Nature子刊：27个新抑癌基因被发现

2017年10月31日，比利时、英国、挪威、美国多个研究机构合作在Nature Communacations发表研究论文：Pan-cancer analysis of homozygous deletions in primary tumours uncovers rare tumour suppressors.（原发性肿瘤纯合性缺失的泛癌症分析揭示了罕见的肿瘤抑制因子）（图1）。

图1

人类细胞有23对染色体，所以基因通常在一对染色体上各有一个等位基因，也就是有两个拷贝，抑癌基因也一样有两个拷贝。

抑癌基因也称为抗癌基因，正常情况情况下它们具有抑制细胞增殖和肿瘤发生的作用。第一个被发现和鉴定的抑癌基因是Rb基因，第二个被发现和鉴定的抑癌基因是p53基因，它也是最出名、研究最多的抑癌基因，超过50%的人类癌症与p53基因失活有关。

纯合性缺失,也就是基因的两个拷贝均缺失，这种情况在癌症中很罕见，这种缺失通常就是抑癌基因的缺失。也就是说，在肿瘤中发现纯合性缺失基因，那么这个基因就很可能是抑癌基因。

此次研究人员分析了包括肺癌、淋巴癌、结肠癌、乳腺癌、肝癌、肾癌、白血病、脑癌等在内的12种人类肿瘤的2218例原发肿瘤样本，系统地筛选纯合性缺失，旨在发现和识别罕见的抑癌基因。

文章发现并分析了96个纯合子缺失的基因组区域，并在这些区域内寻找候选抑癌基因。最终发现16个抑癌基因，并找到27个候选抑癌基因。其中一些基因(包括MGMT、RAD17和USP44)之前就有证据显示是抑癌基因，其他候选抑癌基因，如MAFTRR、KIAA1551和IGF2BP2都是全新发现的。

这篇文章也说明可以通过对肿瘤样本基因拷贝数的mate分析来发现罕见的抑癌基因。

文章中发现的纯和缺失抑癌基因以及候选抑癌基因见下图。

图2--纯和缺失的抑癌基因及候选抑癌基因

文章发现的纯和缺失抑癌基因：CDKN2C、FANCD2/VHL、FAT1、CDKN2A(/CDKN2B)、TET1、PTEN、BIRC3(/BIRC2)、BRCA2、RB1、CYLD、CDH1、TP53、MAP2K4、NF1、SMARCB1。

文章发现的候选抑癌基因：CASP9、ARHGEF10L、IGF2BP2、N4BP2、HELQ/FAM175A、CASP3、LINC01060、PDE4D、RAD1、ARHGEF10、LEPROTL1、PTPRD、KAT6B、CPEB3、MGMT、KIAA1551、USP44、SETD1B、LINC00375、GPC5、SOX21、BAZ1A、MIDEAS、RFWD3、MAFTRR、LINC00662。

这些候选抑癌基因中，LINC01060、LINC00375、MAFTRR、LINC00662，这四个是LncRNA，通过PubMed等数据库查询发现这四个LncRNA的相关研究很少。LncRNA相关的研究人员可以考虑进行相关研究。

参考文献：

Cheng Jiqiu,Demeulemeester Jonas,Wedge David C et al. Pan-cancer analysis of homozygous deletions in primary tumours uncovers rare tumour suppressors.[J] .Nat Commun, 2017, 8(1): 1221.