沈澱槽
利用靜置水中小顆粒懸浮的雜質(我們稱為懸浮物)因重力而自然沉降的原理如比水重的懸浮物如砂、泥土等由於重力自然下沉。
過濾槽
天然水利過濾法，可以除去一些水中懸浮的雜質(懸浮物)，並可除色、除臭。如在過濾槽中鋪上砂礫、細砂以及木炭等。魚菜共生業者還可加入貝殼、珊瑚等
在養菌槽硝化细菌存活条件需要水分，还需要很高的氧气，所以只能生活在生化球、K1 生化圈、生化綿、發泡練石，毛刷，玻璃环、陶瓷环等各种有微孔的材質更為理想，主要是提供良好的生長環境及製造更多界面讓硝化菌附著。只有同时满足了水分与氧气的供应，它们才能存活。硝化细菌最适宜在弱碱性的水中生活，在温度达到25度左右时生长繁殖最快。它的繁殖不遵循分离定律和自由组合定律。
硝化细菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一类好氧性细菌，包括亚硝酸菌和硝酸菌。在氮循環水质净化过程中扮演着很重要的角色。
整個過濾過程由馬達將水輸送入沈澱桶的三分二位置，至桶的正中分別T型兩端出水，兩端裝上“L”微微朝下，讓水進入桶中產生朝下旋轉，懸浮物因重力而自然沉降於底部，只需要打開排污就能把沈澱物抽出。
經過沈澱桶沈澱一番後就流入過濾桶內做再更深層的過濾處理，再流入養菌桶由菌轉換成養份後，再流至種植系統。
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