/packages/3.8/bioc/manuals/clusterProfiler/man/clusterProfiler.pdf

运用包过程中发现还存在一些依赖包没安装，eg:graph,多次安装一直报错。一直install,总能装上的
注意：很多包安装时有顺序，顺序错了，前面安装过的包需要重新装，过程太混乱，包太多，没记录这些包的顺序。不能着急，慢慢一步步安装
可以根据 bioconductor上的说明，一般会有安装此包的依赖包信息。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationDbi.html